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- PDB-7p24: Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p24
タイトルSulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota (BT3177_S1_11)
要素Mucin-desulfating sulfatase
キーワードHYDROLASE / Host glycans / sulfation / carbohydrate sulfatases / microbiota
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfuric ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NGS / Chem-NGY / Mucin-desulfating sulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Cartmell, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Sulfated glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota.
著者: Luis, A.S. / Basle, A. / Byrne, D.P. / Wright, G.S.A. / London, J.A. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Hansson, G.C. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. / Barbeyron, T. / Yates, E.A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.
履歴
登録2021年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Mucin-desulfating sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6814
ポリマ－61,0381
非ポリマー6433
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area18730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.129, 69.780, 96.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.644, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mucin-desulfating sulfatase


分子量: 61037.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3177
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A2X8
#2: 糖 ChemComp-NGS / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-6-SULFATE / N-acetyl-6-O-sulfo-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-glucose / 6-O-スルホ-2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 301.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAc[6S]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-6-sulfo-b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAc6SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-NGY / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-6-O-sulfo-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAc[6S]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-6-sulfo-a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAc6SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mg/ml BT3177S1_11 with 10 mM 6S-GlcNAc crystallised in 50 % precipitant mix 1 (40% v/v PEG 500, MME; 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M carboxcylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium ...詳細: 20 mg/ml BT3177S1_11 with 10 mM 6S-GlcNAc crystallised in 50 % precipitant mix 1 (40% v/v PEG 500, MME; 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M carboxcylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate) and 0.1 M buffer system 3 pH 8.5 (Tris (base); BICINE).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→35.856 Å / Num. obs: 298423 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 0.97→0.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 12666 / CC1/2: 0.596

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G2V

5g2v


解像度: 0.97→35.856 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / WRfactor Rfree: 0.141 / WRfactor Rwork: 0.126 / SU B: 0.705 / SU ML: 0.016 / Average fsc free: 0.9606 / Average fsc work: 0.9634 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.019 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1362 14930 5.004 %
Rwork0.1236 283440 -
all0.124 --
obs-298370 91.71 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 11.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.281 Å2-0 Å20.725 Å2
2--0.419 Å2-0 Å2
3----1.829 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→35.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4110 0 39 593 4742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.6556384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5031.5889828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2215577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36722.338278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.36715820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9231531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1810.24040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.21909
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0740.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0480.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1990.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1290.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7911.0112191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7881.012190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.021.5242807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.021.5252808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8911.1642483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8921.1652478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1411.6943577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1421.6953572
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.13513.1015629
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other1.75312.2665440
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.138913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.97-0.9950.2539620.24318004X-RAY DIFFRACTION79.1008
0.995-1.0220.2219320.2117605X-RAY DIFFRACTION79.2179
1.022-1.0520.19410390.18719491X-RAY DIFFRACTION90.1427
1.052-1.0840.1710330.16218956X-RAY DIFFRACTION90.5012
1.084-1.120.15510110.13718500X-RAY DIFFRACTION91.2795
1.12-1.1590.1349260.12718114X-RAY DIFFRACTION91.9229
1.159-1.2030.1389300.12217644X-RAY DIFFRACTION92.5046
1.203-1.2520.1299660.11616883X-RAY DIFFRACTION93.0314
1.252-1.3080.1248480.10816421X-RAY DIFFRACTION93.5685
1.308-1.3720.127960.10215802X-RAY DIFFRACTION93.9332
1.372-1.4460.1157940.09515141X-RAY DIFFRACTION94.7497
1.446-1.5340.1057290.09314433X-RAY DIFFRACTION95.2686
1.534-1.6390.1126850.09213639X-RAY DIFFRACTION95.9603
1.639-1.7710.1116740.09612774X-RAY DIFFRACTION96.4775
1.771-1.940.1215670.10511841X-RAY DIFFRACTION96.7485
1.94-2.1690.1275100.11110808X-RAY DIFFRACTION97.4765
2.169-2.5040.1255180.1149520X-RAY DIFFRACTION97.8458
2.504-3.0660.1454620.1318048X-RAY DIFFRACTION98.0189
3.066-4.3340.1353510.1366314X-RAY DIFFRACTION98.6093
4.334-35.8560.171970.1673502X-RAY DIFFRACTION97.9349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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