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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p23 | ||||||
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タイトル | Thaumatin-like protein of Puccinia graminis | ||||||
![]() | Thaumatin-like protein of Puccinia graminis | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Thaumatin-like protein | ||||||
機能・相同性 | Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / defense response / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eder, M. / Hofer, G. / Odabas, M. / Keller, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of Thaumatin-like proteins of a bacterial, a fungal and an animal origin 著者: Eder, M. / Hofer, G. / Odabas, M. / Keller, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 177.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7p22C ![]() 2ahnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26004.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CRL 75-36-700-3 / race SCCL / 遺伝子: PGTG_18309 / プラスミド: pPpT4-alpha / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 詳細: PACT premier F12 (0.2 M Sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, and 20 % w/v PEG 3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→42.2 Å / Num. obs: 79992 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1396 / Rpim(I) all: 0.04067 / Rrim(I) all: 0.1456 / Net I/σ(I): 10.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.298 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 7882 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.3669 / % possible all: 99.84 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ahn 解像度: 1.5→42.2 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.13 Å2 / Biso mean: 26.2133 Å2 / Biso min: 12.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→42.2 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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