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- PDB-7p1p: Crystal structure of human acetylcholinesterase in complex with (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p1p
タイトルCrystal structure of human acetylcholinesterase in complex with (E)-3-hydroxy-6-(3-(4-(4-(((2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)butyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl)picolinaldehyde oxime
要素(Acetylcholinesterase) x 2
キーワードHYDROLASE / Acetylcholinesterase / / antidote / oxime
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / Neurotransmitter clearance / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway ...negative regulation of synaptic transmission, cholinergic / Neurotransmitter clearance / acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / cholinesterase activity / serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / amyloid precursor protein metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / Synthesis of PC / basement membrane / regulation of receptor recycling / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / synapse assembly / collagen binding / positive regulation of protein secretion / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / nervous system development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / hydrolase activity / cell adhesion / synapse / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4IX / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Ophelie, D.S. / Jose, D. / Florian, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: A New Class of Bi- and Trifunctional Sugar Oximes as Antidotes against Organophosphorus Poisoning.
著者: Da Silva, O. / Probst, N. / Landry, C. / Hanak, A.S. / Warnault, P. / Coisne, C. / Calas, A.G. / Gosselet, F. / Courageux, C. / Gastellier, A.J. / Trancart, M. / Baati, R. / Dehouck, M.P. / ...著者: Da Silva, O. / Probst, N. / Landry, C. / Hanak, A.S. / Warnault, P. / Coisne, C. / Calas, A.G. / Gosselet, F. / Courageux, C. / Gastellier, A.J. / Trancart, M. / Baati, R. / Dehouck, M.P. / Jean, L. / Nachon, F. / Renard, P.Y. / Dias, J.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
aa: Acetylcholinesterase
A: Acetylcholinesterase
bb: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,28649
ポリマ－118,5084
非ポリマー4,77745
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27710 Å2
ΔGint-450 kcal/mol
Surface area39530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.863, 211.863, 116.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 aabbAB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 27775.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACHE
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P22303, acetylcholinesterase
#2: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 31478.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACHE
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P22303, acetylcholinesterase

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糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 243分子

#6: 化合物 ChemComp-4IX / (2R,3R,4S,5S,6R)-2-[4-[1-[3-[6-[(Z)-hydroxyiminomethyl]-5-oxidanyl-pyridin-2-yl]propyl]-1,2,3-triazol-4-yl]butoxy]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol


分子量: 481.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N5O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M LiSO4, 100 mM HEPES, 60 mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→91.74 Å / Num. obs: 57768 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 78.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.1161 / Net I/σ(I): 13.06
反射 シェル解像度: 3.03→3.138 Å / Num. unique obs: 5756 / CC1/2: 0.933

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLM1.17.1_3660データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EY4

4ey4


解像度: 3.03→91.74 Å / SU ML: 0.4425 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.0998
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 2843 4.9 %
Rwork0.1903 55146 -
obs0.1923 57768 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→91.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8315 0 268 201 8784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00988798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.213312037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01271563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.60061259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.03-3.080.46421550.42462730X-RAY DIFFRACTION99.9
3.08-3.130.4461390.39132747X-RAY DIFFRACTION99.9
3.13-3.190.39291420.32832730X-RAY DIFFRACTION99.9
3.19-3.260.32551850.28432706X-RAY DIFFRACTION99.9
3.26-3.330.27941460.25252733X-RAY DIFFRACTION99.93
3.33-3.410.26721210.22732798X-RAY DIFFRACTION99.97
3.41-3.490.241110.22192757X-RAY DIFFRACTION99.97
3.49-3.590.25661730.22752708X-RAY DIFFRACTION99.93
3.59-3.690.30031340.21752740X-RAY DIFFRACTION99.79
3.69-3.810.25111540.21662744X-RAY DIFFRACTION99.97
3.81-3.950.2561140.2242783X-RAY DIFFRACTION99.97
3.95-4.110.20011430.16532750X-RAY DIFFRACTION99.97
4.11-4.290.18271460.14942772X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.520.17581460.14632751X-RAY DIFFRACTION100
4.52-4.80.18761490.1372747X-RAY DIFFRACTION99.93
4.8-5.170.17641390.14832787X-RAY DIFFRACTION99.93
5.17-5.690.18881260.16592754X-RAY DIFFRACTION99.72
5.69-6.520.18591550.17752779X-RAY DIFFRACTION99.76
6.52-8.210.17091470.16792775X-RAY DIFFRACTION99.76
8.21-91.740.18991180.1672855X-RAY DIFFRACTION99.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.02097821815-0.9478365360.557731008762.40567033143-0.5149507841571.51306524239-0.0917572187923-0.219706366784-0.1547706918550.1593958603840.08214869747070.2951928305030.02021629757740.03517025305530.01495441241560.470854192915-0.03947337604980.09492052374630.508661432271-0.02955267981180.4405862895286.9033232326-94.95975796847.31481855034
22.51982040849-0.3212750348710.7673116022782.5214042623-0.3563102547051.89154836898-0.0244668011891-0.188158490892-0.247513461403-0.1056087412740.182977982340.724501590463-0.106587446468-0.302437102737-0.1399444312560.453528707329-0.0223736972158-0.02880296223660.568235877248-0.02429028281280.79731463661450.6084489762-60.1670181481-26.6309056013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain aaA - F1
2X-RAY DIFFRACTION1chain A
3X-RAY DIFFRACTION2chain bbG - M1
4X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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