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- PDB-7p1c: Crystal structure of E.coli BamA beta-barrel in complex with daro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p1c
タイトルCrystal structure of E.coli BamA beta-barrel in complex with darobactin B
要素
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
  • TRP-ASN-UX8-THR-LYS-ARG-PHE
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Beta-Barrel (Βバレル) / outer membrane / protein insertion / protein folding (フォールディング) / protein maturation / antibiotic (抗生物質) / natural product (天然物化学) / cyclized peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Modaresi, S.M. / Hiller, S. / Maier, T.
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2021
タイトル: Mutasynthetic Production and Antimicrobial Characterization of Darobactin Analogs.
著者: Bohringer, N. / Green, R. / Liu, Y. / Mettal, U. / Marner, M. / Modaresi, S.M. / Jakob, R.P. / Wuisan, Z.G. / Maier, T. / Iinishi, A. / Hiller, S. / Lewis, K. / Schaberle, T.F.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: TRP-ASN-UX8-THR-LYS-ARG-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0069
ポリマ－44,8612
非ポリマー2,1457
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.560, 80.372, 89.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 43805.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, Z0188, ECs0179 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A942
#2: タンパク質・ペプチド TRP-ASN-UX8-THR-LYS-ARG-PHE


タイプ: Peptide-likeペプチド / 分子量: 1055.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002342
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Calcium chloride dihydrate, 0.1M HEPES 7.5, 53% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.107 Å / Num. obs: 19080 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.278 / Rpim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 2.952 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1887 / CC1/2: 0.789 / Rpim(I) all: 0.851 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NRF

7nrf


解像度: 2.5→50.107 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 921 4.83 %
Rwork0.2327 18138 -
obs0.2335 19059 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 240.98 Å2 / Biso mean: 64.4812 Å2 / Biso min: 23.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2909 0 379 90 3378
Biso mean--97 49.08 -
残基数----368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5-2.63180.31941350.28972548
2.6318-2.79670.30021260.2732623
2.7967-3.01260.27921270.25792558
3.0126-3.31570.25021360.22572574
3.3157-3.79540.27771260.22062609
3.7954-4.78120.21711260.21342596
4.7812-50.1070.23451450.22852630
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7686-0.50370.44140.63-0.75831.0605-0.54530.18640.668-0.47290.266-0.425-0.07830.1043-0.01120.6319-0.0904-0.01030.3086-0.0160.533236.3636-1.78563.5457
20.45280.3067-0.32440.2395-0.01890.7867-0.1044-0.17110.7563-0.03110.1877-0.3462-0.65940.1490.07660.6030.04180.01670.1680.03680.505221.8710.8373-2.4549
31.37940.4927-0.26950.1596-0.01940.622-0.11630.35540.2945-0.41470.107-0.3761-0.4692-0.03170.00060.43870.0368-0.01860.3783-0.0190.366221.3138-12.06960.8665
41.88220.17520.77310.4217-0.47140.93870.0750.197-0.2108-0.11940.0189-0.21460.2073-0.06630.00010.328-00.01660.3033-0.05410.302722.3109-21.04694.5006
50.7920.50420.37930.53270.65890.8469-0.0253-0.1597-0.1132-0.0017-0.10530.04320.0001-0.2849-0.00040.2851-0.0171-0.00380.3539-0.03780.282721.3775-17.04214.7442
61.0621-0.4006-0.04470.41330.30382.14620.0923-0.2664-0.24780.32960.0465-0.15390.2658-0.04480.00510.2838-0.00960.00570.29460.00390.312230.9704-18.781121.1235
72.83180.9353-0.4330.89030.190.9426-0.1274-0.198-0.5277-0.60880.1798-0.32790.12580.3584-0.19980.53440.0364-0.06890.4149-0.06280.311136.205-17.199319.6759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 424 through 446 )A424 - 446
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 447 through 483 )A447 - 483
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 484 through 537 )A484 - 537
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 538 through 589 )A538 - 589
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 590 through 675 )A590 - 675
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 676 through 789 )A676 - 789
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 790 through 810 )A790 - 810

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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