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万見
- PDB-7p0s: ORF virus encoded Bcl-2 homolog ORFV125 in complex with Puma BH3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0s
タイトルORF virus encoded Bcl-2 homolog ORFV125 in complex with Puma BH3 peptide
要素
  • Apoptosis inhibitor
  • Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
キーワードAPOPTOSIS / ORF virus / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / negative regulation of growth / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / fibroblast apoptotic process / positive regulation of thymocyte apoptotic process / FOXO-mediated transcription of cell death genes ...positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / negative regulation of growth / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / fibroblast apoptotic process / positive regulation of thymocyte apoptotic process / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / execution phase of apoptosis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic signaling pathway / determination of adult lifespan / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / : / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / DNA damage response / mitochondrion / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis inhibitor / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Orf virus (オルフウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.50315873146 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Structural Investigation of Orf Virus Bcl-2 Homolog ORFV125 Interactions with BH3-Motifs from BH3-Only Proteins Puma and Hrk.
著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis inhibitor
U: Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
B: Apoptosis inhibitor
C: Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7424
ポリマ－38,7424
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.033, 69.564, 92.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis inhibitor


分子量: 16160.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Conserved Bcl-2 fold with 7 alpha helices / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 遺伝子: ORFV125, ORF125 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0R8HV90
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 3210.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Puma BH3 peptide 26-mer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.32 % / 解説: Single rod shaped crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium acetate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.503→43.283140319 Å / Num. obs: 11059 / % possible obs: 96.97 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 62.9564032227 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8.91
反射 シェル解像度: 2.503→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 1219 / CC1/2: 0.296 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575_000精密化
DIALSデータ削減
Aimless7.0.078データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ADT

7adt


解像度: 2.50315873146→43.283140319 Å / SU ML: 0.43090510967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33792022765 / 位相誤差: 36.1923713478
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285825212659 554 5.02859217573 %
Rwork0.24470197337 10463 -
obs0.246848326679 11017 97.006251651 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.50315873146→43.283140319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2479 0 0 25 2504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002480888648862515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4781441000663405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0323549060059382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00245625512657452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.80450618651549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5032-2.7550.3945645791071340.3440588927942580X-RAY DIFFRACTION97.9429808733
2.755-3.15360.3448961266551420.3104734924042602X-RAY DIFFRACTION98
3.1536-3.97270.2782308666441230.2557030978212608X-RAY DIFFRACTION96.8096419709
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.6252816749 Å / Origin y: 3.28902382585 Å / Origin z: 5.78428629941 Å
111213212223313233
T0.384150884547 Å20.0418705975045 Å20.00917638843092 Å2-0.340823825349 Å20.0922458285023 Å2--0.423804439475 Å2
L3.1304321334 °22.45069757962 °21.25655432084 °2-4.27144885739 °21.73004796896 °2--2.68811815494 °2
S0.200765695933 Å °-0.115111940674 Å °-0.236455725659 Å °0.134727830671 Å °-0.182628943809 Å °-0.267761010704 Å °-0.154118180905 Å °-0.0700399995837 Å °0.00839016393343 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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