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- PDB-7p0k: Crystal structure of Autotaxin (ENPP2) with 18F-labeled positron ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0k
タイトルCrystal structure of Autotaxin (ENPP2) with 18F-labeled positron emission tomography ligand
要素Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE / Autotaxin (ATX) / lysophosphatidic acid (LPA) / fluorine-18 / positron emission tomography (PET) / inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / lysophospholipase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / lysophospholipase activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to cadmium ion / regulation of cell migration / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / immune response / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4I0 / IODIDE ION / THIOCYANATE ION / Autotaxin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Salgado-Polo, F. / Shao, T. / Xiao, Z. / Van, R. / Chen, J. / Rong, J. / Haider, A. / Shao, Y. / Josephson, L. / Perrakis, A. / Liang, S.H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号
Oncode Institute オランダ
引用ジャーナル: J Med Chem / : 2021
タイトル: Imaging Autotaxin In Vivo with 18 F-Labeled Positron Emission Tomography Ligands
著者: Deng, X. / Salgado-Polo, F. / Shao, T. / Xiao, Z. / Van, R. / Chen, J. / Rong, J. / Haider, A. / Shao, Y. / Josephson, L. / Perrakis, A. / Liang, S.H.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,60415
ポリマ-88,6171
非ポリマー2,98814
5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area31620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.570, 87.149, 145.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 88616.508 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A,N410A,N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
, 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1194.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b3-c1_b6-d1_d3-e1_d6-g1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 316分子

#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : CNS
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#7: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : I
#8: 化合物 ChemComp-4I0 / 2-[[2-ethyl-6-[4-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]piperazin-1-yl]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]-methyl-amino]-4-(4-fluorophenyl)-2,3-dihydro-1,3-thiazole-5-carbonitrile


分子量: 592.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C30H34F2N8OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaSCN, NH4I

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.45 Å / Num. obs: 39684 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.07-48.455.40.1066240.9830.0660.125
2.2-2.275.31.02934160.6560.6941.248

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xr9
解像度: 2.2→47.568 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.289 / WRfactor Rwork: 0.223 / SU B: 20.219 / SU ML: 0.244 / Average fsc free: 0.8462 / Average fsc work: 0.8687 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 1926 4.859 %
Rwork0.2124 37715 -
all0.215 --
obs-39641 97.913 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2--2.433 Å2-0 Å2
3----1.463 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6221 0 153 304 6678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0136581
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0145926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.6778929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1481.59713725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.095769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.57321.354362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.777151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7231548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.25847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.23165
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.22733
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1310.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1720.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1460.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8532.5013082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8322.4983078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.823.7433841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8213.7443842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1872.7583499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1862.7583499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2884.0445086
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2884.0455087
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.06529.8677394
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.04129.7317355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2570.331500.3112738X-RAY DIFFRACTION99.1418
2.257-2.3190.321500.2832707X-RAY DIFFRACTION98.9951
2.319-2.3860.321210.2752640X-RAY DIFFRACTION99.2808
2.386-2.460.2911150.2532613X-RAY DIFFRACTION99.0559
2.46-2.540.3181450.2422451X-RAY DIFFRACTION98.5948
2.54-2.6290.2631180.2272375X-RAY DIFFRACTION98.6936
2.629-2.7290.2771280.2162335X-RAY DIFFRACTION98.3233
2.729-2.840.311050.2112231X-RAY DIFFRACTION98.6487
2.84-2.9660.2581310.2142128X-RAY DIFFRACTION98.4743
2.966-3.1110.3051050.2072037X-RAY DIFFRACTION97.4522
3.111-3.2790.226870.21962X-RAY DIFFRACTION98.2734
3.279-3.4780.258850.2051850X-RAY DIFFRACTION97.334
3.478-3.7180.254850.1971705X-RAY DIFFRACTION96.9139
3.718-4.0160.275800.2021628X-RAY DIFFRACTION97.0455
4.016-4.3980.262680.1661509X-RAY DIFFRACTION96.8673
4.398-4.9170.215700.1491341X-RAY DIFFRACTION96.8428
4.917-5.6770.354720.2261198X-RAY DIFFRACTION96.2851
5.677-6.950.236460.2251009X-RAY DIFFRACTION94.2806
6.95-9.8170.179440.176787X-RAY DIFFRACTION93.0571
9.817-400.225210.224472X-RAY DIFFRACTION92.4953
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.3383 Å / Origin y: 0.0555 Å / Origin z: -9.3854 Å
111213212223313233
T0.0209 Å20.0089 Å20.0056 Å2-0.0625 Å20.0057 Å2--0.0019 Å2
L0.439 °20.0368 °20.2184 °2-0.4372 °20.3013 °2--1.709 °2
S0.0023 Å °-0.0304 Å °-0.0103 Å °0.0366 Å °-0.02 Å °0.009 Å °0.0675 Å °-0.0384 Å °0.0178 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA56 - 859
2X-RAY DIFFRACTION1ALLAaA1902
3X-RAY DIFFRACTION1ALLAbA2310
4X-RAY DIFFRACTION1ALLAcA1863
5X-RAY DIFFRACTION1ALLAdA1866
6X-RAY DIFFRACTION1ALLAeA1867
7X-RAY DIFFRACTION1ALLAfA1868
8X-RAY DIFFRACTION1ALLAgA1869
9X-RAY DIFFRACTION1ALLAhA1871
10X-RAY DIFFRACTION1ALLAiA1875
11X-RAY DIFFRACTION1ALLAjA1893
12X-RAY DIFFRACTION1ALLAkA1901
13X-RAY DIFFRACTION1ALLAlA2305
14X-RAY DIFFRACTION1ALLAmA2306
15X-RAY DIFFRACTION1ALLAnA2309
16X-RAY DIFFRACTION1ALLAoA2311
17X-RAY DIFFRACTION1ALLApA2312
18X-RAY DIFFRACTION1ALLAqA2313
19X-RAY DIFFRACTION1ALLArA2314
20X-RAY DIFFRACTION1ALLAsA2315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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