PDB-7p0k: Crystal structure of Autotaxin (ENPP2) with 18F-labeled positron ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p0k

タイトル

Crystal structure of Autotaxin (ENPP2) with 18F-labeled positron emission tomography ligand

要素

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

キーワード

HYDROLASE / Autotaxin (ATX) / lysophosphatidic acid (LPA) / fluorine-18 / positron emission tomography (PET) / inflammation

機能・相同性

機能・相同性情報

response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Salgado-Polo, F. / Shao, T. / Xiao, Z. / Van, R. / Chen, J. / Rong, J. / Haider, A. / Shao, Y. / Josephson, L. / Perrakis, A. / Liang, S.H.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: J Med Chem / 年: 2021
タイトル: Imaging Autotaxin In Vivo with 18 F-Labeled Positron Emission Tomography Ligands
著者: Deng, X. / Salgado-Polo, F. / Shao, T. / Xiao, Z. / Van, R. / Chen, J. / Rong, J. / Haider, A. / Shao, Y. / Josephson, L. / Perrakis, A. / Liang, S.H.

履歴

登録	2021年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p0k.cif.gz	571.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p0k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7p0k_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p0k_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7p0k_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	7p0k_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xr9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

ヘテロ分子

91.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.570, 87.149, 145.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD 分子量: 88616.508 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A,N410A,N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

#1: タンパク質

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD

分子量: 88616.508 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A,N410A,N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1194.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b3-c1_b6-d1_d3-e1_d6-g1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 316分子

#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 化合物	ChemComp-4I0 / 2-[[2-ethyl-6-[4-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]piperazin-1-yl]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]-methyl-amino]-4-(4-fluorophenyl)-2,3-dihydro-1,3-thiazole-5-carbonitrile 分子量: 592.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₄F₂N₈OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaSCN, NH4I

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.999998 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→48.45 Å / Num. obs: 39684 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.193 / R_pim(I) all: 0.13 / R_rim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.07-48.45	5.4	0.106	624	0.983	0.066	0.125
2.2-2.27	5.3	1.029	3416	0.656	0.694	1.248

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xr9

2xr9

解像度: 2.2→47.568 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / WR_factor R_free: 0.289 / WR_factor R_work: 0.223 / SU B: 20.219 / SU ML: 0.244 / Average fsc free: 0.8462 / Average fsc work: 0.8687 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2708	1926	4.859 %
R_work	0.2124	37715	-
all	0.215	-	-
obs	-	39641	97.913 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.843 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.433 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.463 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6221	0	153	304	6678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	6581
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	5926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.677	8929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.148	1.597	13725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.09	5	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.573	21.354	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.777	15	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.723	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	5847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.853	2.501	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.832	2.498	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.82	3.743	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.821	3.744	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.187	2.758	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.186	2.758	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.288	4.044	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.288	4.045	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.065	29.867	7394
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.041	29.731	7355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.33	150	0.311	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.1418
2.257-2.319	0.32	150	0.283	2707	X-RAY DIFFRACTION	98.9951
2.319-2.386	0.32	121	0.275	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.2808
2.386-2.46	0.291	115	0.253	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.0559
2.46-2.54	0.318	145	0.242	2451	X-RAY DIFFRACTION	98.5948
2.54-2.629	0.263	118	0.227	2375	X-RAY DIFFRACTION	98.6936
2.629-2.729	0.277	128	0.216	2335	X-RAY DIFFRACTION	98.3233
2.729-2.84	0.31	105	0.211	2231	X-RAY DIFFRACTION	98.6487
2.84-2.966	0.258	131	0.214	2128	X-RAY DIFFRACTION	98.4743
2.966-3.111	0.305	105	0.207	2037	X-RAY DIFFRACTION	97.4522
3.111-3.279	0.226	87	0.2	1962	X-RAY DIFFRACTION	98.2734
3.279-3.478	0.258	85	0.205	1850	X-RAY DIFFRACTION	97.334
3.478-3.718	0.254	85	0.197	1705	X-RAY DIFFRACTION	96.9139
3.718-4.016	0.275	80	0.202	1628	X-RAY DIFFRACTION	97.0455
4.016-4.398	0.262	68	0.166	1509	X-RAY DIFFRACTION	96.8673
4.398-4.917	0.215	70	0.149	1341	X-RAY DIFFRACTION	96.8428
4.917-5.677	0.354	72	0.226	1198	X-RAY DIFFRACTION	96.2851
5.677-6.95	0.236	46	0.225	1009	X-RAY DIFFRACTION	94.2806
6.95-9.817	0.179	44	0.176	787	X-RAY DIFFRACTION	93.0571
9.817-40	0.225	21	0.224	472	X-RAY DIFFRACTION	92.4953

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.3383 Å / Origin y: 0.0555 Å / Origin z: -9.3854 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0209 Å²	0.0089 Å²	0.0056 Å²	-	0.0625 Å²	0.0057 Å²	-	-	0.0019 Å²
L	0.439 °²	0.0368 °²	0.2184 °²	-	0.4372 °²	0.3013 °²	-	-	1.709 °²
S	0.0023 Å °	-0.0304 Å °	-0.0103 Å °	0.0366 Å °	-0.02 Å °	0.009 Å °	0.0675 Å °	-0.0384 Å °	0.0178 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	56 - 859
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	1902
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	2310
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	1863
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	1866
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AeA	1867
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AfA	1868
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AgA	1869
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AhA	1871
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AiA	1875
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AjA	1893
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AkA	1901
13	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AlA	2305
14	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AmA	2306
15	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AnA	2309
16	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AoA	2311
17	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ApA	2312
18	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AqA	2313
19	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ArA	2314
20	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AsA	2315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)