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- PDB-7p0h: Crystal structure of Helicobacter pylori ComF fused to an artific... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0h
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper(named B2)
要素Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
キーワードRECOMBINATION / Competence protein
機能・相同性Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / metal ion binding / Chem-PRP / Amidophosphoribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Synthetic construct (人工物)
Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Celma, L. / Walbott, H. / Legrand, P. / Quevillon-Cheruel, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: ComFC mediates transport and handling of single-stranded DNA during natural transformation.
著者: Damke, P.P. / Celma, L. / Kondekar, S.M. / Di Guilmi, A.M. / Marsin, S. / Depagne, J. / Veaute, X. / Legrand, P. / Walbott, H. / Vercruyssen, J. / Guerois, R. / Quevillon-Cheruel, S. / Radicella, J.P.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
B: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
C: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
D: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,79234
ポリマ－188,4874
非ポリマー3,30630
水5,080282
1
A: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
C: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,17220
ポリマ－94,2432
非ポリマー1,92918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9340 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area35350 Å2
手法PISA
2
B: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
D: Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,62014
ポリマ－94,2432
非ポリマー1,37712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area35300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.880, 87.980, 122.790
Angle α, β, γ (deg.)80.230, 76.440, 76.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2)


分子量: 47121.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物), (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_1473
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O26008
#3: 糖
ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 308分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Tri-potassium citrate PEG 3350 18% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→46.47 Å / Num. obs: 77488 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 79.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.49-2.5610.72.8455784153980.4830.8812.9860.692.6
11.15-46.4110.60.04891338650.9980.0160.05171.398.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
STARANISO1.10.9 (13-Dec-2017)データスケーリング
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSNov 11, 2017データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.499→46.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.661 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.574 / SU Rfree Blow DPI: 0.288 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.3 / 詳細: Dataset anisotropically truncated by STARANISO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2448 3156 5 %RANDOM
Rwork0.2209 ---
obs0.2221 63118 80.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 146.65 Å2 / Biso mean: 69.74 Å2 / Biso min: 28.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5785 Å2-0.2807 Å20.3187 Å2
2--1.5245 Å2-0.6682 Å2
3----2.1029 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.499→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12672 0 184 282 13138
Biso mean--79.81 54.88 -
残基数----1644
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4732SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2188HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13014HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1700SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9664SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13014HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17546HARMONIC20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.9
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 60 4.75 %
Rwork0.2559 1203 -
all0.2567 1263 -
obs--29.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72140.59890.7960.1002-0.02461.95720.2129-0.0899-0.2260.0835-0.08080.02190.0653-0.1213-0.1321-0.0720.0678-0.0894-0.0853-0.0255-0.0229-0.146448.38-25.8988
20.48230.2716-1.0390.3377-0.75892.67810.0392-0.22910.02880.08470.06470.0066-0.29190.1872-0.10390.10650.02310.101-0.0692-0.0524-0.026328.199788.6361-54.5223
33.0895-0.887-0.66360.5296-0.28711.6580.3427-0.03150.4071-0.1338-0.13930.02340.0999-0.0701-0.2034-0.1702-0.07830.1642-0.041-0.05140.00160.406897.12271.4032
40.9018-1.1712.14730.84920.17855.22610.05920.5055-0.23310.06860.1336-0.03110.58040.1274-0.19280.2104-0.1786-0.10730.0484-0.0479-0.118128.363256.459729.766
52.18150.6644-0.52220.49730.04141.4290.1298-0.0750.16610.1989-0.12310.00720.00230.1537-0.0067-0.17250.07090.0277-0.0007-0.0012-0.029434.408692.786-31.8459
60.65710.9891.13890.12391.44843.31390.0518-0.25570.03790.20930.09150.08590.4981-0.0729-0.14330.26410.0405-0.2187-0.08520.0567-0.06726.221446.6824-49.2522
72.9605-0.42941.49380.24990.45372.1370.40080.0529-0.22260.0291-0.2169-0.08210.16680.0222-0.1839-0.058-0.131-0.0913-0.04030.0793-0.088234.53652.81116.7586
81.337-1.4614-2.15891.08381.84723.87640.22190.49290.1929-0.3534-0.0235-0.1487-0.6435-0.2286-0.19840.1272-0.10090.14660.02140.0261-0.04526.575798.623624.7428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|16 - A|231 }A16 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|232 - A|426 A|501 - A|503 }A232 - 426
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|232 - A|426 A|501 - A|503 }A501 - 503
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|16 - B|231 }B16 - 231
5X-RAY DIFFRACTION4{ B|232 - B|426 B|501 - B|503 }B232 - 426
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|232 - B|426 B|501 - B|503 }B501 - 503
7X-RAY DIFFRACTION5{ C|16 - C|231 }C16 - 231
8X-RAY DIFFRACTION6{ C|232 - C|426 C|501 - C|503 }C232 - 426
9X-RAY DIFFRACTION6{ C|232 - C|426 C|501 - C|503 }C501 - 503
10X-RAY DIFFRACTION7{ D|16 - D|231 }D16 - 231
11X-RAY DIFFRACTION8{ D|232 - D|426 D|501 - D|503 }D232 - 426
12X-RAY DIFFRACTION8{ D|232 - D|426 D|501 - D|503 }D501 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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