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- PDB-7p0h: Crystal structure of Helicobacter pylori ComF fused to an artific... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7p0h | ||||||
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Title | Crystal structure of Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper(named B2) | ||||||
![]() | Helicobacter pylori ComF fused to an artificial alphaREP crystallization helper (named B2) | ||||||
![]() | RECOMBINATION / Competence protein | ||||||
Function / homology | nucleoside metabolic process / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Chem-PRP / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | Synthetic construct (others)![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Celma, L. / Walbott, H. / Legrand, P. / Quevillon-Cheruel, S. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: ComFC mediates transport and handling of single-stranded DNA during natural transformation. Authors: Damke, P.P. / Celma, L. / Kondekar, S.M. / Di Guilmi, A.M. / Marsin, S. / Depagne, J. / Veaute, X. / Legrand, P. / Walbott, H. / Vercruyssen, J. / Guerois, R. / Quevillon-Cheruel, S. / Radicella, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 642.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 556.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD![](data/chem/img/PRP.gif)
![](data/chem/img/PRP.gif)
#1: Protein | Mass: 47121.641 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synthetic construct (others), (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 700392 / 26695 / Gene: HP_1473 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O26008 #3: Sugar | ChemComp-PRP / |
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-Non-polymers , 4 types, 308 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M Tri-potassium citrate PEG 3350 18% (w/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2017 / Details: KB Mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.49→46.47 Å / Num. obs: 77488 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 79.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 15.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso max: 146.65 Å2 / Biso mean: 69.74 Å2 / Biso min: 28.93 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.499→46.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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