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万見
- PDB-7oyv: E.coli's putrescine receptor variant PotF/D (4JDF) with mutations... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oyv
タイトルE.coli's putrescine receptor variant PotF/D (4JDF) with mutations E39D F88A S247D in complex with spermidine
要素Putrescine-binding periplasmic protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / E.coli / Periplasmic binding protein / PotF / Spermidine
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine binding / polyamine transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-1-methoxypropan-2-amine / Chem-3IZ / (2R)-1-methoxypropan-2-amine / SPERMIDINE / Putrescine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shanmugaratnam, S. / Kroeger, P. / Hocker, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HO4022/2-3 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fine-tuning spermidine binding modes in the putrescine binding protein PotF.
著者: Kroger, P. / Shanmugaratnam, S. / Scheib, U. / Hocker, B.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putrescine-binding periplasmic protein
B: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,28915
ポリマ－78,9652
非ポリマー1,32413
水4,035224
1
A: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2698
ポリマ－39,4831
非ポリマー7877
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0207
ポリマ－39,4831
非ポリマー5376
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.613, 122.576, 190.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-712-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 29 through 63 or resid 65...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 29 through 63 or resid 65...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNASPA1 - 35
d_12ens_1ASNGLYA37 - 47
d_13ens_1THRPROA49 - 79
d_14ens_1TRPALAA81 - 102
d_15ens_1PROSERA104 - 146
d_16ens_1GLYSERA148 - 199
d_17ens_1TYRILEA201 - 210
d_18ens_1VALALAA212 - 245
d_19ens_1ALAGLNA247 - 323
d_110ens_1PROASPA325 - 328
d_111ens_1VALLYSA330 - 339
d_112ens_1GLYGLYA341
d_113ens_1J0FJ0FC
d_114ens_1J0FJ0FD
d_115ens_1SPDSPDE
d_116ens_13IE3IEF
d_21ens_1GLNASPH1 - 35
d_22ens_1ASNGLYH37 - 47
d_23ens_1THRPROH49 - 79
d_24ens_1TRPALAH81 - 102
d_25ens_1PROSERH104 - 146
d_26ens_1GLYSERH148 - 199
d_27ens_1TYRILEH201 - 210
d_28ens_1VALALAH212 - 245
d_29ens_1ALAGLNH247 - 323
d_210ens_1PROASPH325 - 328
d_211ens_1VALLYSH330 - 339
d_212ens_1GLYGLYH341
d_213ens_1J0FJ0FJ
d_214ens_1J0FJ0FK
d_215ens_1SPDSPDL
d_216ens_13IE3IEM

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.992090592022, 0.00773160003784, -0.12528559208), (-0.00208090739812, -0.998977113912, -0.0451707394701), (-0.125506681281, -0.0445527579475, 0.991091885101) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.992090592022, 0.00773160003784, -0.12528559208), (-0.00208090739812, -0.998977113912, -0.0451707394701), (-0.125506681281, -0.0445527579475, 0.991091885101)
ベクター: -5.95500579795, 11.2718658384, -0.565642505354)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putrescine-binding periplasmic protein


分子量: 39482.574 Da / 分子数: 2 / 変異: S38T, S87Y, F88A, A182D, F276W, L348Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: potF, HPE39_07830, WP7S17E04_28980 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6S5NLK9

-
非ポリマー , 6種, 237分子

#2: 化合物 ChemComp-3IZ / (2~{R})-1-[(2~{R})-1-[(2~{R})-1-(2-methoxyethoxy)propan-2-yl]oxypropan-2-yl]oxypropan-2-amine


分子量: 249.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO4
#3: 化合物
ChemComp-JFN / (2R)-1-methoxypropan-2-amine / jeffamine


分子量: 89.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11NO
#4: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34)


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-3IE / (2~{S})-1-methoxypropan-2-amine


分子量: 89.136 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11NO
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 2.4 M AmSO4 + 0.1 M Bicine pH 8.3 + 4.5% Jeffamine M600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月11日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.58 Å / Num. obs: 62244 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 33.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 2.003 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5363 / CC1/2: 0.375 / CC star: 0.739 / Rpim(I) all: 0.712 / Rrim(I) all: 2.139 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.5モデル構築
XDS20190806データ削減
XSCALE20190806データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A99

1a99


解像度: 1.9→47.58 Å / SU ML: 0.3176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 31.0686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2763 2101 3.38 %
Rwork0.2273 60126 -
obs0.2289 62236 90.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5376 0 87 224 5687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00675657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86297696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.28082091
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.71538110344 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.47341150.43343280X-RAY DIFFRACTION74.8
1.94-1.990.3971320.35063769X-RAY DIFFRACTION86.73
1.99-2.040.34391320.31393786X-RAY DIFFRACTION86.36
2.04-2.10.36481320.29443770X-RAY DIFFRACTION86.65
2.1-2.170.33341320.29923792X-RAY DIFFRACTION86.68
2.17-2.250.3541310.28423742X-RAY DIFFRACTION86.03
2.25-2.340.31731360.25633910X-RAY DIFFRACTION89.14
2.34-2.440.27421410.24374014X-RAY DIFFRACTION91.97
2.44-2.570.28051410.24384049X-RAY DIFFRACTION91.81
2.57-2.730.31781420.24354073X-RAY DIFFRACTION92.47
2.73-2.950.27011480.24464218X-RAY DIFFRACTION95.79
2.95-3.240.29871490.23074275X-RAY DIFFRACTION96.4
3.24-3.710.2441520.20624360X-RAY DIFFRACTION97.98
3.71-4.670.23691560.17894455X-RAY DIFFRACTION99.59
4.67-47.580.23721620.19674633X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23913422570.4292202725040.4822001056471.776609738730.3505605483051.45033209294-0.0801176106299-0.0904907827204-0.07532997473440.0597169417502-0.005481054586560.1495113033160.0944071072325-0.113126125567-0.002837286133840.2048217821650.0555178194640.01514696847280.253653057797-0.04178560093010.250208640864-17.488251828111.1739718771-22.5045129832
21.02028676176-0.0246626915884-0.3709171116321.58057819751-0.06435069571721.15021980409-0.0879130099415-0.04042889580340.04788531388610.006178163062410.0248004878895-0.01318178725560.0325434800990.0698623238408-3.85501994478E-50.2313567730040.0449211396457-0.04927180262710.2738312031430.00566061106370.23054179589114.36526989131.2549572984-21.1341175351
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 29 - 369 / Label seq-ID: 1 - 341

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 29 through 369)AA
22(chain 'B' and resid 29 through 369)BH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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