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- PDB-7oyl: Phosphoglucose isomerase of Aspergillus fumigatus in complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oyl
タイトルPhosphoglucose isomerase of Aspergillus fumigatus in complexed with Glucose-6-phosphate
要素Glucose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Fungal pathogen / phosphoglucose isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative binding / gluconeogenesis / glycolytic process
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / Glucose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Raimi, O.G. / Yan, K. / Fang, W. / van Aalten, D.M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)V001094 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Phosphoglucose Isomerase Is Important for Aspergillus fumigatus Cell Wall Biogenesis.
著者: Zhou, Y. / Yan, K. / Qin, Q. / Raimi, O.G. / Du, C. / Wang, B. / Ahamefule, C.S. / Kowalski, B. / Jin, C. / van Aalten, D.M.F. / Fang, W.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,67210
ポリマ－61,8581
非ポリマー8159
水8,917495
1
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,34420
ポリマ－123,7152
非ポリマー1,62918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area16650 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area35200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.251, 85.251, 232.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1137-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glucose-6-phosphate isomerase


分子量: 61857.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 遺伝子: CDV57_05145
詳細 (発現宿主): modified by a 6His tag prior to the GST
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A229XY52, glucose-6-phosphate isomerase
#5: 糖 ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 503分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Na-Hepes pH 7.5, 1.4M Tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→48.03 Å / Num. obs: 82761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.844 Å / Rmerge(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 7939

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GZD

1gzd


解像度: 1.78→42.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.464 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1802 4139 5 %RANDOM
Rwork0.1541 ---
obs0.1555 78516 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.4 Å2 / Biso mean: 27.762 Å2 / Biso min: 12.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→42.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4309 0 49 495 4853
Biso mean--52.39 39.34 -
残基数----557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.6436295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5151.5719820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4465608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04323.727220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92815762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8921515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02957
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 281 -
Rwork0.313 5695 -
all-5976 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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