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- PDB-7oyi: Escherichia coli YtfE_E159L(MN) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oyi
タイトルEscherichia coli YtfE_E159L(MN)
要素Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / di-iron
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nitrosative stress / protein repair / nitrite reductase activity / response to oxidative stress / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Repair of iron centres family / Iron-sulfur cluster repair protein YftE / Domain of Unknown function (DUF542) / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN ATOM / Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Silva, L.S.O. / Matias, P. / Romao, C.V. / Saraiva, L.M.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSFRH/BD/118545/2016 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Repair of Iron Center Proteins-A Different Class of Hemerythrin-like Proteins.
著者: Silva, L.S.O. / Matias, P.M. / Romao, C.V. / Saraiva, L.M.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
B: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,88411
ポリマ－49,4092
非ポリマー4759
水4,071226
1
A: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0547
ポリマ－24,7041
非ポリマー3496
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8304
ポリマ－24,7041
非ポリマー1263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.824, 49.671, 88.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.481, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 5 or resid 7...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 5 or resid 7...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAASPA1 - 4
d_12ens_1PROALAA6 - 72
d_13ens_1ILEILEA74 - 79
d_14ens_1ARGLEUA81 - 200
d_15ens_1ASPGLUA202 - 219
d_16ens_1MNMNB
d_17ens_1MNMNC
d_21ens_1ALAASPF1 - 4
d_22ens_1PROALAF6 - 72
d_23ens_1ILEILEF74 - 79
d_24ens_1ARGLEUF81 - 200
d_25ens_1ASPGLUF202 - 219
d_26ens_1MNMNG
d_27ens_1MNMNH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Iron-sulfur cluster repair protein YtfE / Regulator of cell morphogenesis and NO signaling / RCMNS


分子量: 24704.361 Da / 分子数: 2 / 変異: C30A, C31A, E159L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ytfE, b4209, JW4167
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P69506

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非ポリマー , 6種, 235分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Tris-HCl pH 8.5, PEG 4000, magnesium chloride, manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976247 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→53.39 Å / Num. obs: 43000 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.81 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.86→1.88 Å / Num. unique obs: 2139 / CC1/2: 0.787

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FNN

5fnn


解像度: 1.86→53.39 Å / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6235
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 2089 4.86 %
Rwork0.181 40900 -
obs0.1821 42989 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→53.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3460 0 18 227 3705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00763576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79024849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.55861388
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.638809817113 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.90.34061300.33362742X-RAY DIFFRACTION99.69
1.9-1.950.2821530.26852695X-RAY DIFFRACTION99.62
1.95-20.24281470.22942710X-RAY DIFFRACTION99.55
2-2.060.25831320.20272741X-RAY DIFFRACTION99.69
2.06-2.130.25321390.1942670X-RAY DIFFRACTION99.36
2.13-2.20.22731570.1852708X-RAY DIFFRACTION99.24
2.2-2.290.23551440.19272694X-RAY DIFFRACTION99.23
2.29-2.390.20791310.1942718X-RAY DIFFRACTION99.06
2.39-2.520.21291470.18162715X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.680.19191350.1742710X-RAY DIFFRACTION98.85
2.68-2.880.1931410.18152731X-RAY DIFFRACTION99.31
2.88-3.170.24251430.19862714X-RAY DIFFRACTION99.41
3.17-3.630.22711280.1812755X-RAY DIFFRACTION99.21
3.63-4.580.15321260.14252771X-RAY DIFFRACTION98.54
4.58-53.390.16911360.17172826X-RAY DIFFRACTION98.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.58244219613-0.464923869422-0.1083186274313.28827819759-0.246450885564.873703354550.1530797432080.106935604388-0.029355930537-0.178031748596-0.112466098321-0.4639272906880.1388437973260.0592654722744-0.05422776096590.192996248820.0242760240750.00771718345090.208441213320.008100987134350.45874788773120.1232136181-11.570208795241.650260938
21.96411274224-0.0731899139110.06829103077952.74894309843-0.9314692176292.260622635290.09454540518260.053019393732-0.0131967418113-0.142015348026-0.145937660881-0.1016700239980.03999830836420.02232090583680.006119017823110.1209521259110.0114118476923-0.01967164450350.200560997541-0.008664429223820.1907338857582.52155075392-1.7459964110343.399728543
36.35906178116-0.6792015552751.673817939262.326717313582.235929567135.734047127170.103175237938-1.028450400940.7711220954270.999520749639-0.0134282279857-0.963135032332-0.5833001705980.386595746124-0.02174753720021.3793957297-0.302249664587-0.2442843637950.783721645408-0.07503382843310.80468248139226.3826451925-2.497190861510.8780325602
42.40588054994-0.149497938319-1.268827572442.15205375421-0.6743469063134.208014951140.178577043971-0.1706618162950.110560640280.683107498311-0.165573010693-0.0483807786573-0.008560412820130.00789902070545-0.05026395529320.802103773928-0.04664018444840.109633915980.30155821224-0.01496789404490.2484770848619.85898684564-12.2200327323.68915273918
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 60 )AA2 - 601 - 59
22chain 'A' and (resid 61 through 220 )AA61 - 22060 - 219
33chain 'B' and (resid 2 through 60 )BF2 - 601 - 59
44chain 'B' and (resid 61 through 220 )BF61 - 22060 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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