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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oy1 | ||||||
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タイトル | DnrK mutant RTCR | ||||||
![]() | Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Carminomycin-4-O-methyltransferase variant / Chimeragenesis / aclacinomycin 10-hydroxylase / komodoquinone 10-decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() carminomycin 4-O-methyltransferase / daunorubicin biosynthetic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dinis, P. / MetsaKetela, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution-inspired engineering of anthracycline methyltransferases. 著者: Dinis, P. / Tirkkonen, H. / Wandi, B.N. / Siitonen, V. / Niemi, J. / Grocholski, T. / Metsa-Ketela, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7owbC ![]() 7pg7C ![]() 7pgaC ![]() 7pgjC ![]() 7phdC ![]() 7pheC ![]() 7phfC ![]() 1tw2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39949.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア), (組換発現) Streptomyces sp. ZEA17I (バクテリア), (組換発現) Streptomyces purpurascens (バクテリア), (組換発現) ...由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: dnrK, DKT74_09280, rdmB, STSU_011780, STSU_11775 / 株: DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q06528, UniProt: A0A2V2Q0Q4, UniProt: Q54527, UniProt: I2N5E8, carminomycin 4-O-methyltransferase, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate; 0.1 M HEPES 7.0; 20 % w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryocooling / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→49.71 Å / Num. obs: 29636 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.21 Å2 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 4.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.242 / Num. unique obs: 2854 / Rpim(I) all: 0.169 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1TW2 解像度: 2.39→49.7 Å / SU ML: 0.3253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.9372 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→49.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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