PDB-7oxx: CrabP2 mutant R30AK31A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oxx

タイトル

CrabP2 mutant R30AK31A

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

retinoic acid (レチノイン酸) / CRABP2 /

cyclin (サイクリン) / CDK4/6 /

nuclear hormone receptor (核内受容体) / signalling kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting /

retinoid binding /

retinal binding /

retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process /

retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Tomlinson, C.W.E. / Basle, A. / Pohl, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural requirements for the specific binding of CRABP2 to cyclin D3
著者: Pastok, M.W. / Tomlinson, C.W.E. / Tatum, N.J. / Basle, A. / Noble, M.E.M. / Pohl, E. / Endicott, J.A.

履歴

登録	2021年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oxx.cif.gz	426.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oxx.ent.gz	343.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oxwC 2frsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

C: Cellular retinoic acid-binding protein 2

D: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

62.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.170, 106.020, 55.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.700, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	3 - 137	3 - 137
2	2	1	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	3 - 137	3 - 137
3	3	2	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	3 - 137	3 - 137
4	4	2	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	3 - 137	3 - 137
5	5	3	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	3 - 137	3 - 137
6	6	3	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	3 - 137	3 - 137
7	7	4	PRO	PRO	ARG	ARG	B	B	2 - 137	2 - 137
8	8	4	PRO	PRO	ARG	ARG	C	C	2 - 137	2 - 137
9	9	5	PRO	PRO	ARG	ARG	B	B	2 - 137	2 - 137
10	10	5	PRO	PRO	ARG	ARG	D	D	2 - 137	2 - 137
11	11	6	MET	MET	GLU	GLU	C	C	1 - 138	1 - 138
12	12	6	MET	MET	GLU	GLU	D	D	1 - 138	1 - 138

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II 分子量: 15568.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 150 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris pH 6.5 and 25% PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→54.39 Å / Num. obs: 128510 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6247 / CC_1/2: 0.411 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FRS

2frs

解像度: 1.33→54.386 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 3.376 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	6503	5.062 %
R_work	0.1584	121967	-
all	0.161	-	-
obs	-	128470	96.888 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.599 Å²	0 Å²	1.37 Å²
2-	-	-3.617 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.506 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→54.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4333	0	4	399	4736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.017	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.859	1.651	6158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.587	1.581	10284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.925	5	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.942	23.604	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.808	15	877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.026	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	4053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.339	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.141	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.699	2.235	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.557	2.233	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.218	3.374	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.236	3.376	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.135	2.814	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.107	2.81	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.997	4.003	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.985	4.001	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.598	26.514	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.524	26.184	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.602	3	8970
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.104	0.05	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.111	0.05	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.108	0.05	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.113	0.05	3802
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.099	0.05	3865

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07891	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07891	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10446	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10446	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11127	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11127	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10846	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10846	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11306	0.05008
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11306	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09864	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09864	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.33-1.365	0.322	488	0.292	8818	0.294	9786	0.789	0.839	95.095	0.278
1.365-1.402	0.308	433	0.269	8708	0.271	9530	0.84	0.866	95.9182	0.248
1.402-1.443	0.275	435	0.237	8523	0.238	9283	0.874	0.899	96.499	0.214
1.443-1.487	0.236	427	0.206	8213	0.207	8978	0.898	0.915	96.2352	0.181
1.487-1.536	0.242	435	0.175	8001	0.178	8783	0.92	0.941	96.0492	0.152
1.536-1.589	0.195	436	0.16	7674	0.162	8441	0.947	0.953	96.0787	0.14
1.589-1.649	0.203	384	0.143	7537	0.146	8152	0.949	0.962	97.1663	0.126
1.649-1.717	0.196	372	0.121	7263	0.124	7806	0.952	0.976	97.8094	0.109
1.717-1.793	0.191	364	0.132	6989	0.135	7551	0.959	0.968	97.3778	0.124
1.793-1.88	0.181	366	0.122	6614	0.125	7179	0.948	0.97	97.228	0.119
1.88-1.982	0.184	330	0.124	6346	0.127	6872	0.955	0.972	97.1478	0.127
1.982-2.102	0.19	296	0.144	5981	0.146	6453	0.95	0.961	97.2726	0.153
2.102-2.247	0.18	270	0.139	5699	0.141	6115	0.953	0.963	97.6124	0.153
2.247-2.427	0.186	281	0.143	5253	0.145	5675	0.953	0.96	97.5154	0.164
2.427-2.658	0.197	258	0.144	4841	0.147	5222	0.952	0.965	97.6446	0.17
2.658-2.97	0.186	273	0.151	4323	0.153	4720	0.952	0.961	97.3729	0.181
2.97-3.428	0.213	246	0.168	3869	0.171	4202	0.943	0.957	97.9296	0.206
3.428-4.195	0.177	169	0.161	3312	0.162	3544	0.962	0.963	98.2223	0.199
4.195-5.914	0.198	151	0.167	2564	0.168	2752	0.965	0.969	98.6555	0.221
5.914-54.386	0.223	89	0.201	1440	0.202	1553	0.953	0.952	98.4546	0.268

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)