PDB-7oxf: Solution structure of bee apamin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oxf

タイトル

Solution structure of bee apamin

要素

Apamin

キーワード

TOXIN / PROTEIN APAMIN TOXIN BEE VENOM

機能・相同性

機能・相同性情報

inward rectifier potassium channel inhibitor activity / negative regulation of inward rectifier potassium channel activity / modulation of process of another organism / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / potassium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Mineev, K. / Kuzmenkov, A. / Vassilevski, A.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2022
タイトル: Apamin structure and pharmacology revisited.
著者: Kuzmenkov, A.I. / Peigneur, S. / Nasburg, J.A. / Mineev, K.S. / Nikolaev, M.V. / Pinheiro-Junior, E.L. / Arseniev, A.S. / Wulff, H. / Tytgat, J. / Vassilevski, A.A.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oxf.cif.gz	49.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oxf.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oxf_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oxf_full_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示
XML形式データ	7oxf_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	7oxf_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34641Solution structure of bee apamin

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Apamin

2.03 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Apamin / Apamine 分子量: 2034.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: P01500
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	5	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1 mM apamin, 0.01 % v/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O
Label: S1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	apamin	natural abundance	1
0.01 % v/v	sodium azide	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 10 mM / Label: C1 / pH: 2.5 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3.98.13	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	1.9	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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