PDB-7ovz: SOLUTION NMR STRUCTURE OF MAXIMIN 1 IN 50% TRIFLUOROETHANOL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ovz

タイトル

SOLUTION NMR STRUCTURE OF MAXIMIN 1 IN 50% TRIFLUOROETHANOL

要素

Maximin-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / maximin 1 / antimicrobial peptide

機能・相同性

Bombinin / Bombinin / hemolysis in another organism / defense response to fungus / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / Maximins 1/H1

機能・相同性情報

生物種

Bombina maxima (カエル)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Timmons, P.B. / Hewage, C.M.

引用

ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2022
タイトル: Biophysical study of the structure and dynamics of the antimicrobial peptide maximin 1.
著者: Timmons, P.B. / Hewage, C.M.

履歴

登録	2021年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ovz.cif.gz	156.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ovz.ent.gz	99.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ovz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ovz_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ovz_full_validation.pdf.gz	685.3 KB	表示
XML形式データ	7ovz_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	7ovz_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hz2
類似構造データ	5u9y-d 6hz2-d 2n30-d 3mbs-1 2lny-d 6phj-d 1ue4-d 5xo4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34639SOLUTION NMR STRUCTURE OF MAXIMIN 1 IN 50% TRIFLUOROETHANOL

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

M: Maximin-1

2.68 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	medoid

#1: タンパク質・ペプチド	Maximin-1 分子量: 2679.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bombina maxima (カエル) / 参照: UniProt: P83080

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	anisotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	anisotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	anisotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 2.8 mM NA- maximin 1, trifluoroethanol/water / Label: sample / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 2.8 mM / 構成要素: maximin 1 / Isotopic labeling: NA-
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions / pH: 7 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRFAM-SPARKY	National Magnetic Resonance Facility at Madison	chemical shift assignment
CYANA	Peter Guntert	structure calculation
NAMD	NIH CENTER FOR MACROMOLECULAR MODELING & BIOINFORMATICS UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA-CHAMPAIGN	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: medoid

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)