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- PDB-7ovv: Crystal structure of the Arabidopsis thaliana thialysine acetyltr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ovv
タイトルCrystal structure of the Arabidopsis thaliana thialysine acetyltransferase AtNATA2
要素Probable acetyltransferase NATA1-like
キーワードPLANT PROTEIN / GNAT N-acetyltransferase thialysine acetyl coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-ornithine N5-acetyltransferase NATA1-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5NG / Probable acetyltransferase NATA1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Layer, D. / Kopp, J. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 1036 (TP22) ドイツ
German Research Foundation (DFG)Leibniz program (SI 586/6-1) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the Arabidopsis thaliana thialysine acetyltransferase AtNATA2
著者: Layer, D. / Stier, G. / Kopp, J. / Sinning, I.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable acetyltransferase NATA1-like
B: Probable acetyltransferase NATA1-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7974
ポリマ－45,7312
非ポリマー3,0662
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS measurments confirm that AtNATA2 is a dimer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.766, 104.388, 51.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Probable acetyltransferase NATA1-like


分子量: 22865.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g39020, T7F6.19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZV06, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-5NG / [[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyldisulfanyl]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate / CoA-disulfide


分子量: 1533.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H70N14O32P6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: AtNATA229-226 was concentrated to 10 mg/ml and incubated with a fivefold molar excess of CoA for 18 h on ice. Crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant ...詳細: AtNATA229-226 was concentrated to 10 mg/ml and incubated with a fivefold molar excess of CoA for 18 h on ice. Crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant solution. Crystals appeared within 2-18 hours in several conditions. The best diffracting crystals were obtained from the precipitant condition with 0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 0.2 M lithium sulfate and 15 % (v/v) ethanol. Crystals were cryo-protected with 20 % glycerol and flash-frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972423 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→49.24 Å / Num. obs: 70882 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 435296 / Scaling rejects: 96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.471.5282210235540.6040.6621.6691.299.9
7.94-49.240.03827864470.9970.0160.04240.699.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fe7

2fe7


解像度: 1.45→44.54 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 3463 4.89 %
Rwork0.1552 67345 -
obs0.1569 70808 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.63 Å2 / Biso mean: 37.1394 Å2 / Biso min: 12.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 316 272 3754
Biso mean--67.56 39.12 -
残基数----390
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.470.33581280.303727432871100
1.47-1.490.33561210.280526672788100
1.49-1.510.28351430.26727052848100
1.51-1.540.27621310.262826512782100
1.54-1.560.30961390.233527312870100
1.56-1.590.26941410.218926782819100
1.59-1.620.25791610.198626882849100
1.62-1.650.2261330.180326712804100
1.65-1.680.22851370.170826852822100
1.68-1.720.21341290.166827062835100
1.72-1.760.21771410.170126782819100
1.76-1.80.24461570.173626942851100
1.8-1.850.20611250.161526772802100
1.85-1.910.21481220.150327302852100
1.91-1.970.16851140.138227182832100
1.97-2.040.19111420.128426572799100
2.04-2.120.18131460.140327092855100
2.12-2.220.19381340.142726972831100
2.22-2.330.18621630.138126802843100
2.33-2.480.16561590.139327122871100
2.48-2.670.17981320.150826902822100
2.67-2.940.18221380.15242668280699
2.94-3.360.18461220.14842733285599
3.36-4.240.17151590.14052656281599
4.24-44.540.15581460.15442721286799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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