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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ovu | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana NAT9 in complex with AcCoA | |||||||||
要素 | Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein | |||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / GNAT N-acetyltransferase AcCoA PLANT PROTEIN NAT9 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Layer, D. / Weyer, F.A. / Kopp, J. / Sinning, I. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the Arabidopsis thaliana N-acetyltransferase 9 著者: Layer, D. / Weyer, F.A. / Kopp, J. / Sinning, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ovu.cif.gz | 133.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ovu.ent.gz | 105.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ovu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ovu_validation.pdf.gz | 739.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ovu_full_validation.pdf.gz | 740.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ovu_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ovu_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3eo4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24560.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At2g04845 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8S8E7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.53 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: AtNAT9 was concentrated to 15 mg/ml and incubated with a threefold molar excess of AcCoA for 18 h on ice. Crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant ...詳細: AtNAT9 was concentrated to 15 mg/ml and incubated with a threefold molar excess of AcCoA for 18 h on ice. Crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant solution (0.1 M HEPES (pH 7) and 20 % PEG6000) and crystals appeared after seven days. The crystals were cryo-protected with 20 % glycerol and flash-frozen in liquid nitrogen. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976251 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→39.19 Å / Num. obs: 33777 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3306 / CC1/2: 0.509 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3eo4 解像度: 1.45→39.19 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.41 Å2 / Biso mean: 30.7526 Å2 / Biso min: 15.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→39.19 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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