PDB-7ovp: Crystal structure of the chemotactic adaptor protein CheF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ovp

タイトル

Crystal structure of the chemotactic adaptor protein CheF

要素

Adaptor protein CheF

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / archaellum / phosphorylation / motility

機能・相同性

Taxis protein CheF1/F2 / Chemotaxis signal transduction system protein F from archaea / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Weiland, P. / Grininger, M. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the mechanism of archaellar rotational switching.
著者: Altegoer, F. / Quax, T.E.F. / Weiland, P. / Nussbaum, P. / Giammarinaro, P.I. / Patro, M. / Li, Z. / Oesterhelt, D. / Grininger, M. / Albers, S.V. / Bange, G.

履歴

登録	2021年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ovp.cif.gz	346.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ovp.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ovp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ovp_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ovp_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	7ovp_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	7ovp_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7od9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.1148967 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adaptor protein CheF

B: Adaptor protein CheF

80.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Mass photometry confirmed the sole presence of a homonymer

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.620, 188.600, 58.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.904, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Adaptor protein CheF 分子量: 40148.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH0494 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O58230
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.8, 0.1 M ammonium sulfate, 0.3 M sodium formate, 3% PGA-LM, 3% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→46.63 Å / Num. obs: 26066 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 100.31 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 2.75→2.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 2567 / CC_1/2: 0.563

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→46.63 Å / SU ML: 0.6227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.5045
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2844	1113	5 %	RANDOM
R_work	0.2373	21134	-	-
obs	0.2398	22247	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5544	0	0	0	5544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	5644
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0214	7599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0168	945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.249	733

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.03	0.5294	139	0.4805	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.03-3.19	0.3983	139	0.3588	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.19-3.39	0.4002	138	0.3172	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.39-3.65	0.4261	139	0.3261	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-4.02	0.3147	138	0.2466	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.6	0.2836	140	0.2116	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-5.8	0.2309	139	0.2081	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8-46.63	0.219	141	0.1925	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.95961776607	-0.0797444740235	0.0366415941217	8.51047798807	-1.51878108367	2.96185976962	0.311451175759	-0.361731457907	0.114556048136	1.10945152999	-1.06722267901	-0.762663543007	0.0650320847545	0.165774056281	-0.104892721242	0.675764106164	-0.306591485994	-0.0784485278983	0.536230267552	-0.00817022409629	0.485432468041	16.267	144.09	44.86
2	0.804243438326	-0.765069003486	0.877771054134	0.6236106625	-0.636993195547	0.826162059547	0.298728776268	1.30669524711	0.382682855962	-0.93431177638	-0.073214380492	1.68151684527	0.534612560959	-2.02312286763	-0.0038927127857	0.877021200341	-0.129700252233	-0.0646143713895	1.36509418829	-0.068865958077	1.14203560178	-2.462	155.541	32.936
3	-0.30251599743	-1.1960441517	-2.16751816817	-1.23430317305	0.516514139834	2.79189034219	-0.231532665058	0.287849871132	-0.213194149313	0.0450328610694	0.161605249639	-0.141960920965	0.270295065039	-0.269509445715	0.0988349064562	0.586847261183	-0.162579562222	-0.0120688238904	0.648446654474	-0.167167159285	0.571301733078	0.452	159.9	65.524
4	1.24593611541	0.299430970138	0.759059301623	1.33291259443	0.850662359775	0.95766284581	0.605263116132	-0.375817371673	0.729211665243	-0.206076210393	-0.527049547465	-0.862775573324	-0.0596407868419	1.42880144841	0.115727166459	0.787782354211	0.019973872799	0.0670793591944	0.992184662955	0.216457398116	0.816426279181	40.161	210.5	114.867
5	5.42413963735	2.10094793388	-2.96469098961	5.66969800002	-4.92985636675	10.4948909847	-0.157540197309	0.34513281315	-0.29962939442	-0.308676850587	0.458166402374	0.308835472167	1.03747527415	-1.37605988507	0.0945987117221	0.485957699836	-0.113127350112	-0.0191812378984	0.440803910456	0.0269476513735	0.369260141471	18.382	199.831	123.258
6	1.02473318446	0.212513139352	0.483097018937	1.13209767217	0.797127795078	0.563424248818	-0.0373902042854	0.367955946915	0.0106427740874	-0.291358446766	0.309165063136	-0.277124044993	-0.137335356697	0.235099536447	0.01510140544	0.782045787928	-0.174629783385	-0.0583483704102	0.844339446371	0.262897134709	0.580984940534	4.066	182.86	85.993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:168 )	A	2 - 168
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 169:193 )	A	169 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 194:340 OR RESID 341:341 ) )	A	194 - 340
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 194:340 OR RESID 341:341 ) )	A	341
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 2:53 )	B	2 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 54:246 )	B	54 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 247:340 OR RESID 341:341 ) )	B	247 - 340
8	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 247:340 OR RESID 341:341 ) )	B	341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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