PDB-7ouo: Crystal structure of RNA duplex [UCGUGCGA]2 in complex with Ba2+ ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ouo

タイトル

Crystal structure of RNA duplex [UCGUGCGA]2 in complex with Ba2+ cation

要素

RNA (5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*CP*GP*A)-3')

キーワード

RNA / GU wobble base / GU tandem motif I

機能・相同性

: / RNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.212 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Mao, S. / Zheng, Y.Y. / Ruszkowska, A. / Sheng, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Structural Insights Into the 5'UG/3'GU Wobble Tandem in Complex With Ba 2+ Cation.
著者: Ruszkowska, A. / Zheng, Y.Y. / Mao, S. / Ruszkowski, M. / Sheng, J.

履歴

登録	2021年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ouo.cif.gz	29.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ouo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ouo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ouo_validation.pdf.gz	350.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ouo_full_validation.pdf.gz	350.8 KB	表示
XML形式データ	7ouo_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	7ouo_validation.cif.gz	2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: RNA (5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*CP*GP*A)-3')

BBB: RNA (5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*CP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

5.22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.003, 44.003, 122.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(UPCPGPUPGPCPGPA)-3') 分子量: 2542.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The crystal of the r(UCGUGCGA)2 duplex was obtained in the presence of its complementary strand UCGCACGA. The crystals grew in the 12th condition of nucleic acid mini-screen from Hampton (10% ...詳細: The crystal of the r(UCGUGCGA)2 duplex was obtained in the presence of its complementary strand UCGCACGA. The crystals grew in the 12th condition of nucleic acid mini-screen from Hampton (10% MPD, 0.040 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.08M M Potassium chloride, 0.02M M Barium chloride) and further cryoprotected by 35% of MPD.

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.11 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The crystal of the r(UCGUGCGA)2 duplex was obtained in the presence of its complementary strand UCGCACGA. The crystals grew in the 12th condition of nucleic acid mini-screen from Hampton (10% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→80 Å / Num. obs: 2460 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.21→2.35 Å / R_merge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 386 / CC_1/2: 0.81 / R_rim(I) all: 1.24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: model generated by Coot

解像度: 2.212→36.383 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 26.087 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2857	123	5 %
R_work	0.2337	2336	-
all	0.236	-	-
obs	-	2459	99.434 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.771 Å²	1.385 Å²	-0 Å²
2-	-	2.771 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.212→36.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	336	1	2	339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0	0.001	374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.027	580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	2.515	382
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.024	0.02	190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	72
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.273	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.249	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.143	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.229	5.055	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.226	5.057	375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.738	7.59	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.733	7.591	581
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.449	47.665	507
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.452	47.642	508

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.212-2.269	0.466	9	0.472	171	0.472	181	0.438	0.557	99.4475	0.434
2.269-2.331	0.375	8	0.443	167	0.44	175	0.641	0.623	100	0.4
2.331-2.398	0.336	9	0.403	158	0.398	167	0.606	0.582	100	0.38
2.398-2.472	0.631	8	0.438	148	0.446	157	0.415	0.562	99.3631	0.405
2.472-2.553	0.346	8	0.509	153	0.497	162	0.539	0.569	99.3827	0.443
2.553-2.642	0.551	7	0.389	147	0.393	154	0.452	0.629	100	0.321
2.642-2.741	0.201	8	0.425	138	0.411	146	0.576	0.613	100	0.33
2.741-2.852	0.258	7	0.383	139	0.375	146	0.831	0.743	100	0.353
2.852-2.978	0.436	7	0.344	130	0.348	137	0.749	0.85	100	0.348
2.978-3.122	0.38	6	0.201	124	0.207	130	0.824	0.931	100	0.227
3.122-3.29	0.149	6	0.202	119	0.199	126	0.975	0.958	99.2063	0.232
3.29-3.488	0.227	6	0.252	111	0.25	117	0.928	0.916	100	0.258
3.488-3.726	0.303	6	0.194	113	0.201	120	0.925	0.958	99.1667	0.227
3.726-4.021	0.177	6	0.172	103	0.172	109	0.917	0.961	100	0.184
4.021-4.4	0.301	5	0.171	95	0.176	101	0.949	0.963	99.0099	0.185
4.4-4.91	0.447	4	0.164	87	0.172	91	0.877	0.962	100	0.183
4.91-5.652	0.583	4	0.164	75	0.174	79	0.763	0.972	100	0.211
5.652-6.881	0.45	4	0.209	68	0.217	74	0.858	0.959	97.2973	0.268
6.881-9.562	0.251	3	0.196	54	0.199	59	0.952	0.971	96.6102	0.262
9.562-36.383	0.204	2	0.242	35	0.237	40	1	0.958	92.5	0.283

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4617	-0.027	-5.0686	6.0259	-1.8443	6.8253	0.2733	0.0787	-0.0989	-0.1455	-0.0491	-0.0781	-0.019	-0.0592	-0.2242	0.2035	0.0115	-0.1779	0.2033	-0.0331	0.2693	5.388	16.5697	-12.2591
2	7.4108	-2.0888	-5.9546	6.5424	1.3383	6.2334	0.2581	-0.2858	-0.0331	-0.0195	0.2988	-0.2657	0.007	0.2423	-0.5569	0.1822	0.0212	-0.1213	0.1765	-0.0336	0.2666	8.4234	17.8376	-7.9154

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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