PDB-7ou6: Human O-GlcNAc hydrolase in complex with DNJNAc-thiazolidines

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ou6

タイトル

Human O-GlcNAc hydrolase in complex with DNJNAc-thiazolidines

要素

Protein O-GlcNAcase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate / Inhibitor / Probe / N-acetylglucosamine

機能・相同性

機能・相同性情報

hyalurononglucosaminidase activity / glycoprotein metabolic process / N-acetylglucosamine metabolic process / glycoprotein catabolic process / protein O-GlcNAcase / : / : / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein O-linked glycosylation / protein deglycosylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Males, A. / Davies, G.J. / Gonzalez-Cuesta, M. / Mellet, C.O. / Fernandez, J.M.G. / Sidhu, P. / Ashmus, R. / Busmann, J. / Vocadlo, D.J. / Foster, L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Bicyclic Picomolar OGA Inhibitors Enable Chemoproteomic Mapping of Its Endogenous Post-translational Modifications
著者: Gonzalez-Cuesta, M. / Sidhu, P. / Ashmus, R.A. / Males, A. / Proceviat, C. / Madden, Z. / Rogalski, J.C. / Busmann, J.A. / Foster, L.J. / Garcia Fernandez, J.M. / Davies, G.J. / Ortiz Mellet, C. / Vocadlo, D.J.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ou6.cif.gz	353.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ou6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ou6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ou6_validation.pdf.gz	1007.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ou6_full_validation.pdf.gz	1015.8 KB	表示
XML形式データ	7ou6_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	7ou6_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ou8C 5m7rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Protein O-GlcNAcase

BBB: Protein O-GlcNAcase

ヘテロ分子

207 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.288, 101.288, 284.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein O-GlcNAcase / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma- ...OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma-expressed antigen 5 / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Nuclear cytoplasmic O-GlcNAcase and acetyltransferase / NCOAT 分子量: 103020.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60502, protein O-GlcNAcase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-1XI / ~{N}-[(3~{Z},6~{S},7~{R},8~{R},8~{a}~{S})-7,8-bis(oxidanyl)-3-(phenylmethyl)imino-1,5,6,7,8,8~{a}-hexahydro-[1,3]thiazolo[3,4-a]pyridin-6-yl]ethanamide 分子量: 335.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₁N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→58.278 Å / Num. obs: 58274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 2.41→2.48 Å / R_merge(I) obs: 2.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4446 / CC_1/2: 0.563 / R_pim(I) all: 0.59 / R_rim(I) all: 2.356

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M7R

5m7r

解像度: 2.41→58.278 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.267 / WR_factor R_work: 0.218 / SU B: 9.778 / SU ML: 0.215 / Average fsc free: 0.8508 / Average fsc work: 0.8694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.229 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	1735	2.983 %
R_work	0.2205	56433	-
all	0.222	-	-
obs	-	58168	99.921 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.676 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.676 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.351 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→58.278 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6704	0	46	18	6768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	6940
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.643	9454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.252	1.568	14203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.283	5	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.071	22.249	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.874	15	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.438	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	5838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.3	8.82	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.3	8.818	3452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.288	13.203	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.287	13.204	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.002	8.868	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.001	8.867	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.852	13.198	5157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.852	13.197	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.484	100.349	7692
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.484	100.348	7692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.41-2.472	0.378	120	0.351	4084	X-RAY DIFFRACTION	99.7627
2.472-2.54	0.368	105	0.336	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.614	0.346	115	0.318	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.694	0.343	111	0.304	3807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.694-2.783	0.408	99	0.3	3676	X-RAY DIFFRACTION	99.9735
2.783-2.88	0.399	121	0.27	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.989	0.292	112	0.244	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.972
2.989-3.111	0.332	100	0.247	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.249	0.285	104	0.238	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.249-3.408	0.292	111	0.238	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.408-3.592	0.272	81	0.228	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.592-3.81	0.235	82	0.211	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.073	0.255	85	0.194	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.073-4.399	0.236	74	0.184	2440	X-RAY DIFFRACTION	100
4.399-4.819	0.19	70	0.167	2276	X-RAY DIFFRACTION	100
4.819-5.388	0.25	76	0.188	2031	X-RAY DIFFRACTION	100
5.388-6.221	0.283	49	0.223	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
6.221-7.618	0.295	55	0.232	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
7.618-10.77	0.189	44	0.178	1247	X-RAY DIFFRACTION	99.8453
10.77-58.278	0.393	21	0.293	750	X-RAY DIFFRACTION	98.0916

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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