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万見
- PDB-7otd: Oxytocin NMR solution structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7otd
タイトルOxytocin NMR solution structure
要素UNK-TYR-ILE-GLN-ASN-CYS-PRO-LEU-GLY
キーワードHORMONE / natural peptide / cyclic / disulfide bond / copper-binding
機能・相同性COPPER (II) ION / AMINO GROUP
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Shalev, D.E. / Alshanski, I. / Yitzchaik, S. / Hurevich, M.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)664786 イスラエル
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Determining the structure and binding mechanism of oxytocin-Cu 2+ complex using paramagnetic relaxation enhancement NMR analysis.
著者: Alshanski, I. / Shalev, D.E. / Yitzchaik, S. / Hurevich, M.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNK-TYR-ILE-GLN-ASN-CYS-PRO-LEU-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0903
ポリマ－1,0101
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, Amide proton signal was lost and paramagnetic relaxation enhancement was noted for the bound residues.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1280 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド UNK-TYR-ILE-GLN-ASN-CYS-PRO-LEU-GLY


分子量: 1010.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oxytocin bound to copper II / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / 詳細: Oxytocin bound to copper II / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP


分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2 / 詳細: Oxytocin bound to copper II / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H ROESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 3.3 mM oxytocin, 5 mM ammonium acetate buffer, 10 % v/v [U-100% 2H] D2O, 90 % v/v H2O, 0.33 mM CuCl2, 90% H2O/10% D2O
詳細: Copper chloride was added to obtain the copper II complex equilibrium. The solution was filtered before adding the peptide to reduce microbial growth.
Label: OT+Cu / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3.3 mMoxytocinnatural abundance1
5 mMammonium acetate buffernatural abundance1
10 % v/vD2O[U-100% 2H]1
90 % v/vH2Onatural abundance1
0.33 mMCuCl2natural abundance1
試料状態イオン強度: 14.9 mM / Label: ot-cu / pH: 6.7 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 293.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package
NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKY1.47Lee, W.; Tonelli, M.; Markley, J. L. NMRFAM-SPARKY: Enhanced Software for Biomolecular NMR Spectroscopy. Bioinformatics 2015, 31 (8), 1325-1327.peak picking
NMRFAM-SPARKY1.47Lee, W.; Tonelli, M.; Markley, J. L. NMRFAM-SPARKY: Enhanced Software for Biomolecular NMR Spectroscopy. Bioinformatics 2015, 31 (8), 1325-1327.chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKY1.47Lee, W.; Tonelli, M.; Markley, J. L. NMRFAM-SPARKY: Enhanced Software for Biomolecular NMR Spectroscopy. Bioinformatics 2015, 31 (8), 1325-1327.chemical shift assignment
CNSSchwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. The Xplor-NIH NMR Molecular Structure Determination Package. J. Magn. Reson. 2003, 160 (1), 65structure calculation
UCSF Chimera1.14Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. UCSF Chimera - A Visualization System for Exploratory Research and Analysis. J. Comput. Chem. 2004, 25 (13), 1605-1612.データ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: XPLOR-NIH
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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