PDB-7ot4: Crystal structure of MsrA variant C198C206 from Escherichia coli,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ot4

タイトル

Crystal structure of MsrA variant C198C206 from Escherichia coli, oxidized

要素

Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / S-Methionine sulfoxide reductase / Oxidative stress / Redox chemistry / Disulfide exchange

機能・相同性

: / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein modification process / : / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Napolitano, S. / Glockshuber, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exploring the unique mechanism of methionine sulphoxide reduction by Escherichia coli
著者: Napolitano, S. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2021年6月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ot4.cif.gz	175.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ot4.ent.gz	143 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ot4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ot4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ot4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ff3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA

B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA

ヘテロ分子

46.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.210, 128.210, 118.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 8 through 124 or resid 126...
2	1	(chain B and (resid 8 through 124 or resid 126...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	MET	MET	(chain A and (resid 8 through 124 or resid 126...	A	A	8 - 124	9 - 125
1	2	GLN	GLN	GLY	GLY	(chain A and (resid 8 through 124 or resid 126...	A	A	126 - 127	127 - 128
1	3	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain A and (resid 8 through 124 or resid 126...	A	A	129 - 192	130 - 193
1	4	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain A and (resid 8 through 124 or resid 126...	A	A	194 - 209	195 - 210
2	1	LEU	LEU	MET	MET	(chain B and (resid 8 through 124 or resid 126...	B	B	8 - 124	9 - 125
2	2	GLN	GLN	GLY	GLY	(chain B and (resid 8 through 124 or resid 126...	B	B	126 - 127	127 - 128
2	3	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain B and (resid 8 through 124 or resid 126...	B	B	129 - 192	130 - 193
2	4	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain B and (resid 8 through 124 or resid 126...	B	B	194 - 209	195 - 210

#1: タンパク質	Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA / Protein-methionine-S-oxide reductase / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide Met(O) reductase 分子量: 23287.852 Da / 分子数: 2 / 変異: C51S, C86A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: msrA, A6592_17460, A6V01_22160, A9819_24155, A9R57_13955, A9X72_22535, ACN68_19045, ACN81_01285, ACU57_15535, ACU90_02300, AM464_14885, AM465_01705, AMK83_03835, AML35_13410, APT94_15450, ...遺伝子: msrA, A6592_17460, A6V01_22160, A9819_24155, A9R57_13955, A9X72_22535, ACN68_19045, ACN81_01285, ACU57_15535, ACU90_02300, AM464_14885, AM465_01705, AMK83_03835, AML35_13410, APT94_15450, AUQ13_10725, AUS26_22290, AW059_07990, AWB10_23285, AWP75_26990, B9N33_15470, BANRA_00188, BANRA_00230, BANRA_02702, BANRA_02915, BB545_15285, BFD68_08870, BHF03_14550, BHS87_23645, BIZ41_03105, BJJ90_23040, BK375_06465, BK383_13340, BMA87_05905, BMT91_05895, BN17_42051, BOH76_10610, BON63_02590, BON65_11980, BON75_01645, BON76_03840, BON83_23625, BON95_15255, BON98_15750, BTQ06_19075, BUE81_20720, BvCms12BK_04699, BvCms2454_04304, BvCms28BK_05285, BvCmsC61A_01635, BvCmsHHP001_04534, BvCmsHHP019_05480, BvCmsKKP061_03410, BvCmsKSNP073_00278, BvCmsKSNP081_02732, BvCmsKSNP120_00804, BvCmsKSP011_04615, BvCmsKSP024_01206, BvCmsKSP026_01492, BvCmsKSP045_02422, BvCmsKSP067_03789, BvCmsKSP076_04442, BvCmsNSP006_00888, BvCmsNSP047_01965, BvCmsNSP072_05264, BvCmsOUP014_01667, BvCmsSINP011_01393, BvCmsSINP022_01072, BvCmsSIP019_03154, BvCmsSIP044_02391, BW690_00830, BZL31_09640, C5F72_23370, C5P44_17370, C6669_06275, C7B02_22170, C7B06_04165, C7B07_05980, C9114_01095, C9160_23855, C9201_22630, C9306_17800, C9342_05495, C9E25_07850, C9Z03_24630, C9Z28_09220, C9Z70_20765, CCZ14_17380, CCZ17_16730, CDC27_22925, CG692_00495, CI693_13070, CI694_17565, CO706_21060, COD30_25450, CR538_22825, CR539_03060, CRD98_03870, CRM83_17080, CRT43_25425, CV83915_01803, CWS33_03825, D2184_07435, D2185_08065, D3821_06790, D3O91_01830, D3Y67_00980, D4011_01915, D4023_15585, D4M76_01215, D5H35_21445, D6004_20735, D6T60_20150, D6X63_00220, D7Z75_16660, D8Y65_09230, D9610_20340, D9C99_08370, D9D20_08010, D9D31_16930, D9D43_13455, D9D44_05500, D9E34_13765, D9E35_09520, D9E73_04160, D9F87_11530, D9G42_19950, D9G48_01620, D9G69_19855, D9G95_08975, D9H68_13095, D9H70_18045, D9H94_06035, D9I18_04110, D9I87_13570, D9I88_14655, D9J11_13215, D9J52_05515, D9K54_24800, D9Z28_11705, DAH30_08995, DAH34_12995, DB359_11580, DD762_15940, DEN89_12175, DEO04_15285, DEO20_14040, DIV22_06565, DJ503_08915, DL530_20830, DL545_22295, DL705_07780, DL800_29420, DLU82_15475, DLX40_05910, DM102_02755, DM155_20895, DMZ30_13865, DMZ50_17110, DN627_16845, DN660_13710, DNC98_05295, DND79_18280, DNI21_17925, DNQ45_11385, DOT59_23360, DOY22_05015, DOY61_24010, DOY67_21605, DP258_05820, DQF57_15420, DQO13_17920, DQP61_08220, DRW19_17935, DS143_21960, DS732_02935, DT034_15090, DTL43_02630, DTL90_15510, DXT69_10870, DXT71_04540, DXT73_19330, E0L04_15460, E2112_15545, E2119_06205, E2127_06610, E2128_01660, E2129_03740, E2134_14275, E2135_08520, E2855_05322, E2863_05108, E4K60_13295, E4K61_05415, E5P24_09045, E5P28_02650, E5S38_18510, E5S42_20885, E5S56_12105, EA167_13440, EA184_17925, EA191_15445, EA203_13320, EA214_16225, EA433_20540, EA435_16790, EA834_13075, EAI42_24725, EAI46_19520, EAI52_08400, EAM59_16090, EAX79_02640, EB525_RS06735, EBM08_19230, EBP16_19605, EC1094V2_4030, EC3234A_79c00360, EC382_06000, EC95NR1_04019, ECONIH1_25080, ECTO124_04467, ECTO6_04257, ED600_07980, EEP23_05875, EG599_21735, EG808_09990, EGT48_18060, EH412_13705, EHD79_06020, EHJ36_13695, EI032_03170, EI041_05275, EIA08_16840, EIA21_17575, EIZ93_19780, EJC75_20885, EKI52_12405, EL75_3920, EL79_4069, EL80_4014, ELT31_18190, ELU82_08075, ELU96_21205, ELV00_12325, ELV13_11150, ELV15_14980, ELV22_08835, ELV28_19765, ELX56_16620, ELX61_05255, ELX68_09325, ELX70_18095, ELX79_11575, ELX83_06775, ELX96_12310, ELY05_00265, ELY23_03385, ELY24_02925, ELY32_08785, ELY41_11275, ELY48_12825, ELY50_08105, EO241_14620, EPT01_05865, EQ820_18660, EQ823_02285, EQ825_20995, ERS085366_02549, ERS085379_03314, ERS150873_03427, EST51_22625, ETECE1373_04211, ETECE1441_04282, ETECE1649_04094, ETECE36_05128, ETECE925_04220, ExPECSC065_03274, EXX13_21670, EXX23_18580, EXX24_18255, EXX53_16845, EXX71_14425, EXX87_19450, EYY34_12615, EYY78_02130, F1E19_03805, F6T45_09250, F6V70_02160, F7F23_22960, F7F26_24290, F7F56_08770, F9B07_18980, FAF34_006545, FNJ67_23665, FORC82_4265, FQ915_10240, FRV13_14375, FV293_01115, FV438_02020, FVA71_23160, FWK02_01540, G3565_21525, G5632_10450, G5668_21440, G5670_14635, G5680_22415, G5688_19665, G9448_11945, G9P49_19800, GE087_07420, GE400_14405, GHD50_06085, GIJ01_09270, GKF39_06735, GKF74_12125, GKF86_05755, GKF89_03710, GNZ05_12355, GP650_20315, GP662_17285, GP666_16615, GP698_01995, GP720_11320, GP935_18440, GP945_15925, GP946_15985, GP979_15915, GQE22_07830, GQE33_09510, GQE34_01440, GQE36_11865, GQE42_11730, GQE64_08850, GQM04_20020, GQM09_09185, GQM17_02345, GQN24_16985, GRC73_06690, GRW02_11095, GRW05_26995, GRW80_01610, GRW81_08665, GUB85_11035, GUB91_13005, GUB95_12125, GUC01_09315, GUC12_13155, GUI33_11120, GXC14_19820, H4P50_22505, H4P51_22355, HCR07_14670, HF523_08910, HFD31_004234, HFD39_002834, HFD59_004153, HFD69_004401, HFU80_002607, HGR36_13395, HGR87_08455, HGR88_04040, HGS82_06160, HGS97_09555, HGT58_01755, HH117_13715, HH707_003742, HH814_001391, HH830_000850, HHA77_003089, HHH24_003061, HHJ41_04860, HI083_002578, HIB31_000956, HIQ74_002789, HIQ82_003749, HIZ62_001860, HJO53_002365, HJQ03_001278, HJR60_001736, HJR92_003107, HJT66_003563, HJV81_002303, HKA45_001551, HKA57_002237, HKC58_000390, HL152_03135, HL186_17480, HL563_16800, HLI97_003230, HLQ75_20685, HLQ92_21545, HmCmsJML074_00463, HmCmsJML079_00342, HMG20_11140, HMG24_21700, HMG27_20805, HMG35_20970, HMT01_21425, HMT08_18515, HMW26_07810, HNC40_00945, HNC59_12305, HNC80_10860, HNC94_15570, HNC99_15735, HNN86_00180, HNO03_11350, HNV44_15800, HNX16_17490, HR075_15705, HS093_11360, HV005_18995, HV021_19940, HV022_21055, HV068_21310, HV109_21215, HV152_20700, HV156_10990, HV159_13150, HV188_02390, HV226_02385, HV244_19735, HV303_17205, HVV38_13050, HVV53_19330, HVV70_01715, HVV73_20800, HVV78_02090, HVW09_01805, HVW11_07660, HVW37_21770, HVW43_13740, HVW59_11650, HVW60_20400, HVW76_19850, HVW90_11360, HVW98_01840, HVX22_20520, HVX24_19855, HVX51_21410, HVX60_12690, HVX69_21685, HVY77_22850, HVY79_02025, HVY93_21140, HVZ20_02425, HVZ24_20100, HVZ53_21695, HVZ62_11985, HVZ71_22295, HX136_22430, HZT35_14855, NCTC10090_02527, NCTC10963_04521, NCTC11022_04563, NCTC11341_03130, NCTC13216_02361, NCTC7922_05378, NCTC7927_04920, NCTC8009_07871, NCTC8179_00863, NCTC8500_04992, NCTC8621_04456, NCTC8959_04230, NCTC8960_01968, NCTC8985_03657, NCTC9001_04918, NCTC9036_04349, NCTC9044_02719, NCTC9045_05157, NCTC9055_01336, NCTC9058_02464, NCTC9062_03772, NCTC9073_03861, NCTC9111_04633, NCTC9119_04655, NCTC9702_05217, NCTC9706_01736, NCTC9777_00817, PGD_03408, PU06_09400, RG28_05635, RK56_012680, RX35_04489, SAMEA3472043_02207, SAMEA3472044_01471, SAMEA3472047_03207, SAMEA3472055_03047, SAMEA3472056_04781, SAMEA3472070_02714, SAMEA3472080_00044, SAMEA3472114_01822, SAMEA3484427_02138, SAMEA3484429_03178, SAMEA3484434_02297, SAMEA3485101_00769, SAMEA3752553_03605, SAMEA3752557_01725, SAMEA3752559_00096, SAMEA3753064_01666, SAMEA3753097_01293, SAMEA3753290_02155, SAMEA3753300_00596, SK85_04588, SY51_24315, TUM18780_39120, U14A_04626, UN86_21090, WP2S18E08_42160, WP4S17E03_41820, WP4S17E08_40640, WP4S18E08_40750, WP7S17E04_39140, WQ89_17475, WR15_06740 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: J7RCD1, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.15 M KSCN, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.283 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.283 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→43.48 Å / Num. obs: 30052 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 36.505 % / B_iso Wilson estimate: 56.16 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 0.757 / Net I/σ(I): 24.84

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.19-2.25	24.831	5.682	0.72	2176	0.533	5.794	99.6
2.25-2.31	29.54	4.517	1.1	2102	0.724	4.596	99.8
2.31-2.37	33.597	3.761	1.43	2076	0.813	3.818	99.9
2.37-2.45	38.296	3.338	1.78	2004	0.847	3.382	100
2.45-2.53	38.642	2.308	2.6	1959	0.953	2.339	99.9
2.53-2.62	38.971	1.518	3.92	1896	0.95	1.538	100
2.62-2.72	37.996	1.088	5.26	1818	0.975	1.102	100
2.72-2.83	39.02	0.777	7.32	1780	0.991	0.787	99.9
2.83-2.95	39.362	0.531	10.37	1691	0.993	0.538	99.9
2.95-3.1	38.776	0.381	13.74	1615	0.996	0.386	99.9
3.1-3.26	40.825	0.244	20.94	1554	0.998	0.247	99.9
3.26-3.46	40.027	0.176	27.25	1484	0.999	0.178	100
3.46-3.7	38.657	0.099	41.27	1388	1	0.1	100
3.7-4	37.039	0.076	49.6	1296	1	0.077	100
4-4.38	37.758	0.055	66	1208	1	0.055	100
4.38-4.9	38.451	0.046	78.94	1094	1	0.047	100
4.9-5.65	38.651	0.041	87.96	991	1	0.041	100
5.65-6.92	35.744	0.037	91.28	840	1	0.038	100
6.92-9.79	34.607	0.028	122.77	679	1	0.029	100
9.79-43.48	32.752	0.027	131.15	408	1	0.027	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19rc5_4047	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FF3

1ff3

解像度: 2.19→43.48 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3076	2800	5.03 %
R_work	0.286	52917	-
obs	0.2871	29958	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 192.6 Å² / B_iso mean: 96.4038 Å² / B_iso min: 46.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.19→43.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3123	0	1	11	3135
B_iso mean	-	-	167.76	76.34	-
残基数	-	-	-	-	405

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1818	X-RAY DIFFRACTION	8.302	TORSIONAL
1	2	B	1818	X-RAY DIFFRACTION	8.302	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.19-2.23	0.5027	126	0.4924	2492	2618	94
2.23-2.27	0.505	141	0.4612	2637	2778	99
2.27-2.31	0.4326	138	0.4488	2644	2782	100
2.31-2.36	0.4298	141	0.4547	2657	2798	99
2.36-2.41	0.4995	140	0.4354	2646	2786	100
2.41-2.47	0.3744	141	0.4167	2666	2807	100
2.47-2.53	0.4163	142	0.3816	2645	2787	100
2.53-2.6	0.4064	140	0.3602	2652	2792	100
2.6-2.67	0.4067	141	0.363	2663	2804	100
2.67-2.76	0.3616	140	0.3719	2633	2773	100
2.76-2.86	0.3123	143	0.3486	2678	2821	100
2.86-2.97	0.3587	144	0.3607	2641	2785	100
2.97-3.11	0.3885	142	0.3861	2650	2792	100
3.11-3.27	0.3432	134	0.3236	2666	2800	100
3.27-3.48	0.3244	142	0.3078	2640	2782	100
3.48-3.74	0.3287	143	0.2876	2645	2788	100
3.74-4.12	0.293	140	0.2668	2658	2798	100
4.12-4.72	0.2372	142	0.2286	2683	2825	100
4.72-5.94	0.271	140	0.2175	2644	2784	100
5.94-43.48	0.2346	140	0.2124	2677	2817	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8604	0.1734	-0.2103	1.2633	-0.6316	1.7595	-0.212	0.0991	-0.1475	-0.1709	0.0772	0.0846	0.9174	-0.1452	0.102	2.0677	-0.1794	0.1415	0.4143	-0.0609	0.6395	55.8225	-11.8885	-17.8962
2	1.2484	0.2996	-0.2872	1.6847	-1.0364	1.4115	-0.4337	-0.0902	-0.1718	0.131	0.2442	0.2175	0.5537	-0.1546	0.0087	2.2744	-0.2336	0.1385	0.5267	0.0216	0.5741	51.6539	-11.5258	-11.0023
3	0.6302	0.2965	-0.3937	0.139	-0.1881	0.2526	-0.0301	-0.3599	-0.2058	0.2333	-0.1157	0.1453	0.1839	-0.0184	-0.0117	2.4711	-0.4101	0.118	0.6663	0.0883	0.6454	48.9016	-15.6084	-5.9729
4	0.4573	-0.1463	-0.4912	0.1792	0.6973	2.7302	-0.2812	-0.5446	0.0279	-0.0594	0.1696	0.0357	-0.1403	-0.3864	0.1354	1.892	0.0631	-0.0101	0.6664	-0.0562	0.7583	56.1846	6.6581	-10.7096
5	0.018	0.043	-0.0942	2.5107	-0.88	0.6416	0.2	-0.3354	0.3562	0.1392	-0.0963	0.5494	1.1093	-0.8969	-0.0943	1.483	-0.5424	-0.0016	0.7181	0.0056	0.7568	45.6866	-4.4833	-35.8855
6	1.6186	0.4133	-0.6973	0.7726	-0.5544	3.4004	-0.1581	0.3216	-0.008	-0.6066	0.3629	-0.1027	0.578	-0.7028	-0.1446	0.9859	-0.164	-0.1468	0.2932	0.1485	0.691	50.9666	13.9739	-38.1584
7	1.2744	1.0551	-0.3945	1.1771	-1.0891	3.5851	-0.4772	0.6844	-0.2187	-0.8237	0.3319	0.1481	0.8396	-0.9393	0.1759	1.6086	-0.7096	-0.2094	0.9539	0.0412	0.7732	40.4794	-3.3041	-38.5649
8	2.5426	0.0038	0.1461	2.1735	-0.3036	5.1027	-0.0232	0.1386	0.1977	-0.2422	0.2451	-0.0179	0.2317	-1.1711	-0.3548	0.9361	-0.051	-0.0907	0.4671	0.2026	0.6044	45.0147	19.6379	-33.491
9	4.3439	-0.1109	-0.0822	0.8917	-0.9532	1.1328	0.1967	0.9362	-0.8393	-0.4305	0.2704	0.6571	0.8815	-2.0036	-0.4395	1.1809	-0.464	-0.3517	1.9478	0.3901	1.2639	30.5977	11.1032	-43.0559
10	3.7368	-0.4734	1.1578	1.1507	0.1699	3.485	0.0005	0.1915	-0.1737	-0.1829	0.4834	0.4623	0.3061	-1.823	-0.4424	0.9265	-0.3027	-0.1161	1.255	0.3517	0.7043	34.8956	16.7021	-29.9174
11	0.6542	-0.8693	0.787	1.7294	-1.4598	3.4791	-0.5144	0.0638	-0.2844	0.2952	0.5627	0.6254	0.2038	-1.1029	-0.0957	1.2756	-0.522	-0.099	0.9591	0.1926	0.8631	36.0097	10.3598	-33.6274
12	3.6915	1.0696	-0.6832	1.7358	-0.0644	3.4732	0.2165	0.7797	0.4803	-0.8955	0.0265	0.3428	0.0849	-0.4958	-0.1938	1.4595	-0.2481	-0.2462	0.7968	0.138	0.6465	50.0551	9.7289	-51.2067
13	1.0026	-0.0612	-1.3223	4.6739	2.2295	2.7674	0.2044	-0.308	-0.1381	0.4425	0.1727	-0.2129	0.6557	-0.0393	-0.3352	1.3595	-0.0404	-0.3429	1.1832	0.2762	1.1664	40.942	16.7025	-61.5072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 61 )	A	8 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 131 )	A	62 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 188 )	A	132 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 189 through 209 )	A	189 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 27 )	B	8 - 27
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 28 through 73 )	B	28 - 73
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 74 through 92 )	B	74 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 93 through 117 )	B	93 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 118 through 131 )	B	118 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 132 through 163 )	B	132 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 164 through 183 )	B	164 - 183
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 184 through 197 )	B	184 - 197
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 198 through 210 )	B	198 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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