PDB-7ost: Rat HIP1R ANTH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ost

タイトル

Rat HIP1R ANTH domain

要素

Huntingtin-interacting protein 1-related

キーワード

ENDOCYTOSIS / phosphatidylinostide binding / clathrin / Huntingtin Interacting Protein 1 Related / Actin cytoskeleton

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of clathrin coat assembly / digestive system development / regulation of gastric acid secretion / postsynapse organization / postsynaptic endocytic zone / clathrin light chain binding / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / clathrin coat assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ford, M.G.J. / McMahon, H.T. / Evans, P.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the N-terminal ANTH domain of rat HIP1R
著者: Ford, M.G.J. / McMahon, H.T. / Evans, P.R.

履歴

登録	2021年6月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ost.cif.gz	245.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ost.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ost.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7ost ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7ost	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5i9x-d 5nke-d 5nkh-d 5nk5-d 4gmy-d 4jia-d 5lwe-1 2jk8-1 5nk2-d 5nk7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Huntingtin-interacting protein 1-related

ヘテロ分子

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

AAA: Huntingtin-interacting protein 1-related

ヘテロ分子

AAA: Huntingtin-interacting protein 1-related

ヘテロ分子

AAA: Huntingtin-interacting protein 1-related

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.337, 90.337, 76.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Huntingtin-interacting protein 1-related 分子量: 36507.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hip1r / プラスミド: pGEX-4T2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: F1LML7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 1.4-1.6M MgSO4 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.88 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→35.4 Å / Num. obs: 68251 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 9588 / R_rim(I) all: 0.85 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4→34.441 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / WR_factor R_free: 0.178 / WR_factor R_work: 0.13 / SU B: 2.627 / SU ML: 0.043 / Average fsc free: 0.9086 / Average fsc work: 0.9198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1783	3505	5.061 %
R_work	0.1313	65746	-
all	0.134	-	-
obs	-	69251	99.106 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.995 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.555 Å²	0.277 Å²	-0 Å²
2-	-	0.555 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.441 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2381	0	31	226	2638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.793	1.638	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.517	1.574	5479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.687	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.004	21.25	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.228	15	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.062	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.156	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	862
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.817	2.371	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.819	2.366	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.242	3.561	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.241	3.566	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.031	3.065	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.324	2.967	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.011	4.384	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.106	4.244	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.54	28.996	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.349	28.4	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.962	3	4892

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.334	231	0.312	4442	X-RAY DIFFRACTION	90.5445
1.436-1.476	0.29	252	0.275	4658	X-RAY DIFFRACTION	97.5949
1.476-1.519	0.231	219	0.212	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.8352
1.519-1.565	0.229	233	0.17	4512	X-RAY DIFFRACTION	99.9789
1.565-1.617	0.198	262	0.145	4334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.617-1.673	0.179	234	0.131	4234	X-RAY DIFFRACTION	100
1.673-1.736	0.165	213	0.118	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.736-1.807	0.191	208	0.113	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.807-1.888	0.18	216	0.112	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.888-1.98	0.173	195	0.11	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.087	0.171	167	0.108	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.087-2.213	0.156	170	0.107	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.366	0.156	150	0.098	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.366-2.555	0.148	154	0.102	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.799	0.153	129	0.105	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.799-3.129	0.146	134	0.127	2388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.612	0.19	101	0.142	2098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.612-4.421	0.157	117	0.119	1759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.421-6.242	0.196	76	0.146	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
6.242-34	0.256	44	0.182	780	X-RAY DIFFRACTION	99.2771

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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