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万見
- PDB-7osk: Ignisphaera aggregans GH53 catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7osk
タイトルIgnisphaera aggregans GH53 catalytic domain
要素Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / galactanase / thermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase / arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase activity / glucosidase activity / metabolic process / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Glucodextranase-like, C-terminal / C-terminal binding-module, SLH-like, of glucodextranase / Glycosyl hydrolase family 53 / Glycosyl hydrolase family 53 / Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain (group 4) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Ignisphaera aggregans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Fredslund, F. / Lo Leggio, L. / Poulsen, J.C. / Rasmussen, K.K. / Muderspach, S. / Krogh, K.B.R.M. / Jensen, K.
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2021
タイトル: Engineering the substrate binding site of the hyperthermostable archaeal endo-beta-1,4-galactanase from Ignisphaera aggregans.
著者: Muderspach, S.J. / Fredslund, F. / Volf, V. / Poulsen, J.N. / Blicher, T.H. / Clausen, M.H. / Rasmussen, K.K. / Krogh, K.B.R.M. / Jensen, K. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2021年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase
B: Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,95913
ポリマ－91,9802
非ポリマー97811
水1,38777
1
A: Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4206
ポリマ－45,9901
非ポリマー4305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5387
ポリマ－45,9901
非ポリマー5486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.985, 65.304, 94.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase


分子量: 45990.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ignisphaera aggregans (strain DSM 17230 / JCM 13409 / AQ1.S1) (古細菌)
株: DSM 17230 / JCM 13409 / AQ1.S1 / 遺伝子: Igag_0688 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: E0SSW8, arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 % / 解説: Needle
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4% w/v 1,6 Hexanediol, 20 mM Magnesium chloride, 0,1 M HEPES pH 7.5 and 22 % w/v Polyacrylic acid 5100 sodium salt
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月13日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.41 Å / Num. obs: 39320 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 5.58
反射 シェル解像度: 2.65→2.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 5940 / CC1/2: 0.59 / Rrim(I) all: 0.787 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UR4

1ur4


解像度: 2.65→47.41 Å / SU ML: 0.3246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.5664
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 1085 5 %
Rwork0.2119 20622 -
obs0.2144 21707 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5766 0 60 77 5903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00466019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96938180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.60032153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.770.30581270.27582415X-RAY DIFFRACTION94.53
2.77-2.910.30551320.25842508X-RAY DIFFRACTION97.74
2.91-3.10.30021360.26182562X-RAY DIFFRACTION98.58
3.1-3.330.29731340.23072549X-RAY DIFFRACTION99.48
3.33-3.670.29021350.21292597X-RAY DIFFRACTION99.42
3.67-4.20.22431370.18722598X-RAY DIFFRACTION99.78
4.2-5.290.20941390.16352640X-RAY DIFFRACTION99.57
5.29-47.410.25091450.19812753X-RAY DIFFRACTION99.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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