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万見
- PDB-7os7: Circular permutant of ribosomal protein S6, swap helix 2, L75A, A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7os7
タイトルCircular permutant of ribosomal protein S6, swap helix 2, L75A, A92K mutant
要素30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / native stacking / / designed amyloid fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Circular permutant of ribosomal protein S6, swap helix 2, L75A, A92K mutant
著者: Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
履歴
登録2021年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
B: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4552
ポリマ－25,4552
非ポリマー00
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.646, 55.646, 148.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6 / TS9 / TS9


分子量: 12727.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpsF, TTHA0245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium citrate dibasic 14% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97996 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→148.56 Å / Num. obs: 29194 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 253548 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.6791.2881288014380.8020.451.367298.8
8.86-148.5660.05214302390.9930.0220.05733.995.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ris

1ris


解像度: 1.65→52.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.33 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 1468 5 %RANDOM
Rwork0.1614 ---
obs0.1647 27668 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.42 Å2 / Biso mean: 37.531 Å2 / Biso min: 17.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→52.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 0 94 1800
Biso mean---40.67 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.6592350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3861.5813883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2455206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.98720.407123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88915327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4451526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.66533424
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.688 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 103 -
Rwork0.242 1990 -
obs--98.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5889-0.0712-0.07360.02350.08480.7325-0.0508-0.0120.0170.00730.01020.02630.04520.09350.04060.09610.00790.0110.0125-0.00140.090922.0331-3.6445-16.4925
20.3088-0.28650.54931.00780.49942.45890.01950.0979-0.0317-0.00240.02030.05840.09840.43-0.03980.05820.01910.00010.1497-0.02170.027232.1525-0.45431.5789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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