PDB-7orx: Rhodococcus jostii RHA1 thiamine diphosphate-dependent 4-hydroxyb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7orx

タイトル

Rhodococcus jostii RHA1 thiamine diphosphate-dependent 4-hydroxybenzoylformate decarboxylase

要素

Probable benzoylformate decarboxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / benzoylformate decarboxylase / thaimine diphosphate / Rhodococcus jostii RHA1 / lignin degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

benzoylformate decarboxylase activity / acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Wilkinson, R.C. / Fulop, V.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Characterization of Thiamine Diphosphate-Dependent 4-Hydroxybenzoylformate Decarboxylase Enzymes from
著者: Wei, Z. / Wilkinson, R.C. / Rashid, G.M.M. / Brown, D. / Fulop, V. / Bugg, T.D.H.

履歴

登録	2021年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb7orx.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7orx_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7orx_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7orx_validation.xml.gz	71.4 KB	表示
CIF形式データ	7orx_validation.cif.gz	96.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7orx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/7orx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qsiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yno-1 4mzx-1 2v3w-d 4jud-1 1pi3-1 3fsj-1 4jua-1 5dgd-1 1po7-1 4mpp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (12) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Probable benzoylformate decarboxylase

BBB: Probable benzoylformate decarboxylase

CCC: Probable benzoylformate decarboxylase

DDD: Probable benzoylformate decarboxylase

ヘテロ分子

224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.500, 132.240, 138.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains BBB CCC
5	5	Chains BBB DDD
6	6	Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Probable benzoylformate decarboxylase 分子量: 55524.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: MATVSEVTYELLRARGLTTVFGNPGSNELPFLSGMPDDFRYVLGLHEGAVLSMADGYSLV TGEATLVNLHAASGSGNAMGALTNSVYSHSPLVVTAGQQVRSTIGQEVMLSNVDAGTLMK PLVKWSSEPTCAEDVPRTINQAIHTALLPAKGPVYVSVPYDDWAAEAPPESAGLLAREVH ...詳細: MATVSEVTYELLRARGLTTVFGNPGSNELPFLSGMPDDFRYVLGLHEGAVLSMADGYSLV TGEATLVNLHAASGSGNAMGALTNSVYSHSPLVVTAGQQVRSTIGQEVMLSNVDAGTLMK PLVKWSSEPTCAEDVPRTINQAIHTALLPAKGPVYVSVPYDDWAAEAPPESAGLLAREVH SAASLSGDQINDLIETLESATNPVLVLGPAVDADRANADAVLLAEKLRAPVWIAPSPSRC PFPTRHPSFRGVLPAGVADLSKTLEGHDLILVVGAPVFRYHQYVPGNYLPGGARLIHVTD DGGEAARAPIGEAYVAPVGSTLEILANMVKPSDRSPLPPLGDFEEAVSVGAGLDPAQLFA LVRAGAPDDAIYVNESTSTSDAFWSQMDLSHQGSYYFPASGGLGFGLPAAVGAQLASPDR QVIGLIGDGSANYGITALWSAAQYKIPVVIIILNNGTYGALRGFSKILNTGETPGLDVPG IDFVHLAEGYGVRGTAVATAEDFTTAFKSALAADAPTLIEVRTNFDES 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア) 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro02985 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SCE8, benzoylformate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: square plates
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 20% PEG8000, 0.1 mM Mes pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97948 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→123.5 Å / Num. obs: 70459 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 2.187 / Num. unique obs: 10199 / CC_1/2: 0.461 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QSI

6qsi

解像度: 2.6→90.423 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.811 / SU B: 36.895 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.952 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2329	2975	4.222 %
R_work	0.1946	67484	-
all	0.196	-	-
obs	0.1963	70459	99.99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.639 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.019 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.673 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.346 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→90.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15556	0	108	63	15727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	16037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.637	21983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.339	1.563	33979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.853	5	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.876	22.423	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.527	15	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.073	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	18363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	13393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	7850
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.298	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.432	3.4	8444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.432	3.399	8443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.016	5.096	10548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.016	5.097	10549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.702	3.683	7593
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.678	3.678	7585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.288	5.415	11435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.288	5.416	11436
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.05	40.246	16725
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.051	40.247	16725
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.042	0.05	15939
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.037	0.05	15909
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.035	0.05	15965
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.041	0.05	15945
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.038	0.05	15973
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.037	0.05	15933

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.668	0.377	189	0.361	4975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.741	0.384	199	0.337	4819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.741-2.82	0.365	192	0.328	4688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.907	0.342	179	0.294	4546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.002	0.324	179	0.282	4445	X-RAY DIFFRACTION	100
3.002-3.107	0.279	183	0.258	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.224	0.273	214	0.255	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.224-3.356	0.275	157	0.214	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.356-3.505	0.237	155	0.198	3833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-3.676	0.203	171	0.182	3647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.676-3.874	0.195	180	0.16	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.874-4.109	0.169	152	0.14	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
4.109-4.392	0.181	158	0.142	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
4.392-4.743	0.184	145	0.144	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
4.743-5.194	0.212	144	0.159	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.194-5.805	0.242	113	0.175	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
5.805-6.699	0.186	84	0.161	2178	X-RAY DIFFRACTION	100
6.699-8.195	0.167	75	0.152	1863	X-RAY DIFFRACTION	100
8.195-11.547	0.174	84	0.178	1446	X-RAY DIFFRACTION	100
11.547-90.423	0.715	22	0.315	884	X-RAY DIFFRACTION	99.2333

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.598	-0.2534	-0.3472	2.389	-1.1066	2.3426	0.0119	-0.1299	0.281	0.0649	0.0248	-0.0656	-0.0498	0.0698	-0.0367	0.0058	-0.029	-0.0486	0.8119	-0.011	0.9448	43.066	-25.889	-15.745
2	2.3887	-0.3116	-0.1886	0.9979	-0.3131	0.9404	-0.01	-0.2046	-0.2017	0.1444	0.0156	0.205	0.2425	0.0857	-0.0056	0.1332	0.0069	0.0339	0.813	0.1515	0.8899	34.251	-53.804	-7.654
3	2.8293	0.0632	-0.6881	1.4301	-0.4696	1.7034	-0.0648	-0.1104	-0.1897	-0.1365	0.0421	0.3331	0.095	0.025	0.0227	0.0604	0.0518	-0.0693	0.6707	0.0172	0.9023	34.665	-45.957	-40.164
4	0.997	0.2835	-0.1625	2.1456	-0.6155	0.8485	-0.062	-0.1286	0.0611	-0.118	0.0553	-0.0988	0.0074	0.2289	0.0067	0.0232	0.0345	0.0173	0.8695	0.0033	0.8048	61.17	-31.601	-43.422
5	1.8579	-0.1238	0.2441	1.1804	0.6617	3.263	0.1253	-0.1963	0.1863	0.0072	-0.0806	0.1199	-0.1444	-0.3614	-0.0447	0.1438	0.0062	-0.0367	0.6579	-0.0229	0.9083	19.41	-9.703	-39.38
6	0.8878	-0.2812	-0.097	0.8607	0.3663	0.8904	0.058	0.1649	-0.0816	0.1262	-0.0981	0.1352	-0.0054	-0.0896	0.04	0.0826	0.0562	-0.129	0.7404	-0.0062	0.9077	10.737	-22.51	-59.609
7	0.8298	-0.5318	-0.0543	1.2901	1.0865	2.7789	0.1196	-0.1244	-0.217	-0.0252	-0.044	0.1248	0.1334	0.036	-0.0756	0.0557	-0.0244	0.0622	0.7209	-0.0165	0.9963	8.974	-32.242	-27.629
8	1.2038	0.0861	0.8725	1.0849	0.1269	1.5166	-0.0073	-0.1693	0.1487	0.1351	0.0024	-0.0089	-0.2497	-0.115	0.0049	0.1103	0.0008	0.1603	0.8077	-0.1272	0.913	9.979	-5.993	-12.403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	182 - 528
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	2 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	182 - 528
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	CCC	-2 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	CCC	182 - 528
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	DDD	2 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	DDD	182 - 528

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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