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- PDB-7or9: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7or9
タイトルCrystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and COVOX-278 Fabs
要素
  • (COVOX-222 Fab ...) x 2
  • (COVOX-278 Fab ...) x 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant / B.1.351 variant / P.1 variant / B.1.617 variant / antibody / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 中国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum.
著者: Liu, C. / Ginn, H.M. / Dejnirattisai, W. / Supasa, P. / Wang, B. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, ...著者: Liu, C. / Ginn, H.M. / Dejnirattisai, W. / Supasa, P. / Wang, B. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, J. / Walter, T.S. / Skelly, D. / Johnson, S.A. / Ritter, T.G. / Mason, C. / Costa Clemens, S.A. / Gomes Naveca, F. / Nascimento, V. / Nascimento, F. / Fernandes da Costa, C. / Resende, P.C. / Pauvolid-Correa, A. / Siqueira, M.M. / Dold, C. / Temperton, N. / Dong, T. / Pollard, A.J. / Knight, J.C. / Crook, D. / Lambe, T. / Clutterbuck, E. / Bibi, S. / Flaxman, A. / Bittaye, M. / Belij-Rammerstorfer, S. / Gilbert, S.C. / Malik, T. / Carroll, M.W. / Klenerman, P. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Baillie, V. / Serafin, N. / Ditse, Z. / Da Silva, K. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Madhi, S. / Nunes, M.C. / Goulder, P. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Spike protein S1
A: COVOX-222 Fab heavy chain
B: COVOX-222 Fab light chain
H: COVOX-278 Fab heavy chain
L: COVOX-278 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,69413
ポリマ－117,6035
非ポリマー1,0918
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12430 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area45250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.730, 114.470, 177.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
抗体 , 4種, 4分子 ABHL

#2: 抗体 COVOX-222 Fab heavy chain


分子量: 23461.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 COVOX-222 Fab light chain


分子量: 23327.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 COVOX-278 Fab heavy chain


分子量: 24362.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 COVOX-278 Fab light chain


分子量: 23300.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#1: タンパク質 Spike protein S1 / RBD of S1


分子量: 23150.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 156分子

#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M amino acids (Glu, Ala, Gly, Lys, Ser), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% (w/v) PEG 20000 and 20% (v/v) PEG MME 550.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→70 Å / Num. obs: 53251 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1437 / CC1/2: 0.348

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
GDA1.19_4092データ収集
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NX6

7nx6


解像度: 2.34→57.23 Å / SU ML: 0.3107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5418
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 2653 4.99 %
Rwork0.1935 50501 -
obs0.1953 53154 86.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→57.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8047 0 67 149 8263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00228321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.540611319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04251270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4942981
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.380.3884750.37721429X-RAY DIFFRACTION47.24
2.38-2.430.3884850.35181547X-RAY DIFFRACTION50.98
2.43-2.480.422850.31611728X-RAY DIFFRACTION56.87
2.48-2.530.35811060.32511877X-RAY DIFFRACTION61.24
2.53-2.590.30631190.28212043X-RAY DIFFRACTION67.52
2.59-2.660.3377960.27052280X-RAY DIFFRACTION74.3
2.66-2.730.3351240.25922497X-RAY DIFFRACTION81.15
2.73-2.810.29621500.25892897X-RAY DIFFRACTION94.69
2.81-2.90.26651610.25442994X-RAY DIFFRACTION98.56
2.9-30.28911580.25673064X-RAY DIFFRACTION99.72
3-3.120.28731520.24893085X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.260.2681930.23543049X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.440.24831560.22083085X-RAY DIFFRACTION99.97
3.44-3.650.27491500.19813101X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.930.25361600.18793126X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.330.20711570.15213100X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.950.15771700.13063134X-RAY DIFFRACTION100
4.96-6.240.18721830.15263148X-RAY DIFFRACTION100
6.24-57.230.16871730.16353317X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.333959064021.12692645327-1.061687813283.51941129016-0.52592544269.2200263501-0.05925491672020.6941783827880.460587788313-0.6421712996150.06404752718780.872539474143-0.33610471923-0.9757315348540.1221379102510.461626153320.0413666162612-0.1564625008520.5548022695810.1060233578130.614776115393-34.2600509973.53443902657-71.2043547615
21.972922625130.0240666535767-0.1875960136051.937855835830.1005256637861.817726644930.07093887453490.08088026620550.089087404639-0.2394478464930.02478576579320.163963437983-0.076374254147-0.0544742812238-0.101523484790.314579854138-0.0297650756620.007672069401460.277515681790.05752413826170.380846391901-20.82909719264.45286945397-60.8527531562
32.543044508591.028133563331.804018988563.29390247668-0.02661882939024.938627537880.008940639123650.8404910300450.113718073688-1.01171807599-0.01003384774980.1977529560280.01855942331910.141896068268-0.001299891613080.595900732240.0655615540846-0.05433736450120.5745663801860.1152815872870.540953398301-28.4151448123.03835558964-77.6384950033
45.323526706075.40791501598-4.650714405455.64737148847-5.494562420148.450440377440.1922862313510.0547643608314-0.3506791020030.478664520324-0.111658091904-0.77476249259-0.4717480486220.6853970455580.2115888904510.343935850031-0.03108080060970.05027908237190.428253853296-0.04715743891880.50654022575610.923721781614.9973189271-47.4405226379
51.48495255360.7040831863230.3075091064392.428389351340.2483125519432.181309752590.0923100406507-0.02116722362930.0476378738134-0.251160260214-0.113524803214-0.186511114412-0.03753394263430.1551935361140.00373572476570.319149765286-0.02710321443620.0643223173280.3219323462320.03663783540620.3840053019121.4272515850512.2084497427-52.7923496723
67.921240057955.94112300919-3.391951094195.24609623096-4.2234251676.59997930020.3032954535590.1180094380650.3606014953830.2425206860680.08213711735610.527968498435-0.65703453939-0.181069680186-0.410545681850.29402849557-0.005751112381230.05984324557880.2557831194030.01581333054580.4559721434314.5874986750320.4328259365-49.3663212563
71.713043710120.5007091119481.668516184451.631559949391.543270295931.880807710140.0195315184167-0.1541757213070.05539311065630.2291450833050.0195913600838-0.08742459154260.0417286543007-0.227332071245-0.04218031110640.43286535391-0.009211680876720.01409913472050.372935566441-0.01520710750750.47757912296212.263398095820.9528480834-35.3480113948
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 333 through 375 )EA333 - 3751 - 43
22chain 'E' and (resid 376 through 506 )EA376 - 50644 - 174
33chain 'E' and (resid 507 through 527 )EA507 - 527175 - 195
44chain 'A' and (resid 1 through 17 )AF1 - 171 - 17
55chain 'A' and (resid 18 through 82 )AF18 - 8218 - 82
66chain 'A' and (resid 83 through 97 )AF83 - 9783 - 97
77chain 'A' and (resid 98 through 151 )AF98 - 15198 - 146
88chain 'A' and (resid 152 through 220 )AF152 - 220147 - 215
99chain 'B' and (resid 1 through 18 )BG1 - 181 - 18
1010chain 'B' and (resid 19 through 30 )BG19 - 3019 - 30
1111chain 'B' and (resid 31 through 76 )BG31 - 7631 - 76
1212chain 'B' and (resid 77 through 98 )BG77 - 9877 - 98
1313chain 'B' and (resid 99 through 121 )BG99 - 12199 - 121
1414chain 'B' and (resid 122 through 155 )BG122 - 155122 - 155
1515chain 'B' and (resid 156 through 174 )BG156 - 174156 - 174
1616chain 'B' and (resid 175 through 213 )BG175 - 213175 - 213
1717chain 'H' and (resid 1 through 121 )HM1 - 1211 - 121
1818chain 'H' and (resid 122 through 225 )HM122 - 225122 - 220
1919chain 'L' and (resid 1 through 18 )LO1 - 181 - 18
2020chain 'L' and (resid 19 through 75 )LO19 - 7519 - 75
2121chain 'L' and (resid 76 through 129 )LO76 - 12976 - 129
2222chain 'L' and (resid 130 through 164 )LO130 - 164130 - 164
2323chain 'L' and (resid 165 through 175 )LO165 - 175165 - 175
2424chain 'L' and (resid 176 through 214 )LO176 - 214176 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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