PDB-7oqv: Crystal structure of the polymerising VEL domain of VIN3 (I575D m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oqv

タイトル

Crystal structure of the polymerising VEL domain of VIN3 (I575D mutant)

要素

Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / protein oligomerization / head-to-tail polymerization / domain swapping

機能・相同性

機能・相同性情報

vernalization response / chromatin silencing complex / cellular response to cold / negative regulation of gene expression, epigenetic / response to cold / response to hypoxia / nuclear speck / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Fiedler, M. / Franco-Echevarria, E. / Dean, C. / Bienz, M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Head-to-tail polymerization by VEL proteins underpins cold-induced Polycomb silencing in flowering control.
著者: Fiedler, M. / Franco-Echevarria, E. / Schulten, A. / Nielsen, M. / Rutherford, T.J. / Yeates, A. / Ahsan, B. / Dean, C. / Bienz, M.

履歴

登録	2021年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oqv.cif.gz	69.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oqv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o6tC 7o6uC 7o6vC 7o6wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

BBB: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

CCC: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

DDD: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

35.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

CCC: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.7 kDa, 2 ポリマー

2

BBB: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

DDD: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.7 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.498, 91.273, 98.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3 分子量: 8845.021 Da / 分子数: 4 / 変異: I575D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: VIN3, At5g57380, MSF19.4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FIE3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1M potassium phosphate monobasic, 3 % v/v 2 propanol, 0.1M sodium cacodylate pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→29.07 Å / Num. obs: 11740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 11740 / CC_1/2: 0.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 12.826 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.303 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2695	590	5.044 %
R_work	0.2234	11107	-
all	0.226	-	-
obs	-	11697	99.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.228 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.125 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.445 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2319	0	0	38	2357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.639	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.314	1.584	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.543	5	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.297	20.604	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.017	15	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.54	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.374	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.363	5.502	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.364	5.501	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.32	8.231	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.318	8.232	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.883	6.364	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.88	6.365	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.224	9.218	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.222	9.218	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.503	64.578	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.502	64.584	2729

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.354	46	0.328	808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.53	0.487	46	0.308	759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.603	0.272	37	0.271	774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.305	36	0.277	736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.364	30	0.264	720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.254	43	0.248	704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.317	35	0.259	661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.097	0.303	33	0.251	661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.097-3.235	0.304	42	0.25	610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.235-3.392	0.374	35	0.221	594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.392-3.575	0.252	39	0.197	571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.575-3.791	0.231	20	0.19	550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.791-4.052	0.217	28	0.183	510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.052-4.375	0.197	25	0.156	490	X-RAY DIFFRACTION	100
4.375-4.791	0.196	18	0.154	448	X-RAY DIFFRACTION	100
4.791-5.353	0.232	24	0.207	416	X-RAY DIFFRACTION	100
5.353-6.175	0.17	11	0.17	378	X-RAY DIFFRACTION	100
6.175-7.546	0.329	14	0.265	314	X-RAY DIFFRACTION	100
7.546-10	0.235	15	0.21	257	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.299	13	0.266	146	X-RAY DIFFRACTION	94.6429

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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