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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oqt | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | G-quadruplex structure of the C. elegans telomeric repeat: A two tetrads basket type conformation stabilised by a Hoogsteen C-T base-pair | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / G-quadruplex / C. elegans telomere | 機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ![]() Marquevielle, J. / De Rache, A. / Amrane, S. | 資金援助 | 1件 |
![]() ![]() タイトル: G-quadruplex structure of the C. elegans telomeric repeat: a two tetrads basket type conformation stabilized by a non-canonical C-T base-pair. 著者: Marquevielle, J. / De Rache, A. / Vialet, B. / Morvan, E. / Mergny, J.L. / Amrane, S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 409.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 588.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6221.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-K / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 2.4 mM 1H Asc20, 90% H2O/10% D2O / Label: Asc20 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 2.4 mM / 構成要素: Asc20 / Isotopic labeling: 1H |
試料状態 | イオン強度: 90 mM / Label: NMR buffer / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 750 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |