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万見
- PDB-7oqr: Crystal structure of Trypanosoma cruzi peroxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oqr
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi peroxidase
要素Ascorbate peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbate peroxidase / L-ascorbate peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Ascorbate peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Freeman, S.L. / Kwon, H. / Skafar, V. / Fielding, A.J. / Martinez, A. / Piacenza, L. / Radi, R. / Raven, E.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of Trypanosoma cruzi heme peroxidase and characterization of its substrate specificity and compound I intermediate.
著者: Freeman, S.L. / Skafar, V. / Kwon, H. / Fielding, A.J. / Moody, P.C.E. / Martinez, A. / Issoglio, F.M. / Inchausti, L. / Smircich, P. / Zeida, A. / Piacenza, L. / Radi, R. / Raven, E.L.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ascorbate peroxidase
B: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,37920
ポリマ－73,0232
非ポリマー2,35718
水7,638424
1
A: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6429
ポリマ－36,5111
非ポリマー1,1318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,73711
ポリマ－36,5111
非ポリマー1,22610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.594, 71.594, 254.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ascorbate peroxidase / Ascorbate-dependent peroxidase / Heme Peroxidase


分子量: 36511.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: APX, C3747_335g5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I1N3, L-ascorbate peroxidase

-
非ポリマー , 7種, 442分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.492
11-h,-k,l20.508
反射解像度: 1.76→29.28 Å / Num. obs: 76005 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.785 / Num. unique obs: 4170

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OPT

7opt


解像度: 1.76→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.274 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.016 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1588 3784 5 %RANDOM
Rwork0.1177 ---
obs0.1198 72131 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.36 Å2 / Biso mean: 25.733 Å2 / Biso min: 15.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.07 Å20 Å20 Å2
2---3.07 Å20 Å2
3---6.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4310 0 151 424 4885
Biso mean--29.31 34.65 -
残基数----545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0134698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9561.6796380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4981.6079798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.675571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.6122.112251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26515792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8231532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.025336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.021048
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.0123121
LS精密化 シェル解像度: 1.762→1.808 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 264 -
Rwork0.18 5137 -
all-5401 -
obs--97.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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