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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7opg | ||||||
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Title | Crystal structure of CLK1 in complex with compound 2 (CC513) | ||||||
![]() | Dual specificity protein kinase CLK1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / kinase inhibitor / CLK1 / splicing kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | ![]() dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaikuad, A. / Routier, S. / Bonnet, P. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of CLK1 in complex with compound 2 (CC513) Authors: Chaikuad, A. / Routier, S. / Bonnet, P. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 440.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 363.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1z57S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 39581.512 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 635 molecules ![](data/chem/img/06N.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EPE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 25% 1,2-propanediol, 10% glycerol, 0.1M sodium/potassium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→31.01 Å / Num. obs: 88084 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/av σ(I): 8.2 / Net I/σ(I): 8.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1Z57 Resolution: 1.93→31.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 8.734 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.1512 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.135 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.85 Å2 / Biso mean: 41.413 Å2 / Biso min: 17.53 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→31.01 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.93→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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