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- PDB-7opa: Purine nucleoside phosphorylase(DeoD-type) from H. pylori with 6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7opa
タイトルPurine nucleoside phosphorylase(DeoD-type) from H. pylori with 6-benzylthiopurine
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-benzylthio-2-chloropurine / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Narczyk, M. / Stefanic, Z.
資金援助 ポーランド, クロアチア, 3件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2015/18/M/NZ1/00776 ポーランド
Croatian Science FoundationIP-2013-11-7423, IP-2019-04-6764 クロアチア
Ministry of Science and Higher Education (Poland)BST-173300/BF ポーランド
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2022
タイトル: Interactions of 2,6-substituted purines with purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori in solution and in the crystal, and the effects of these compounds on cell cultures of this bacterium.
著者: Narczyk, M. / Wojtys, M.I. / Lescic Asler, I. / Zinic, B. / Luic, M. / Jagusztyn-Krynicka, E.K. / Stefanic, Z. / Bzowska, A.
履歴
登録2021年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
D: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
E: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
F: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
G: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
H: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
I: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
J: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
K: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
L: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,64738
ポリマ－309,81712
非ポリマー2,83026
水19,0421057
1
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
D: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
E: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
F: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,60022
ポリマ－154,9096
非ポリマー1,69116
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26090 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area43880 Å2
手法PISA
2
G: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
H: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
I: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
J: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
K: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
L: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,04716
ポリマ－154,9096
非ポリマー1,13910
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24110 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area44640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.560, 138.998, 318.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 25818.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: deoD, HP_1178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56463, purine-nucleoside phosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 1083分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-05Z / 6-benzylthio-2-chloropurine / 2-chloranyl-6-phenylmethylsulfanyl-7H-purine / 2-クロロ-6-(ベンジルチオ)-1H-プリン


分子量: 276.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9ClN4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1057 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% PEG 8000, Tris-HCl pH 7,0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.62 Å / Num. obs: 204075 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 0.727 / Net I/σ(I): 9.79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.121.9020.8932293832721322660.6372.00398.6
2.12-2.261.2381.6739863830746307410.841.288100
2.26-2.440.8492.6437866728666286620.9220.883100
2.44-2.680.544.3833694326490264850.9670.562100
2.68-2.990.2958.232866924011240100.9860.307100
2.99-3.450.16914.8326966021302213000.9930.176100
3.45-4.220.09825.5221104218169181630.9960.103100
4.22-5.950.08132.0416649414186141850.9970.085100
5.95-49.620.0635.899673830282630.9990.06399.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F4X

6f4x


解像度: 2→49.62 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2854 1999 0.99 %
Rwork0.2288 200857 -
obs0.2293 202856 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.15 Å2 / Biso mean: 44.8743 Å2 / Biso min: 15.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21616 0 180 1057 22853
Biso mean--46.6 40.83 -
残基数----2796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.43991390.4056139651410498
2.05-2.110.44081410.37231421114352100
2.11-2.170.41411420.35041416114303100
2.17-2.240.33431410.32511423514376100
2.24-2.320.36361420.30141425714399100
2.32-2.410.40311420.29541428714429100
2.41-2.520.37361410.29241426214403100
2.52-2.650.34541420.26761426414406100
2.65-2.820.3141430.25291436414507100
2.82-3.040.3371430.25361434814491100
3.04-3.340.28041440.22971438714531100
3.34-3.830.25791440.20611445314597100
3.83-4.820.21241440.16631462314767100
4.82-49.620.22191510.1751504015191100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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