PDB-7oof: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oof

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with tri-mannuronic acid

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / alpha-D-mannopyranuronic acid / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with tri-mannuronic acid
著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2021年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oof.cif.gz	178.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oof.ent.gz	116.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oof_validation.pdf.gz	849.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oof_full_validation.pdf.gz	852 KB	表示
XML形式データ	7oof_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	7oof_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/7oof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/7oof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nczS 6ywf 7nl3 7nm6 7npp 7ny3 7o6h S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.810, 81.110, 80.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Alginate lyase (PL7)

分子量: 25468.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A485PVH1

#2: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-MAV / alpha-D-mannopyranuronic acid / alpha-D-mannuronic acid / D-mannuronic acid / mannuronic acid

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DManpAa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-mannopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-ManpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
ManA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル

分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.953798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→40.34 Å / Num. obs: 56932 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.53 % / B_iso Wilson estimate: 16.88 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.42
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / Num. unique obs: 8735 / CC_1/2: 0.46 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz

解像度: 1.3→40.34 Å / SU ML: 0.1656 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.1991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1737	2101	3.69 %
R_work	0.1585	54826	-
obs	0.159	56927	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1742	0	63	250	2055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	1913
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9977	2619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0865	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5924	659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.33	0.3337	127	0.3639	3306	X-RAY DIFFRACTION	91.52
1.33-1.36	0.3548	136	0.3298	3561	X-RAY DIFFRACTION	98.12
1.36-1.4	0.305	140	0.2806	3640	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.4-1.44	0.2318	139	0.2259	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.49	0.1848	138	0.1961	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.54	0.1896	140	0.1678	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.54-1.6	0.1949	139	0.1724	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.67	0.1976	141	0.1759	3668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.76	0.1811	141	0.1574	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.87	0.1781	140	0.1451	3645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-2.02	0.1756	141	0.1405	3683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.22	0.156	141	0.1408	3690	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.22-2.54	0.1449	143	0.1395	3733	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.54-3.2	0.1705	144	0.1507	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-40.34	0.1537	151	0.1469	3940	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2555281809	0.484619844209	0.118255874386	2.85218346111	-0.638393852046	2.50809023738	-0.0548981403069	-0.0344380249893	0.0467679093912	0.183646410718	0.00131678015623	0.229683399266	-0.142507471768	-0.134834003661	0.0395369072061	0.118145631175	0.00923864998632	0.0182353771254	0.088554414999	-0.0149880374555	0.105646727162	-13.1101007753	15.2697221408	7.48819095204
2	0.771633478131	0.220093906524	0.178816771171	1.18242329042	0.0242464084307	1.02177102776	-0.00576775649608	0.0129099801638	-0.0317856893246	0.019302871096	-0.0185989833564	0.0555947361114	0.0366558379889	-0.0480751962737	0.021475694437	0.103496602467	-0.00967153219069	0.00347830815818	0.130191696243	-0.000321563040374	0.122902854707	-11.9655378643	2.85231347784	1.25626862474
3	1.04585443924	0.234205050139	0.224254411858	1.1732642083	0.0609849297896	2.125517636	-0.000760841737345	0.0973277434326	-0.156805438946	-0.0789030327581	0.0178796489966	-0.11768346243	0.181061877361	0.07438599629	-0.0172905653071	0.138187786527	-0.0060290823796	0.00866593040746	0.13319704993	-0.0145483559988	0.146990427003	-7.13633594673	-4.39843277032	-6.39715666191
4	1.04621495428	-0.309961985972	0.714730100884	1.73989661831	0.193302564557	1.66021968996	-0.0696512725128	0.00579020253264	-0.0775418867189	-0.0364827048468	-0.0124363028502	-0.123571784425	-0.0886509627253	0.0661286843435	0.0756873590089	0.140619826782	-0.0125158326368	-0.00176593105007	0.137889133205	-0.00980005536005	0.0984107398351	-10.4598033255	3.300967823	4.65687729248

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 63 )	0 - 63	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 147 )	64 - 147	43 - 126
3	3	chain 'A' and (resid 148 through 223 )	148 - 223	127 - 202
4	4	chain 'A' and (resid 224 through 247 )	224 - 247	203 - 226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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