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- PDB-7omt: Crystal structure of ProMacrobody 21 with bound maltose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omt
タイトルCrystal structure of ProMacrobody 21 with bound maltose
要素ProMacrobody 21
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody Cryo-EM Chaperone MBP
機能・相同性alpha-maltose
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Botte, M. / Ni, D. / Schenck, S. / Zimmermann, I. / Chami, M. / Bocquet, N. / Egloff, P. / Bucher, D. / Trabuco, M. / Cheng, R.K.Y. ...Botte, M. / Ni, D. / Schenck, S. / Zimmermann, I. / Chami, M. / Bocquet, N. / Egloff, P. / Bucher, D. / Trabuco, M. / Cheng, R.K.Y. / Brunner, J.D. / Seeger, M.A. / Stahlberg, H. / Hennig, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innosuisse25864.1 PFLS-LS スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of a LptDE transporter in complex with Pro-macrobodies offer insight into lipopolysaccharide translocation.
著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / ...著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / Markus A Seeger / Henning Stahlberg / Michael Hennig /
要旨: Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram- ...Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram-negative bacteria. The last step of LPS insertion via the Lpt pathway is mediated by the LptD/E protein complex. Detailed insights into the architecture of LptDE transporter complexes have been derived from X-ray crystallography. However, no structure of a laterally open LptD transporter, a transient state that occurs during LPS release, is available to date. Here, we report a cryo-EM structure of a partially opened LptDE transporter in complex with rigid chaperones derived from nanobodies, at 3.4 Å resolution. In addition, a subset of particles allows to model a structure of a laterally fully opened LptDE complex. Our work offers insights into the mechanism of LPS insertion, provides a structural framework for the development of antibiotics targeting LptD and describes a highly rigid chaperone scaffold to enable structural biology of challenging protein targets.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ProMacrobody 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6465
ポリマ－56,7141
非ポリマー9314
水2,756153
1
A: ProMacrobody 21
ヘテロ分子

A: ProMacrobody 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,29110
ポリマ－113,4292
非ポリマー1,8638
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area41740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.897, 87.624, 118.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.076, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-763-

HOH

21A-841-

HOH

31A-844-

HOH

41A-848-

HOH

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要素

#1: 抗体 ProMacrobody 21


分子量: 56714.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: in 0.2 M MgCl2, 0.1M Hepes pH 7.5, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.45 Å / Num. obs: 34750 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 43.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.167 / Num. unique obs: 34750 / CC1/2: 0.722

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N3W, 5FWO

1n3w

5fwo


解像度: 2→44.45 Å / SU ML: 0.2398 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0245
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 1700 4.89 %
Rwork0.1929 33037 -
obs0.1951 34737 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3757 0 48 153 3958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013913
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02065318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.15232305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.33921310.30172689X-RAY DIFFRACTION96.58
2.06-2.130.30521480.27732717X-RAY DIFFRACTION96.95
2.13-2.20.31391420.2532720X-RAY DIFFRACTION97.12
2.2-2.290.29451510.25082679X-RAY DIFFRACTION97.22
2.29-2.390.27991380.22062750X-RAY DIFFRACTION97.6
2.39-2.520.30981350.22792752X-RAY DIFFRACTION97.93
2.52-2.680.25211390.22292753X-RAY DIFFRACTION98.07
2.68-2.880.26091590.22222762X-RAY DIFFRACTION97.99
2.88-3.170.24451450.22362738X-RAY DIFFRACTION98.7
3.17-3.630.29491320.19652802X-RAY DIFFRACTION98.79
3.63-4.580.20141560.15772796X-RAY DIFFRACTION99.06
4.58-44.450.19121240.16282879X-RAY DIFFRACTION99.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.447417551681.94219888408-1.696169332713.12868694131-0.8234888844774.0602782357-0.323908130680.0528890309458-0.5554421698450.1330213030720.209270179371-0.07788299447680.630208627984-0.6176254079150.02600524847010.398443383074-0.03464543622850.1306407965460.3737168912750.04024170151290.411493508745-41.2374384881-30.44711686017.08798163175
22.501142403841.30746185024-0.1470412390223.40108194545-1.163671176712.0366983588-0.3829913049460.3808332015370.359632420093-0.2125902483950.308549918991-0.089678202232-0.5210709262320.06725616137690.04175201803550.537962150961-0.1174899304720.001434467386830.4034346528820.0644035546480.366633870614-21.149080984210.6053391623-17.6253539861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 122 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 482 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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