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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7olr | ||||||
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タイトル | Dioxygenase AsqJ in complex with 2 and alpha-ketoglutarate | ||||||
要素 | Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Quinolone Biosynthesis / Molecular Engineering / Epoxidation / Catalytic Mechanism | ||||||
機能・相同性 | (-)-cyclopenine synthase / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / dioxygenase activity / metal ion binding / 4-Methoxydehydrocyclopeptin / 2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Emericella nidulans (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Auman, D. / Mader, S.L. / Ecker, F. / Dorst, K. / Braeuer, A. / Widmalm, G. / Groll, M. / Kaila, V.R.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022 タイトル: Peroxy Intermediate Drives Carbon Bond Activation in the Dioxygenase AsqJ. 著者: Auman, D. / Ecker, F. / Mader, S.L. / Dorst, K.M. / Brauer, A. / Widmalm, G. / Groll, M. / Kaila, V.R.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7olr.cif.gz | 128.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7olr.ent.gz | 99.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7olr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7olr_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7olr_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7olr_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7olr_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7olkC 7ollC 7olmC 7oloC 7olpC 7olqC 7oltC 5dapS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33978.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / |
#3: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#4: 化合物 | ChemComp-58J / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 100 mM TRIS/HCl, 1 M LiCl, 27% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 16153 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2096 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DAP 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 19.729 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.09 Å2 / Biso mean: 50.101 Å2 / Biso min: 38.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -20.7019 Å / Origin y: -17.0879 Å / Origin z: -13.777 Å
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