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- PDB-7olo: Dioxygenase AsqJ mutant (V72I) in complex with 2b and glycerol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7olo
タイトルDioxygenase AsqJ mutant (V72I) in complex with 2b and glycerol
要素Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
キーワードOXIDOREDUCTASE / Quinolone Biosynthesis / Molecular Engineering / Epoxidation / Catalytic Mechanism
機能・相同性(-)-cyclopenine synthase / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / dioxygenase activity / metal ion binding / BROMIDE ION / Chem-CO0 / NICKEL (II) ION / Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
機能・相同性情報
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Auman, D. / Mader, S.L. / Ecker, F. / Dorst, K. / Braeuer, A. / Widmalm, G. / Groll, M. / Kaila, V.R.I.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Peroxy Intermediate Drives Carbon Bond Activation in the Dioxygenase AsqJ.
著者: Auman, D. / Ecker, F. / Mader, S.L. / Dorst, K.M. / Brauer, A. / Widmalm, G. / Groll, M. / Kaila, V.R.I.
履歴
登録2021年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6297
ポリマ－33,9931
非ポリマー6376
水1,36976
1
A: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子

A: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,25914
ポリマ－67,9862
非ポリマー1,27312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area7900 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.980, 121.240, 67.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

21A-547-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J


分子量: 33992.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 6種, 82分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CO0 / (3~{Z})-4-methyl-3-(phenylmethylidene)-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione


分子量: 278.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 100 mM HEPES/NaOH, 1.25 M LiBr, 26% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20394 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2753

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DAP

5dap


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 10.971 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2056 1019 5 %RANDOM
Rwork0.1795 ---
obs0.1808 19368 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.57 Å2 / Biso mean: 43.242 Å2 / Biso min: 30.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.98 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2219 0 36 76 2331
Biso mean--47.7 46.14 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0132301
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.6543138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0851.5735063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4525286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.421.682107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.90415382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3891516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02451
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.31534482
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 74 -
Rwork0.331 1414 -
all-1488 -
obs--98.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.1963 Å / Origin y: -18.2606 Å / Origin z: -13.637 Å
111213212223313233
T0.0073 Å20.0022 Å20.0156 Å2-0.0648 Å2-0.0064 Å2--0.056 Å2
L0.3505 °2-0.01 °20.1 °2-0.2766 °2-0.0406 °2--0.2649 °2
S-0.009 Å °0.0099 Å °0.0288 Å °0.005 Å °0.0015 Å °-0.05 Å °-0.0013 Å °0.0274 Å °0.0075 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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