PDB-7oln: Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oln

タイトル

Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with Lewis y antigen

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Bacterial lectin / Fucosides / Blood group antigen / Human oligosaccharide

機能・相同性

Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / Lectin

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Bermeo, R. / Varrot, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with Lewis y antigen
著者: Bermeo, R. / Varrot, A.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oln.cif.gz	46.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oln.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oln_validation.pdf.gz	765.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oln_full_validation.pdf.gz	767.4 KB	表示
XML形式データ	7oln_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	7oln_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7oln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7oln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wq4S 6tid 6tig 7bfy S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lectin

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.5 kDa, 3 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.887, 42.887, 310.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-202- HOH
2	1	AAA-203- HOH
3	1	AAA-219- HOH
4	1	AAA-260- HOH
5	1	AAA-285- HOH
6	1	AAA-294- HOH
7	1	AAA-295- HOH
8	1	AAA-296- HOH
9	1	AAA-297- HOH

#1: タンパク質

Lectin

分子量: 14010.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EH86

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 837.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-1-3/a3-b1_b3-c1_b4-d1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium citrate 1.2M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→36.88 Å / Num. obs: 8958 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique obs: 601 / CC_1/2: 0.982 / R_pim(I) all: 0.143 / R_rim(I) all: 0.424 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wq4

2wq4

解像度: 1.92→36.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.876 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1934	429	4.79 %
R_work	0.152	8528	-
all	0.154	-	-
obs	-	8957	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.301 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.066 Å²	0.033 Å²	-0 Å²
2-	-	0.066 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.214 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→36.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	982	0	57	97	1136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.973	1.721	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.549	1.637	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.305	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.155	22.571	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.893	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.001	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.431	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.323	2.641	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.321	2.635	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.528	3.938	667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.525	3.945	668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.389	3.104	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.388	3.104	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.398	4.526	799
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.394	4.532	800
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.702	33.471	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.574	33.178	1081

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.97	0.23	35	0.153	611	X-RAY DIFFRACTION	99.8454
1.97-2.024	0.285	25	0.177	598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.024-2.083	0.219	29	0.177	586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.083-2.147	0.138	26	0.152	581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.217	0.252	41	0.168	519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.217-2.295	0.189	26	0.161	527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.295-2.381	0.201	26	0.163	542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.381-2.478	0.238	36	0.168	479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.589	0.202	20	0.162	467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.589-2.715	0.254	23	0.174	467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-2.862	0.209	20	0.151	456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.862-3.035	0.18	13	0.144	416	X-RAY DIFFRACTION	100
3.035-3.244	0.22	16	0.149	399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.244-3.504	0.194	24	0.145	358	X-RAY DIFFRACTION	99.7389
3.504-3.838	0.209	15	0.133	348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.838-4.29	0.129	15	0.116	320	X-RAY DIFFRACTION	99.7024
4.29-4.953	0.176	11	0.103	281	X-RAY DIFFRACTION	100
4.953-6.062	0.093	13	0.15	243	X-RAY DIFFRACTION	99.6109
6.062-8.559	0.155	10	0.188	200	X-RAY DIFFRACTION	100
8.559-36.88	0.362	5	0.258	130	X-RAY DIFFRACTION	97.8261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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