PDB-7oli: Crystal structure of Pab-AGOG in complex with 8-oxoguanosine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oli

タイトル

Crystal structure of Pab-AGOG in complex with 8-oxoguanosine

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

HYDROLASE / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Archaea / Pyrococcus abyssi

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus abyssi (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Coste, F. / Goffinont, S. / Flament, D. / Castaing, B.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing.
著者: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oli.cif.gz	215.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oli.ent.gz	172.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oli_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oli_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7oli_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	7oli_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7oli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7oli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7olbSC 7ou3C 7oueC 7oy7C 7p0wC 7p8lC 7p9zC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.063, 47.202, 91.271
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.800, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase / 8-oxoguanine DNA glycosylase / AGOG / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase 分子量: 27982.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 遺伝子: PYRAB10170, PAB1695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UZY0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-8HG / 2'-DEOXY-8-OXOGUANOSINE / 8-OHdG 分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: LiCl, tri-Na citrate, PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→48.19 Å / Num. obs: 65858 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 9640 / CC_1/2: 0.837

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OLB

7olb

解像度: 1.65→44.83 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1907	3279	4.99 %
R_work	0.1614	62444	-
obs	0.1628	65723	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.11 Å² / B_iso mean: 31.9071 Å² / B_iso min: 12.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→44.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3853	0	60	336	4249
B_iso mean	-	-	26.66	40.39	-
残基数	-	-	-	-	484

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2614	146	0.213	2700	2846	99
1.67-1.7	0.2579	150	0.1981	2727	2877	99
1.7-1.73	0.2385	146	0.1896	2675	2821	99
1.73-1.76	0.2017	145	0.1872	2676	2821	99
1.76-1.79	0.2411	148	0.1839	2730	2878	99
1.79-1.82	0.2177	150	0.1834	2733	2883	100
1.82-1.86	0.2314	149	0.1832	2652	2801	100
1.86-1.9	0.2274	131	0.1799	2766	2897	100
1.9-1.95	0.2343	135	0.1723	2675	2810	100
1.95-2	0.2093	151	0.1653	2724	2875	100
2-2.05	0.1961	130	0.1694	2747	2877	99
2.05-2.11	0.2211	147	0.1675	2672	2819	99
2.11-2.18	0.189	139	0.167	2726	2865	99
2.18-2.26	0.2072	152	0.1673	2678	2830	99
2.26-2.35	0.2042	147	0.164	2683	2830	99
2.35-2.45	0.1923	121	0.1689	2721	2842	99
2.45-2.58	0.206	136	0.1625	2740	2876	99
2.58-2.74	0.2053	137	0.1654	2691	2828	98
2.74-2.96	0.1924	149	0.1691	2718	2867	98
2.96-3.25	0.1893	144	0.1662	2679	2823	98
3.25-3.72	0.1871	126	0.1597	2734	2860	98
3.72-4.69	0.1527	155	0.1368	2749	2904	99
4.69-44.83	0.1589	145	0.1458	2848	2993	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4373	3.3267	1.0195	5.5944	2.5155	5.8189	0.0986	0.15	-0.6141	-0.5078	0.1356	0.3683	0.848	-0.2576	-0.2243	0.3932	0.0186	-0.1416	0.229	-0.0081	0.3451	-23.8029	9.4271	5.9734
2	3.7766	-0.4499	0.9971	4.5887	-0.0342	4.6231	-0.0546	0.1093	0.2844	0.0101	0.1074	-0.2746	-0.1653	0.1698	-0.0569	0.1377	0.0112	0.017	0.1366	-0.0068	0.176	-17.0381	30.4444	14.2923
3	5.1412	-1.1979	-0.8448	6.3998	1.1633	6.5415	-0.2437	-0.6018	0.8232	0.6809	0.0738	-0.4873	-0.9946	0.247	0.029	0.403	0.0104	-0.0857	0.2482	-0.0918	0.403	-16.3312	40.6818	21.7889
4	2.9957	-1.2556	0.9285	3.4555	0.0953	3.6822	-0.0387	-0.4572	0.2701	0.3518	0.2661	0.2131	-0.2541	-0.2976	-0.1417	0.3325	0.0683	0.0452	0.2639	-0.0627	0.231	-25.7154	36.1189	23.404
5	3.9353	-0.2692	-2.1472	3.3996	1.2256	1.7159	-0.0012	-0.3695	-0.2573	0.647	0.1263	0.0553	-0.0332	-0.3315	-0.083	0.2923	0.0618	0.0273	0.4245	0.0872	0.1538	-21.9148	20.0017	28.6378
6	4.1827	0.0458	1.5356	4.1344	-0.094	3.3147	0.0566	-0.2643	-0.3413	0.1381	0.1807	0.2222	0.1073	-0.2235	-0.2213	0.1515	0.0089	-0.0142	0.1912	0.0392	0.1519	-21.8902	18.3753	18.4893
7	7.8097	3.4786	1.3352	1.9426	1.2925	1.5594	0.3986	0.2071	-0.3073	-0.1604	0.4721	0.8498	0.306	-0.5649	-0.2431	0.2585	-0.0529	-0.2212	0.418	0.1899	0.599	-39.035	18.5572	7.1821
8	5.2417	2.2368	1.6155	6.8143	-0.6106	2.1123	0.3163	-0.282	-0.6176	-0.0195	0.2118	0.522	0.4534	-0.3558	-0.477	0.2265	-0.018	-0.1035	0.2465	0.0579	0.3365	-30.1027	13.384	11.2475
9	8.3673	-0.3184	-0.0811	8.147	0.1742	3.3567	0.1558	0.8582	-0.5612	-0.3961	0.2089	0.2281	0.7742	-0.1861	-0.3765	0.5401	-0.0289	-0.0543	0.3506	-0.0582	0.2393	-23.7845	13.2277	-3.1152
10	1.5127	0.2911	0.3664	5.0658	0.3762	1.7293	0.0278	-0.0815	0.1933	0.3934	-0.0795	-0.13	-0.0928	0.0859	0.0197	0.1955	0.0051	-0.0399	0.147	-0.0045	0.1688	21.0064	24.299	36.5341
11	3.8914	-0.4339	0.3187	3.0704	-0.0186	3.3789	0.109	0.053	-0.2265	-0.0951	-0.0384	0.1923	0.3199	-0.1261	-0.0304	0.1837	-0.0081	-0.0413	0.1323	-0.004	0.1623	9.4027	10.4571	28.152
12	6.8503	-0.0593	0.6359	2.053	0.1893	1.4697	0.0938	0.2969	-0.1109	-0.142	-0.0794	0.1508	-0.0364	-0.4818	-0.0297	0.1697	0.0326	-0.05	0.1364	-0.0073	0.1747	3.248	14.1351	22.139
13	1.6046	0.438	0.702	1.5295	0.5381	2.252	-0.1336	0.1345	0.4921	-0.1381	-0.109	0.0876	-0.3717	-0.0541	0.104	0.2112	0.0218	-0.044	0.1484	0.0302	0.2493	14.7027	28.9764	26.8115
14	6.57	2.768	2.4103	4.821	1.5889	5.2198	0.059	-0.4515	0.1824	0.3519	-0.1614	0.0378	0.1006	-0.4545	0.083	0.3072	-0.0231	-0.0214	0.2598	-0.0169	0.2329	20.4772	31.0272	47.7764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 20 )	A	-2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 69 )	A	21 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 87 )	A	70 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 111 )	A	88 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 141 )	A	112 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 142 through 174 )	A	142 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 175 through 188 )	A	175 - 188
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 189 through 215 )	A	189 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 216 through 239 )	A	216 - 239
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -2 through 36 )	B	-2 - 36
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 37 through 87 )	B	37 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 88 through 111 )	B	88 - 111
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 112 through 215 )	B	112 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 216 through 239 )	B	216 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)