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- PDB-7okz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7okz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) CATALYTICALLY INACTIVE H251A VARIANT COMPLEXED WITH 2-METHYL- QUINOLIN-4(1H)-ONE UNDER HYPEROXIC CONDITIONS
要素1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA HYDROLASE COMPLEX / DIOXYGENASE / COFACTOR-DEVOID / OXYGEN PRESSURISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase / 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / D(-)-TARTARIC ACID / 2-methyl-quinolin-4(1H)-one / 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Bui, S. / Steiner, R.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/I020411/1 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Evolutionary adaptation from hydrolytic to oxygenolytic catalysis at the alpha / beta-hydrolase fold.
著者: Bui, S. / Gil-Guerrero, S. / van der Linden, P. / Carpentier, P. / Ceccarelli, M. / Jambrina, P.G. / Steiner, R.A.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,26810
ポリマ－66,4452
非ポリマー8238
水4,594255
1
AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 33.8 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7556
ポリマ－33,2221
非ポリマー5335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 33.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5134
ポリマ－33,2221
非ポリマー2903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.520, 120.520, 44.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 3 - 274 / Label seq-ID: 15 - 286

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase


分子量: 33222.324 Da / 分子数: 2 / 変異: C69S, H251A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア)
遺伝子: hod, meqE, ARUE_113p00080, pAL1.008 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O31266, 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 263分子

#2: 化合物 ChemComp-VFH / 2-methyl-quinolin-4(1H)-one / 2-メチル-4(1H)-キノリノン


分子量: 159.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection twin
タイプCrystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
pseudo-merohedral11H, K, L10.8813
pseudo-merohedral22-K, -H, -L20.1187
反射解像度: 2.1→60.26 Å / Num. obs: 37761 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.758 / Num. unique obs: 9206 / Rpim(I) all: 0.487

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OJM

7ojm


解像度: 2.101→60.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.852 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 1793 4.75 %
Rwork0.1902 35956 -
all0.192 --
obs-37749 99.358 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.554 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.439 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→60.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4461 0 54 255 4770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.6426483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2121.5879911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4495566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85121.538286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77115749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5921539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.24046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.22249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21967
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0430.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2360.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2660.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2960.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1670.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4143.6352240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4133.6352241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4825.4382816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4825.442816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6373.8672516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6373.8672517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8655.7123667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8655.7123668
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.82142.5495487
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.73342.425440
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0530.059709
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052720.05009
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052720.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.101-2.1560.2951060.2272497X-RAY DIFFRACTION93.5322
2.156-2.2150.3171300.2222579X-RAY DIFFRACTION99.3399
2.215-2.2790.2821010.2252505X-RAY DIFFRACTION99.4656
2.279-2.3490.2681230.2252450X-RAY DIFFRACTION99.7673
2.349-2.4260.2631030.2092377X-RAY DIFFRACTION99.9597
2.426-2.5110.2541190.1972298X-RAY DIFFRACTION100
2.511-2.6050.2491350.2092167X-RAY DIFFRACTION100
2.605-2.7110.2221000.1922122X-RAY DIFFRACTION100
2.711-2.8320.227870.1932062X-RAY DIFFRACTION99.9535
2.832-2.970.2391020.2021985X-RAY DIFFRACTION99.9521
2.97-3.130.223980.21848X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.3190.268750.1921772X-RAY DIFFRACTION100
3.319-3.5470.21790.1871674X-RAY DIFFRACTION100
3.547-3.8310.218810.1761554X-RAY DIFFRACTION99.9389
3.831-4.1940.175840.1651427X-RAY DIFFRACTION100
4.194-4.6870.204780.1631277X-RAY DIFFRACTION99.7057
4.687-5.4060.203570.1561160X-RAY DIFFRACTION99.5908
5.406-6.6080.249580.185983X-RAY DIFFRACTION99.904
6.608-9.2890.231500.196767X-RAY DIFFRACTION99.3917
9.289-60.260.20827452X-RAY DIFFRACTION98.5597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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