PDB-7okr: Catalytic domain from the Aliivibrio salmonicida lytic polysaccha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7okr

タイトル

Catalytic domain from the Aliivibrio salmonicida lytic polysaccharide monooxygenase AsLPMO10B

要素

Chitinase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LPMO / lytic polysaccharide monooxygenase / Aliivibrio salmonicida / chitinase

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Aliivibrio salmonicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Cordara, G. / Leitl, K.D. / Loose, J.S.M. / Vaaje-Kolstad, G. / Krengel, U.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: Bmc Microbiol. / 年: 2022
タイトル: Chitinolytic enzymes contribute to the pathogenicity of Aliivibrio salmonicida LFI1238 in the invasive phase of cold-water vibriosis.
著者: Skane, A. / Edvardsen, P.K. / Cordara, G. / Loose, J.S.M. / Leitl, K.D. / Krengel, U. / Sorum, H. / Askarian, F. / Vaaje-Kolstad, G.

履歴

登録	2021年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7okr.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7okr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7okr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7okr_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7okr_full_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示
XML形式データ	7okr_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	7okr_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7okr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7okr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yn2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Chitinase B

ヘテロ分子

44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.003, 71.003, 100.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Chitinase B 分子量: 43809.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aliivibrio salmonicida (strain LFI1238) (バクテリア) 株: LFI1238 / 遺伝子: VSAL_II0217 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6EQJ6
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: bipyramidal prism
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40 % PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez (KB) mirror pair (VFM, HFM)
放射	モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→33.46 Å / Num. obs: 62730 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.022 / Χ²: 0.74 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 6133 / CC_1/2: 0.545 / R_pim(I) all: 0.585 / Χ²: 0.4 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190806	データ削減
XSCALE	VERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190806	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
Coot	0.9.5	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YN2

4yn2

解像度: 1.35→33.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.341 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1624	3085	4.943 %
R_work	0.1388	59329	-
all	0.14	-	-
obs	-	62414	99.531 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.687 Å²	0.844 Å²	0 Å²
2-	-	1.687 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.474 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1512	0	22	109	1643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.862	1.639	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.623	1.589	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.902	5	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.951	24.112	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.894	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.646	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.102	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.135	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.755	2.548	890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.686	2.545	889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.176	3.852	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.205	3.853	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.175	3.078	911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.171	3.084	912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.092	4.416	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.089	4.422	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.754	31.269	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.742	31.184	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.131	3	3366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.413	223	0.381	4141	X-RAY DIFFRACTION	94.1938
1.385-1.423	0.342	228	0.301	4266	X-RAY DIFFRACTION	99.8667
1.423-1.464	0.31	210	0.238	4164	X-RAY DIFFRACTION	99.9315
1.464-1.509	0.227	212	0.19	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.509-1.559	0.208	182	0.164	3899	X-RAY DIFFRACTION	99.9755
1.559-1.613	0.176	208	0.125	3830	X-RAY DIFFRACTION	99.9752
1.613-1.674	0.172	183	0.118	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.743	0.14	197	0.108	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.743-1.82	0.144	168	0.1	3401	X-RAY DIFFRACTION	99.972
1.82-1.909	0.137	145	0.101	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.9705
1.909-2.012	0.152	159	0.113	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.134	0.139	163	0.113	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.281	0.148	174	0.111	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.281-2.463	0.142	133	0.115	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.463-2.698	0.158	119	0.123	2344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.698-3.016	0.146	104	0.141	2151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.016-3.481	0.164	107	0.149	1868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.481-4.26	0.136	81	0.141	1604	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-6.01	0.158	60	0.141	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
6.01-33.486	0.195	29	0.172	698	X-RAY DIFFRACTION	98.3762

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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