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- PDB-7ok0: Cryo-EM structure of the Sulfolobus acidocaldarius RNA polymerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ok0
タイトルCryo-EM structure of the Sulfolobus acidocaldarius RNA polymerase at 2.88 A
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 10
  • (DNA-directed RNA polymerase, subunit ...) x 2
  • Conserved protein
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / Archaea / Crenarchaea
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 ...RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 ...FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pilotto, S. / Fouqueau, T. / Lukoyanova, N. / Sheppard, C. / Lucas-Staat, S. / Diaz-Santin, L.M. / Matelska, D. / Prangishvili, D. / Cheung, A.C.M. / Werner, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust207446/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors.
著者: Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner /
要旨: RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12960
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12960
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
B: DNA-directed RNA polymerase subunit B
C: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase, subunit F
G: DNA-directed RNA polymerase, subunit G
H: DNA-directed RNA polymerase subunit H
K: DNA-directed RNA polymerase subunit K
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
N: DNA-directed RNA polymerase subunit N
P: DNA-directed RNA polymerase subunit P
Q: Conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,97421
ポリマ－405,26113
非ポリマー7138
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, monomeric in solution (by size exclusion chromatography) and on micrographs (by both negative staining and cryo-EM)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area62240 Å2
ΔGint-425 kcal/mol
Surface area123220 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 10種, 10分子 ABCDEHKLNP

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A' / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO1


分子量: 99929.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO1
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P11512, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit B / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO2


分子量: 126647.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO2
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P11513, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A'' / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO1


分子量: 44507.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO1
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P11514, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO3


分子量: 29858.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO3
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P39471, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit E / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO7


分子量: 20496.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO7
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P39466, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit H / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO5


分子量: 9477.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO5
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P11521, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit K / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO6


分子量: 10251.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO6
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P39463, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit L / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO11


分子量: 10061.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO11
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P46217, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit N / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO10


分子量: 7673.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO10
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P39472, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit P / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO12


分子量: 5662.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO12
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: Q4JAE8, DNA-directed RNA polymerase

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DNA-directed RNA polymerase, subunit ... , 2種, 2分子 FG

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit F / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO4


分子量: 13070.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO4
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: Q4JB12, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit RPO8


分子量: 15292.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RPO8
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: rpoG, Saci_0661
発現宿主: Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株 (発現宿主): ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: Q4JAY4, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 1種, 1分子 Q

#13: タンパク質 Conserved protein / DNA-directed RNA polymerase subunit 13


分子量: 12331.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit 13
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: Q4JAJ6

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#14: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#15: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#16: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: apo-RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / 詳細: 13 subunits / Entity ID: #1-#13 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.404 MDa / 実験値: YES
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
4100 microMzinc sulfateZnSO41
試料濃度: 0.06 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample was crosslinked with bis(sulfosuccinimidyl)suberate (BS3)
試料支持詳細: The grid was coated with graphene oxide prior to use
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 44.46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1676
詳細: Images were collected in movie-mode for a total of 40 frames in super-resolution mode and with a tilt of 30 degrees
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4GctfCTF補正
7PHENIX1.15モデルフィッティングDock in map
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化Real-space refinement
画像処理詳細: Movie stacks were aligned and summed using MotionCor2
CTF補正詳細: CTF aplitude was further corrected on selected particles after 3D recostruction to correct the 30 degrees tilt used during data collection
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1286432
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 423157 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 57.7772 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00326075
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52235207
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9783565
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453997
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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