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- PDB-7ojo: Tankyrase 2 in complex with two small molecule fragments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ojo
タイトルTankyrase 2 in complex with two small molecule fragments
要素(Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Poly-ADP-ribosylation / Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material ...XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat ...Ankyrin repeat / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-acetamido-~{N}-(2-methoxyphenyl)benzamide / quinazolin-4(3H)-one / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sowa, S.T. / Lehtio, L.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland287063, 294085 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Deconstruction of Dual-Site Tankyrase Inhibitors Provides Insights into Binding Energetics and Suggests Critical Hotspots for Ligand Optimization.
著者: Sowa, S.T. / Kucukdisli, M. / Mostinski, Y. / Schaller, D.A. / Vinagreiro, C.S. / Cirillo, D. / Bosetti, C. / Brinch, S.A. / van Laar, K. / Wegert, A. / Leenders, R.G.G. / Krauss, S. / ...著者: Sowa, S.T. / Kucukdisli, M. / Mostinski, Y. / Schaller, D.A. / Vinagreiro, C.S. / Cirillo, D. / Bosetti, C. / Brinch, S.A. / van Laar, K. / Wegert, A. / Leenders, R.G.G. / Krauss, S. / Waaler, J. / Volkamer, A. / Lehtio, L. / Nazare, M.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.22025年6月25日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,26016
ポリマ－49,6924
非ポリマー1,56812
水2,684149
1
AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5347
ポリマ－24,8462
非ポリマー6885
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7269
ポリマ－24,8462
非ポリマー8807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.645, 76.386, 148.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
111AAA952 - 1161
221BBB952 - 1161

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ... , 2種, 4分子 AAABBBAB

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein


分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein


分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 161分子

#3: 化合物 ChemComp-WQG / quinazolin-4(3H)-one / キナゾリン-4(3H)-オン


分子量: 146.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-VGZ / 4-acetamido-~{N}-(2-methoxyphenyl)benzamide


分子量: 284.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris pH=8.5, 200 mM Li2SO4, 24% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→148.88 Å / Num. obs: 21934 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.4 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.728

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob


解像度: 2.3→74.549 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 8.75 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 1107 5.061 %
Rwork0.232 20766 -
all0.234 --
obs-21873 99.963 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 15.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.27 Å20 Å20 Å2
2--0.273 Å2-0 Å2
3----3.543 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→74.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3227 0 96 149 3472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.6444605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0981.586972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.755404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.58321.188202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14315546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.251527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.160.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1710.22817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21547
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.21520
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1620.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1930.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1021.6961622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1021.6971621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0832.5342021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0822.5342022
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6141.7171795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5971.6871772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1852.5522583
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1822.5062548
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.75418.643696
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.71818.6413679
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0790.056356
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.078860.0501
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.078860.0501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.365780.3121498X-RAY DIFFRACTION99.6207
2.36-2.4250.349770.3071479X-RAY DIFFRACTION100
2.425-2.4950.33690.2751413X-RAY DIFFRACTION100
2.495-2.5720.299760.251407X-RAY DIFFRACTION100
2.572-2.6560.273600.2471348X-RAY DIFFRACTION100
2.656-2.7490.308640.2521327X-RAY DIFFRACTION100
2.749-2.8530.3750.2281228X-RAY DIFFRACTION100
2.853-2.9690.282660.2291245X-RAY DIFFRACTION100
2.969-3.1010.264610.231159X-RAY DIFFRACTION100
3.101-3.2530.248610.2241121X-RAY DIFFRACTION100
3.253-3.4280.225700.2171067X-RAY DIFFRACTION100
3.428-3.6360.219510.2021025X-RAY DIFFRACTION100
3.636-3.8870.231480.199955X-RAY DIFFRACTION99.9004
3.887-4.1980.193460.175913X-RAY DIFFRACTION100
4.198-4.5990.201480.175824X-RAY DIFFRACTION100
4.599-5.1410.274420.194756X-RAY DIFFRACTION100
5.141-5.9350.36460.239673X-RAY DIFFRACTION100
5.935-7.2660.339280.267578X-RAY DIFFRACTION100
7.266-10.2630.268260.21469X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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