PDB-7ojo: Tankyrase 2 in complex with two small molecule fragments

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ojo

タイトル

Tankyrase 2 in complex with two small molecule fragments

要素

(Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Poly-ADP-ribosylation / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-153)
著者: Sowa, S.T. / Lehtio, L.

履歴

登録	2021年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ojo.cif.gz	103.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ojo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ojo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/7ojo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/7ojo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nobS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

51.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein is monomeric in solution.
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.645, 76.386, 148.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	AAA	952 - 1161
2	2	1	BBB	952 - 1161

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ... , 2種, 4分子 AAABBBAB

#1: タンパク質	Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド	Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#1: タンパク質

Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...

分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: タンパク質・ペプチド

Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...

分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#3: 化合物	ChemComp-WQG / quinazolin-4(3H)-one / キナゾリン-4(3H)-オン分子量: 146.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-VGZ / 4-acetamido-~{N}-(2-methoxyphenyl)benzamide 分子量: 284.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₆N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris pH=8.5, 200 mM Li2SO4, 24% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→148.88 Å / Num. obs: 21934 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.4 % / CC_1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 2067 / CC_1/2: 0.728

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob

解像度: 2.3→74.549 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 8.75 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2769	1107	5.061 %
R_work	0.232	20766	-
all	0.234	-	-
obs	-	21873	99.963 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.273 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.543 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→74.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3227	0	96	149	3472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.644	4605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.098	1.58	6972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.75	5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.583	21.188	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.143	15	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.25	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.16	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.012	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.102	1.696	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.102	1.697	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.083	2.534	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.082	2.534	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.614	1.717	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.597	1.687	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.185	2.552	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.182	2.506	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.754	18.64	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.718	18.641	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	6356

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07886	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07886	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.365	78	0.312	1498	X-RAY DIFFRACTION	99.6207
2.36-2.425	0.349	77	0.307	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.495	0.33	69	0.275	1413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.495-2.572	0.299	76	0.25	1407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.572-2.656	0.273	60	0.247	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.656-2.749	0.308	64	0.252	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.749-2.853	0.3	75	0.228	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.853-2.969	0.282	66	0.229	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.101	0.264	61	0.23	1159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.101-3.253	0.248	61	0.224	1121	X-RAY DIFFRACTION	100
3.253-3.428	0.225	70	0.217	1067	X-RAY DIFFRACTION	100
3.428-3.636	0.219	51	0.202	1025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.636-3.887	0.231	48	0.199	955	X-RAY DIFFRACTION	99.9004
3.887-4.198	0.193	46	0.175	913	X-RAY DIFFRACTION	100
4.198-4.599	0.201	48	0.175	824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.599-5.141	0.274	42	0.194	756	X-RAY DIFFRACTION	100
5.141-5.935	0.36	46	0.239	673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.935-7.266	0.339	28	0.267	578	X-RAY DIFFRACTION	100
7.266-10.263	0.268	26	0.21	469	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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