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- PDB-7oj9: NMR solution structure of SNX9 SH3 - EEEV nsP3 peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oj9
タイトルNMR solution structure of SNX9 SH3 - EEEV nsP3 peptide complex
要素
  • EEEV nsP3 peptide
  • Sorting nexin-9
キーワードENDOCYTOSIS / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid tube assembly / plasma membrane tubulation / 1-phosphatidylinositol binding / Arp2/3 complex binding / cuticular plate / cleavage furrow formation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / clathrin-coated vesicle / endosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...lipid tube assembly / plasma membrane tubulation / 1-phosphatidylinositol binding / Arp2/3 complex binding / cuticular plate / cleavage furrow formation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / clathrin-coated vesicle / endosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of actin filament polymerization / mitotic cytokinesis / positive regulation of protein kinase activity / regulation of synaptic vesicle endocytosis / ruffle / clathrin-coated pit / positive regulation of GTPase activity / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / cadherin binding / ubiquitin protein ligase binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SNX9, SH3 domain / Sorting nexin-9, BAR domain / Sorting nexin-9, PX domain / Sorting nexin 9 family / Sorting nexin protein, WASP-binding domain / WASP-binding domain of Sorting nexin protein / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology ...SNX9, SH3 domain / Sorting nexin-9, BAR domain / Sorting nexin-9, PX domain / Sorting nexin 9 family / Sorting nexin protein, WASP-binding domain / WASP-binding domain of Sorting nexin protein / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing - molecular dynamics
データ登録者Tossavainen, H. / Permi, P.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of SNX9 SH3 in complex with a viral ligand reveals the molecular basis of its unique specificity for alanine-containing class I SH3 motifs.
著者: Tossavainen, H. / Ugurlu, H. / Karjalainen, M. / Hellman, M. / Antenucci, L. / Fagerlund, R. / Saksela, K. / Permi, P.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: EEEV nsP3 peptide
A: Sorting nexin-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7282
ポリマ－9,7282
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1320 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド EEEV nsP3 peptide


分子量: 2548.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
#2: タンパク質 Sorting nexin-9 / SH3 and PX domain-containing protein 1 / Protein SDP1 / SH3 and PX domain-containing protein 3A


分子量: 7179.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX9, SH3PX1, SH3PXD3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5X1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D iHNCO
181isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D (H)CC(CO)NH
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-COSY
1121isotropic13D HCCmHm-TOCSY
1131isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1161isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1171isotropic13D 1H-15N NOESY
1181isotropic1X-filtered-, 13C-edited NOESY
1191isotropic1F1, F2, 15N, 13C-filtered NOESY
1201isotropic1X-filtered NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] SNX9 SH3, 1 mM EEEV nsP3 peptide, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSNX9 SH3[U-13C; U-15N]1
1 mMEEEV nsP3 peptidenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.15 M / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing - molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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