PDB-7oiy: Crystal structure of the ZUFSP family member Mug105

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oiy

タイトル

Crystal structure of the ZUFSP family member Mug105

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase mug105

キーワード

HYDROLASE / ZUFSP / deubiquitinase / Schizosaccharomyces pombe / fission yeast / cysteine peptidase / K48

機能・相同性

機能・相同性情報

protein modification by small protein conjugation or removal / K48-linked deubiquitinase activity / meiotic cell cycle / regulation of gene expression / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Pichlo, C. / Hermanns, T. / Hofmann, K. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A structural basis for the diverse linkage specificities within the ZUFSP deubiquitinase family.
著者: Hermanns, T. / Pichlo, C. / Baumann, U. / Hofmann, K.

履歴

登録	2021年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oiy.cif.gz	234.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oiy.ent.gz	179.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7oiy_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oiy_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	7oiy_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	7oiy_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oiy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ojeC 6ei1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qtl-d 2geh-d 4fva-3 6sb7-d 5txy-d 6otk-d 6g3q-d 4fl7-d 5tva-1 2rdr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase mug105

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase mug105

ヘテロ分子

56.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase mug105

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase mug105

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.235, 88.235, 111.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁
Space group name Hall	P4w
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/4 #3: y,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 3 or resid 5...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 3 or resid 5...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 3	1 - 3
d_1	2	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	5 - 10	5 - 10
d_1	3	LEU	LEU	THR	THR	A	A	12 - 57	12 - 57
d_1	4	PRO	PRO	ILE	ILE	A	A	59 - 73	59 - 73
d_1	5	SER	SER	LYS	LYS	A	A	75 - 103	75 - 103
d_1	6	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	105 - 160	105 - 160
d_1	7	PHE	PHE	GLY	GLY	A	A	162 - 164	162 - 164
d_1	8	SER	SER	LYS	LYS	A	A	166 - 208	166 - 208
d_1	9	SER	SER	PHE	PHE	A	A	210 - 213	210 - 213
d_1	10	GLN	GLN	PHE	PHE	A	A	215 - 244	215 - 244
d_2	1	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 3	1 - 3
d_2	2	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	5 - 10	5 - 10
d_2	3	LEU	LEU	THR	THR	B	B	12 - 57	12 - 57
d_2	4	PRO	PRO	ILE	ILE	B	B	59 - 73	59 - 73
d_2	5	SER	SER	LYS	LYS	B	B	75 - 103	75 - 103
d_2	6	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	105 - 160	105 - 160
d_2	7	PHE	PHE	GLY	GLY	B	B	162 - 164	162 - 164
d_2	8	SER	SER	LYS	LYS	B	B	166 - 208	166 - 208
d_2	9	SER	SER	PHE	PHE	B	B	210 - 213	210 - 213
d_2	10	GLN	GLN	PHE	PHE	B	B	215 - 244	215 - 244

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.870582423948, 0.492021083531, 0.00122330432373), (0.491636736598, -0.869995430659, 0.0374335392294), (0.019482359704, -0.0319875599737, -0.999298370692)ベクター: - ...

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase mug105 / Lys-48-selective deubiquitinase mug105 / DUB / Meiotically up-regulated gene 105 protein 分子量: 28113.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mug105, SPAC25H1.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13979, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.8 M sodium acetate pH 7.0; 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→39.46 Å / Num. obs: 53097 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 34.21 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.35
反射シェル	解像度: 2.05→2.124 Å / Num. unique obs: 5246 / CC_1/2: 0.441

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS	20180126	データ削減
XDS	20180126	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EI1

6ei1

解像度: 2.05→39.46 Å / SU ML: 0.2341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 22.3601
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2039	2000	3.77 %
R_work	0.1726	51081	-
obs	0.1738	53081	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3956	0	2	301	4259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	4149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5005	5619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0422	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4442	1474

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.72699417888 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1	0.3578	138	0.3006	3599	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.1-2.16	0.2696	142	0.2771	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.22	0.2711	146	0.2509	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.29	0.29	146	0.2311	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.38	0.2453	139	0.2233	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.38-2.47	0.2536	141	0.2169	3642	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.47-2.58	0.2784	147	0.2036	3667	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.58-2.72	0.2328	143	0.2017	3615	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.72-2.89	0.2375	143	0.1891	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.11	0.1997	146	0.1841	3659	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.11-3.43	0.2206	143	0.1664	3638	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.43-3.92	0.1653	147	0.1298	3639	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.92-4.94	0.151	142	0.1206	3681	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.94-39.46	0.1533	137	0.154	3716	X-RAY DIFFRACTION	99.59

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.50888344468	4.54172217612	-3.62136798152	6.88144868386	-6.49311853546	6.98903805144	0.301095318831	0.659678485231	0.872047588902	-0.0589338290018	0.273098909738	0.847513334111	-0.622582181904	-0.907617526012	-0.472838991581	0.353960550955	0.183505109329	0.114154247392	0.509616230589	0.0591647687711	0.50214652327	29.3529180981	161.304529056	4.39421934714
2	2.36679442007	0.249335038434	-0.928410836706	1.6098839166	-1.71371404636	4.43600830747	0.0933550716479	-0.047736227099	0.252509490691	0.0941842446184	0.024588048765	0.0510109590776	-0.338134963	-0.101846474944	-0.0782339321863	0.229279399293	0.0307367902537	0.0437374153603	0.19955493483	-0.00314863226812	0.276743054795	31.3240101222	151.027609193	15.6181371043
3	2.04894711468	1.91160942999	-1.5130702222	8.52050125231	-0.192118857187	5.13113835549	0.0244348192805	-0.236454684788	-0.0545508480748	0.325227894464	-0.0782677825276	-0.694837170804	-0.00574370626091	0.504057406714	0.0437988389585	0.258441656357	-0.0256518684485	-0.0194986574929	0.352560256284	0.0280346097014	0.275845113081	40.1775851354	141.57240839	28.9191326041
4	2.78960575415	0.164190936198	-2.29672453764	1.57035159005	-0.483959717565	3.82271615082	-0.0556583127903	-0.0893799971785	-0.0878136999148	-0.00206097733196	-0.0605957679821	-0.176754205134	0.0126204833916	0.20587837357	0.111206085777	0.224441501704	0.010482036805	0.0126977246512	0.244884873192	-0.0132421191919	0.213520854116	47.2011896115	145.342876634	10.3659717095
5	6.77335441826	0.784479488842	-0.392224397556	7.23686762759	-0.145190956568	7.82194531409	0.127225600025	0.2590230464	-0.181752391131	0.100277208574	-0.0716203200761	0.184365103574	0.457800400556	-0.142810281268	-0.0142059397353	0.178004902523	0.0213655172347	0.068779184248	0.234067246253	-0.00786254513082	0.242528209426	40.7057496571	150.467236581	7.1436323118
6	1.33457115954	-0.977863228262	1.41939889998	3.139619753	-2.18311273852	2.04879212853	0.416125227678	-0.0963312300319	0.91941589239	0.372088094261	0.318081490909	0.407937810123	-1.10811093099	-0.339481182719	-0.655431675578	0.518864633122	0.0115312297112	0.208080721708	0.373311204352	0.00974957598217	0.564188970363	38.8796086025	164.042019625	10.2057158137
7	4.06862114314	-1.29458806606	0.379918465016	5.39794489528	-1.68220531877	3.66791720116	0.209951939017	-0.394571258224	0.825300337639	0.217153861762	0.0523442928194	-0.174377859217	-0.498439137187	-0.0675442348897	-0.195023443836	0.332236123343	-0.0418149014016	0.0687643512342	0.212201443344	-0.0362549140624	0.390808373553	47.1060864944	163.3056857	8.72750079634
8	3.60524525396	0.665365716986	-1.10204891402	1.54687552638	0.0368164642061	2.68415559528	-0.288659001906	0.00521611608162	-0.573003214739	0.257822329967	0.0765575166658	-0.036591915393	0.616872703414	0.127443313918	0.170522004705	0.378238845322	0.0346029328501	0.0690578395463	0.22201690054	-0.0162519508241	0.272987835521	45.4116521284	138.123223664	11.9023280503
9	1.44702807396	-1.50698848362	1.44658201077	2.08788035005	-2.80261204462	4.70028894715	0.07943195273	-0.0149372921016	-0.120494518544	-0.143339061713	0.0473798264583	0.107594965538	0.239049046721	-0.111441390003	-0.14447103787	0.291728131451	-0.0417297395268	-0.0833703594433	0.281109104363	-0.0253011634057	0.336677898946	-1.18825494162	156.412592777	8.44914663269
10	3.5265326986	-0.744956148739	1.64129636421	2.57974392516	-0.0655145710698	3.58494547492	0.0349930548102	-0.0745611366797	0.0324718366329	0.0291914188675	0.0499027899647	-0.0259606107726	0.0338271073514	-0.0490997336806	-0.0984364179362	0.203100516988	0.0118349537934	-0.0260738342049	0.180943095928	-0.0199221205948	0.175158816618	7.66929076018	163.456997824	17.1390255957
11	1.88105320902	-0.0537247842901	-1.8590064517	5.83523828662	-2.38484049039	2.85602768212	0.483060897307	0.210587930571	-0.408404945853	-0.615953905735	-0.0529912621246	0.0976568046682	0.823831447167	0.0320411871008	-0.413601094041	0.48062195714	0.0611552909985	-0.189688061905	0.345542743263	-0.0423149014966	0.4378170287	9.99607704127	145.496564098	15.5678733133
12	1.68710441904	-0.0757405020155	0.00320435370173	2.08470942193	0.342097181279	2.0054250631	0.0725766064125	-0.066896577709	0.0942796451095	-0.252849982191	-0.0536040819165	0.0735920591025	-0.107232629511	-0.0921189310151	-0.0266515653696	0.254941300313	0.0107637382803	-0.047541196012	0.218057036124	-0.0191472714646	0.180678809298	8.33366487412	163.792024786	15.9330300574

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )	A	A	1 - 14	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 15 through 72 )	A	A	15 - 72	15 - 72
3	3	chain 'A' and (resid 73 through 106 )	A	A	73 - 106	73 - 106
4	4	chain 'A' and (resid 107 through 146 )	A	A	107 - 146	107 - 146
5	5	chain 'A' and (resid 147 through 173 )	A	A	147 - 173	147 - 173
6	6	chain 'A' and (resid 174 through 196 )	A	A	174 - 196	174 - 196
7	7	chain 'A' and (resid 197 through 214 )	A	A	197 - 214	197 - 214
8	8	chain 'A' and (resid 215 through 244 )	A	A	215 - 244	215 - 244
9	9	chain 'B' and (resid 1 through 106 )	B	B	1 - 106	1 - 106
10	10	chain 'B' and (resid 107 through 173 )	B	B	107 - 173	107 - 173
11	11	chain 'B' and (resid 174 through 196 )	B	B	174 - 196	174 - 196
12	12	chain 'B' and (resid 197 through 244 )	B	B	197 - 244	197 - 244

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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