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- PDB-7oih: Glycosylation in the crystal structure of neutrophil myeloperoxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oih
タイトルGlycosylation in the crystal structure of neutrophil myeloperoxidase
要素Myeloperoxidase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Peroxidase / microbicidal / hypochlorous acid / glycosylation / paucimannose / hydrid N-glycan / polymorphonuclear leukocytes / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / defense response / peroxidase activity / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Paroxetine / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / THIOCYANATE ION / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Krawczyk, L. / Semwal, S. / Bouckaert, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission847568European Union
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Native glycosylation and binding of the antidepressant paroxetine in a low-resolution crystal structure of human myeloperoxidase.
著者: Krawczyk, L. / Semwal, S. / Soubhye, J. / Lemri Ouadriri, S. / Prevost, M. / Van Antwerpen, P. / Roos, G. / Bouckaert, J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Glycosylation pattern of mature dimeric leukocyte and recombinant monomeric myeloperoxidase: glycosylation is required for optimal enzymatic activity
著者: Van Antwerpen, P. / Slomianny, M.-C. / Zouaoui Boudjeltia, K. / Delporte, C. / Faid, V. / Calay, D. / Rousseau, A. / Moguilevsky, N. / Raes, M. / Vanhamme, L. / Furtmuller, P.G. / Obinger, C. ...著者: Van Antwerpen, P. / Slomianny, M.-C. / Zouaoui Boudjeltia, K. / Delporte, C. / Faid, V. / Calay, D. / Rousseau, A. / Moguilevsky, N. / Raes, M. / Vanhamme, L. / Furtmuller, P.G. / Obinger, C. / Vanhaeverbeek, M. / Neve, J. / Michalski, J.-C.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase
B: Myeloperoxidase
C: Myeloperoxidase
D: Myeloperoxidase
E: Myeloperoxidase
F: Myeloperoxidase
G: Myeloperoxidase
H: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)558,964118
ポリマ－528,0928
非ポリマー30,872110
水43,7402428
1
A: Myeloperoxidase
B: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,74731
ポリマ－132,0232
非ポリマー7,72429
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Myeloperoxidase
D: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,20832
ポリマ－132,0232
非ポリマー8,18530
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Myeloperoxidase
F: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,91326
ポリマ－132,0232
非ポリマー6,89024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Myeloperoxidase
H: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,09629
ポリマ－132,0232
非ポリマー8,07327
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.910, 144.634, 236.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.526, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1145-

HOH

21E-1163-

HOH

31H-1165-

HOH

41H-1180-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 167 through 178 or resid 180...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 167 through 178 or resid 180...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 167 through 178 or resid 180...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 167 through 178 or resid 180...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 167 through 178 or resid 180...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 167 through 178 or resid 180...
d_7ens_1(chain "G" and (resid 167 through 178 or resid 180...
d_8ens_1(chain "H" and (resid 167 through 178 or resid 180...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00872777109745, -0.951491347737, 0.307551688653), (-0.949924487894, -0.103962589595, -0.294678209686), (0.31235763687, -0.289578996383, -0.904752292919)173.170799527, 217.419921059, 102.55723389
2given(0.00721500337813, -0.95306114251, 0.302691926493), (0.9477373577, 0.103071965275, 0.301943820594), (-0.318969974366, 0.284693920926, 0.903995313506)176.703083163, -199.903126801, 17.0434195142
3given(0.999966238407, -0.00804838248507, -0.00165698066091), (-0.00806352972175, -0.999923800928, -0.00934728974736), (-0.00158162383743, 0.00936033528078, -0.99995494028)2.8540833553, 20.0740317764, 118.504680332
4given(0.946253859679, 0.0455639323344, 0.320199252206), (0.0402032970055, 0.965777358006, -0.256237760046), (-0.320916387791, 0.255339035076, 0.912038732299)-54.7216189503, 51.9012514577, 75.435762091
5given(0.0595718465289, -0.998210929097, -0.00511235102982), (-0.997668453119, -0.0593670659152, -0.0336631717954), (0.0332994407136, 0.00710580864759, -0.999420159258)152.516401148, 241.900068134, 170.16562399
6given(0.944593504603, 0.0407831956784, 0.325699005236), (-0.0480438772088, -0.964387017389, 0.260095110594), (0.324707402017, -0.261331995061, -0.908994329704)-51.8860693445, -33.159372852, 41.5303603333
7given(0.0596130312882, -0.998111458641, -0.0148257421301), (0.997744229941, 0.0591187030932, 0.0318029961394), (-0.0308664562187, -0.0166881716689, 0.999384193795)156.294284356, -224.26586022, -52.6217181244

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Myeloperoxidase / MPO


分子量: 66011.492 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase

-
糖 , 9種, 30分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#16: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 2508分子

#10: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#11: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#12: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CNS
#14: 化合物
ChemComp-8PR / Paroxetine / (3S,4R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-yloxy)methyl]-4-(4-fluorophenyl)piperidine / パロキセチン


分子量: 329.365 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C19H20FNO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#15: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % / 解説: Bipyramidal tetrahedral
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate 0.1 M Sodium cacodylate 8% w/v PGA L/M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 158296 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54.98 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 7.47
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 24289 / CC1/2: 0.409 / Rrim(I) all: 1.47 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0349精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BMT

6bmt


解像度: 2.603→38.994 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.194 / WRfactor Rwork: 0.156 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / Average fsc free: 0.9541 / Average fsc work: 0.9679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 1994 1.26 %
Rwork0.1788 156302 -
all0.179 --
obs-158296 98.701 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 59.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.984 Å2-0 Å20.068 Å2
2---1.946 Å20 Å2
3----0.041 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.603→38.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36597 0 1993 2428 41018
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.603-2.670.3531310.326102450.327117580.9150.92588.24630.323
2.67-2.7430.3431320.306113510.306114920.9160.93799.92170.299
2.743-2.8220.331490.295109480.295111090.9320.94499.8920.283
2.822-2.9090.3051410.277106810.277108590.9310.95299.65930.26
2.909-3.0030.3381210.257103670.258105090.9360.95999.80020.235
3.003-3.1080.281320.234100370.235102040.9430.96599.6570.208
3.108-3.2250.2661270.22596910.22698610.9540.96799.56390.2
3.225-3.3550.281140.21392810.21494220.950.97199.71340.189
3.355-3.5030.271240.288510.20190480.9540.97599.19320.175
3.503-3.6730.2231020.17385770.17387260.9650.98199.46140.153
3.673-3.870.191040.15580920.15582390.9780.98699.47810.14
3.87-4.1020.1671130.13377380.13378760.9830.98999.68260.121
4.102-4.3820.154860.12272450.12273470.9870.99199.78220.113
4.382-4.7280.156830.12167560.12268550.9870.99199.76660.114
4.728-5.1710.182810.13262400.13363370.980.98999.74750.126
5.171-5.7690.213730.14956710.1557580.9740.98699.75690.143
5.769-6.6380.206600.15350300.15351190.9790.98699.43350.147
6.638-8.0710.167530.14642560.14643260.9810.98899.6070.147
8.071-11.1770.139450.13233120.13334190.9870.9998.18660.145
11.177-38.9940.177230.19219350.19220610.9690.97495.00240.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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