PDB-7oi4: mPI3Kd in complex with compound 12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oi4

タイトル

mPI3Kd in complex with compound 12

要素

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / complex / phosphor inositol 3 kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...
類似検索 - 分子機能

PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Petersen, J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of AZD8154, a Dual PI3K gamma delta Inhibitor for the Treatment of Asthma.
著者: Perry, M.W.D. / Bjorhall, K. / Bold, P. / Brulls, M. / Borjesson, U. / Carlsson, J. / Chang, H.A. / Chen, Y. / Eriksson, A. / Fihn, B.M. / Fransson, R. / Fredlund, L. / Ge, H. / Huang, H. / ...

履歴

登録	2021年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_name_com / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oi4.cif.gz	205.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oi4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oi4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oi4_validation.pdf.gz	780.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oi4_full_validation.pdf.gz	793.7 KB	表示
XML形式データ	7oi4_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	7oi4_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oi4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oijC 7oilC 7oisC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wxh-d 6ftn-d 4v0i-2 2wxl-d 2x38-d 5ncy-d 5t2l-d 2wxf-d 5i4u-d 5t28-d 2wxj-d 6dgt-d 4tv3-d 6gy0-d 5t2m-d 6pys-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (27) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (27)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform

ヘテロ分子

125 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.847, 65.161, 116.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.752, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1408- HOH

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PI3-kinase subunit delta / PI3K-delta / PI3Kdelta / PtdIns-3-kinase subunit delta / ...PI3-kinase subunit delta / PI3K-delta / PI3Kdelta / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / PtdIns-3-kinase subunit p110-delta / p110delta 分子量: 124834.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3cd 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: O35904, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物	ChemComp-VEQ / N-[5-[2-[(1S)-1-cyclopropylethyl]-7-[[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]sulfamoyl]-1-oxidanylidene-3H-isoindol-5-yl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl]ethanamide 分子量: 567.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₃N₅O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: ethylene glycol per PEG 8000, carboxylic acids mix, buffer system 2,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→113.09 Å / Num. obs: 93293 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.374 / Num. unique obs: 4573

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Internal Model

解像度: 1.8→113.089 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 3.24 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2626	4789	5.133 %
R_work	0.2265	88504	-
all	0.228	-	-
obs	-	93293	97.363 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.747 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.489 Å²	-0 Å²	-0.504 Å²
2-	-	1.399 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.466 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→113.089 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6675	0	39	365	7079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.643	9278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.33	1.575	15042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.429	5	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.136	22.417	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.86	15	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.648	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	6196
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.136	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.346	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.73	4.013	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.731	4.012	3300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.951	5.992	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.951	5.994	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.41	4.52	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.423	4.543	3525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.589	6.598	5165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.614	6.628	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.074	47.222	7830
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.098	47.225	7698

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.325	329	0.272	6483	0.275	7069	0.822	0.84	96.3644	0.252
1.847-1.897	0.276	335	0.269	6271	0.27	6829	0.877	0.864	96.7345	0.25
1.897-1.952	0.312	353	0.261	6164	0.264	6730	0.851	0.873	96.8351	0.241
1.952-2.012	0.29	308	0.254	5951	0.256	6481	0.871	0.889	96.5746	0.238
2.012-2.078	0.294	339	0.255	5743	0.257	6254	0.867	0.893	97.2498	0.24
2.078-2.151	0.294	267	0.256	5690	0.258	6111	0.882	0.886	97.4799	0.242
2.151-2.232	0.278	296	0.241	5468	0.243	5906	0.888	0.902	97.5957	0.231
2.232-2.324	0.279	317	0.24	5224	0.242	5674	0.888	0.904	97.656	0.233
2.324-2.427	0.249	301	0.214	4918	0.216	5398	0.91	0.922	96.684	0.214
2.427-2.545	0.303	252	0.22	4831	0.223	5187	0.894	0.923	97.995	0.223
2.545-2.683	0.241	231	0.22	4652	0.221	4975	0.914	0.92	98.1508	0.231
2.683-2.845	0.289	223	0.241	4365	0.244	4681	0.881	0.896	98.0132	0.259
2.845-3.042	0.279	216	0.24	4068	0.242	4381	0.889	0.9	97.7859	0.265
3.042-3.285	0.273	226	0.229	3788	0.231	4121	0.901	0.922	97.4035	0.255
3.285-3.599	0.292	204	0.239	3508	0.242	3782	0.905	0.922	98.1491	0.268
3.599-4.023	0.231	168	0.211	3215	0.212	3438	0.939	0.943	98.4002	0.246
4.023-4.644	0.234	146	0.193	2832	0.195	3056	0.936	0.949	97.4476	0.247
4.644-5.686	0.219	129	0.199	2396	0.2	2566	0.952	0.951	98.4022	0.265
5.686-8.03	0.244	86	0.228	1898	0.228	2025	0.938	0.938	97.9753	0.298
8.03-113.089	0.23	63	0.219	1039	0.22	1156	0.953	0.951	95.3287	0.307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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