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- PDB-7ohd: CRYSTAL STRUCTURE OF FERRIC MURINE NEUROGLOBIN CDLESS MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ohd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FERRIC MURINE NEUROGLOBIN CDLESS MUTANT
要素Neuroglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ISOPROPYL ALCOHOL / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Exertier, C. / Freda, I. / Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Cerutti, G. / Gugole, E. / Vallone, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission637295European Union
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Probing the Role of Murine Neuroglobin CDloop-D-Helix Unit in CO Ligand Binding and Structural Dynamics.
著者: Exertier, C. / Sebastiani, F. / Freda, I. / Gugole, E. / Cerutti, G. / Parisi, G. / Montemiglio, L.C. / Becucci, M. / Viappiani, C. / Bruno, S. / Savino, C. / Zamparelli, C. / Anselmi, M. / ...著者: Exertier, C. / Sebastiani, F. / Freda, I. / Gugole, E. / Cerutti, G. / Parisi, G. / Montemiglio, L.C. / Becucci, M. / Viappiani, C. / Bruno, S. / Savino, C. / Zamparelli, C. / Anselmi, M. / Abbruzzetti, S. / Smulevich, G. / Vallone, B.
履歴
登録2021年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
B: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,34113
ポリマ－31,2182
非ポリマー2,12311
水1,60389
1
A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8718
ポリマ－15,6091
非ポリマー1,2627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4705
ポリマ－15,6091
非ポリマー8614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.941, 95.941, 58.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-345-

HOH

21A-346-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 134 / Label seq-ID: 5 - 135

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neuroglobin


分子量: 15608.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 ...詳細: chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues),chain A: No clearly defined electronic density for the N- (first three residues) and C-terminal (last two residues) parts, chain B: No clearly defined electronic density between G43 and P46 No clearly defined electronic density for the C-terminal part (last two residues)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9ER97

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非ポリマー , 6種, 100分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 3% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→48.02 Å / Num. obs: 47796 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 12.05 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.76→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7268 / CC1/2: 0.533

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H6I

6h6i


解像度: 1.8→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.592 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 1464 5.1 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1839 27161 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.87 Å2 / Biso mean: 46.34 Å2 / Biso min: 25.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.18 Å2-0 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2112 0 231 89 2432
Biso mean--49.9 56.64 -
残基数----267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.773638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3581.6385693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7445317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65219.343137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.39715427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5411528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02639
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4099 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 100 -
Rwork0.377 2004 -
obs--99.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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