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- PDB-7og8: Wild-type Hfq protein from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7og8
タイトルWild-type Hfq protein from Neisseria meningitidis
要素RNA-binding protein Hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN / sRNA / mRNA / annealing
機能・相同性RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / LSM domain superfamily / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / RNA-binding protein Hfq
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis serogroup C / serotype 2a
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Moche, M. / Karlsson, J. / Loh, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of wild type, Q9A and R17A single mutant Hfq structures from Neisseria meningitidis
著者: Karlsson, J. / Moche, M. / Loh, E.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6771
ポリマ－7,6771
非ポリマー00
水95553
1
A: RNA-binding protein Hfq
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0616
ポリマ－46,0616
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.539, 60.539, 27.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-151-

HOH

21A-152-

HOH

31A-153-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein Hfq


分子量: 7676.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup C / serotype 2a (strain ATCC 700532 / DSM 15464 / FAM18) (髄膜炎菌)
株: ATCC 700532 / DSM 15464 / FAM18 / 遺伝子: hfq, NMC0702 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1KT11
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: PEG3350, sodium nitrate, glycerol, bis-tris propane / PH範囲: 6.1-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30.27 Å / Num. obs: 11543 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 211386 / Scaling rejects: 1406
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.4216.91.20596305690.710.3011.2422.2100
7.67-30.2717.50.0821489850.9970.020.0853899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS2.2.5データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PNO

4pno


解像度: 1.4→20.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 1.56 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2795 585 5.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.2477 10943 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.97 Å2 / Biso mean: 14.642 Å2 / Biso min: 6.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.04 Å2-0 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→20.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数539 0 0 53 592
Biso mean---26.81 -
残基数----68
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.013555
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.017533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.631755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4311.5671236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.175569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2222.96327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.3051599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.36153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02107
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 45 -
Rwork0.276 803 -
all-848 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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