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万見
- PDB-7ofn: NMR solution structure of the SYLF domain of Burkholderia pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ofn
タイトルNMR solution structure of the SYLF domain of Burkholderia pseudomallei BPSL1445
要素Lipoprotein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Burkholderia pseudomallei Lipoprotein SYLF domain beta berrel
機能・相同性Ysc84 actin-binding domain / Las17-binding protein actin regulator / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Quilici, G. / Berardi, A. / Musco, G.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Fondazione CARIPLO2009-3577 イタリア
Italian Association for Cancer ResearchIG-214400 イタリア
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Solution Structure of the BPSL1445 Protein of Burkholderia pseudomallei Reveals the SYLF Domain Three-Dimensional Fold.
著者: Quilici, G. / Berardi, A. / Fabris, C. / Ghitti, M. / Punta, M. / Gourlay, L.J. / Bolognesi, M. / Musco, G.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5371
ポリマ－16,5371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Confirmed by NMR relaxation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Lipoprotein


分子量: 16536.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GS do not belong to the real sequence, they derive from the vector region, to match pdb sequence numbering to BPSL1445 sequence add 32
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: BOC42_05350, CXQ84_09430, DF122_22840, ERS013345_04496
プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069B8F8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic13D 1H-15N NOESY
144isotropic13D 1H-13C NOESY
155isotropic13D C(CO)NH
175isotropic13D H(CCO)NH
165isotropic13D HNCA
185isotropic13D HNCO
194isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3 mM BPSL1445, 150 mM sodium chloride, 20 mM NaH2PO4, 20 mM Na2HPO4, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2Ounlabel_water90% H2O/10% D2O
solution20.3 mM BPSL1445, 150 mM sodium chloride, 20 mM NaH2PO4, 20 mM Na2HPO4, 2 mM DTT, 100% D2Ounlabel_D2O100% D2O
solution30.3 mM BPSL1445, 150 mM sodium chloride, 20 mM NaH2PO4, 20 mM Na2HPO4, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution40.3 mM BPSL1445, 150 mM sodium chloride, 20 mM NaH2PO4, 20 mM Na2HPO4, 2 mM DTT, 100% D2O15N_13C_D2O100% D2O
solution50.3 mM BPSL1445, 150 mM sodium chloride, 20 mM NaH2PO4, 20 mM Na2HPO4, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N_13C_H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMBPSL1445natural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMNaH2PO4natural abundance1
20 mMNa2HPO4natural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
0.3 mMBPSL1445natural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMNaH2PO4natural abundance2
20 mMNa2HPO4natural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
0.3 mMBPSL1445natural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
20 mMNaH2PO4natural abundance3
20 mMNa2HPO4natural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
0.3 mMBPSL1445natural abundance4
150 mMsodium chloridenatural abundance4
20 mMNaH2PO4natural abundance4
20 mMNa2HPO4natural abundance4
2 mMDTTnatural abundance4
0.3 mMBPSL1445natural abundance5
150 mMsodium chloridenatural abundance5
20 mMNaH2PO4natural abundance5
20 mMNa2HPO4natural abundance5
2 mMDTTnatural abundance5
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: standard_conditions / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospin精密化
ARIA3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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