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万見
- PDB-7ofg: Oxytocin NMR solution structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ofg
タイトルOxytocin NMR solution structure
要素Oxytocin
キーワードHORMONE / natural peptide / cyclic / disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hindgut contraction / maternal aggressive behavior / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / sperm ejaculation / positive regulation of penile erection / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / Vasopressin-like receptors / positive regulation of norepinephrine secretion ...positive regulation of hindgut contraction / maternal aggressive behavior / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / sperm ejaculation / positive regulation of penile erection / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / Vasopressin-like receptors / positive regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of urine volume / drinking behavior / response to sucrose / response to ether / positive regulation of prostaglandin secretion / grooming behavior / positive regulation of blood pressure / neuropeptide hormone activity / maternal behavior / positive regulation of ossification / positive regulation of female receptivity / positive regulation of synapse assembly / eating behavior / response to food / male mating behavior / neuronal dense core vesicle / social behavior / response to electrical stimulus / positive regulation of synaptic transmission / response to glucocorticoid / response to retinoic acid / response to cAMP / response to prostaglandin E / negative regulation of blood pressure / response to amphetamine / regulation of heart rate / secretory granule / female pregnancy / response to progesterone / response to activity / response to cocaine / response to peptide hormone / terminal bouton / memory / response to estradiol / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxytocin-neurophysin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Shalev, D.E. / Alshanski, I. / Yitzchaik, S. / Hurevich, M.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)664786 イスラエル
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Determining the structure and binding mechanism of oxytocin-Cu 2+ complex using paramagnetic relaxation enhancement NMR analysis.
著者: Alshanski, I. / Shalev, D.E. / Yitzchaik, S. / Hurevich, M.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxytocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0081
ポリマ－1,0081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Oxytocin / Ocytocin


分子量: 1008.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Amidated C-terminus, Cys-Cys disulfide bond. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01178
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H ROESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 5 mM ammonium acetate, 3.3 mM Oxytocin, 90% H2O/10% D2O
詳細: 3.3 mM oxytocin in 5 mM fresh ammonium acetate buffer, pH 6.7, in TDW, filtered at 2 micron with 10% deuterium oxide.
Label: OT/AA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mMammonium acetatenatural abundance1
3.3 mMOxytocinnatural abundance1
試料状態詳細: Ammonium acetate buffer was used since it does not complex copper, however the buffer suffered from rapid bacterial growth within a couple of days and we had to prepare fresh samples for each experiment.
イオン強度: 0.00665 M / Label: OT/AA / pH: 6.7 Not defined / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 297.3 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 500 MHz / 詳細: XYZ-gradients

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package
NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.2Bruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKY1.47Lee, W.; Tonelli, M.; Markley, J. L.chemical shift assignment
CNS3.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
UCSF Chimera1.14Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E.データ解析
NMRFAM-SPARKY1.47Lee, W.; Tonelli, M.; Markley, J. L.peak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: Based on 59 ROE restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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